261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_R0035 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008789  Hhal_R0035  tRNA-Gln  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.446482  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0001  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275531 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0010  tRNA-Gln  94.67 
 
 		 74 bp  109  9.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.277758  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0008  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  109  9.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.865665  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0029  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0041  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0003  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0012  tRNA-Gln  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0515  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0074  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.326244  normal  0.181678 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0008  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970868  normal  0.737558 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4346  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.850854  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0069  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.476746  normal  0.206288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0022  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.598023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0007  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.791549  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0014  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.349887  normal  0.140973 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0064  tRNA-Gln  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t06  tRNA-Gln  90.28 
 
 		 72 bp  87.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0017  tRNA-Gln  91.18 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000220842  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4327  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0011  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144781  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0052  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0374404  unclonable  6.3728200000000006e-24 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0168  tRNA-Gln  93.22 
 
 		 72 bp  85.7  0.000000000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0043  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.394082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2765  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.114736  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0022  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.827155  normal  0.0599368 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0004  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  1.40819e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0046  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.814409 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0021  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0591367 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0023  tRNA-Gln  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0444305  normal  0.71139 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0419  tRNA-Gln  94.44 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0333429  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0017  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000337477  normal  0.142924 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0006  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.404831 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0011  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0051  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000244153  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6012  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0012  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.644103  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0019  tRNA-Gln  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349932  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0018  tRNA-Gln  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00011  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000114888  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00012  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000124601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0063  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.51209e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0064  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.7933e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0736  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000556049  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0689  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0578  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.87866e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5017  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000158561  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4651  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.16576e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0722  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000907062  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0033  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000363695  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0032  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000666816  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0795  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000207498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0783  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000582426  normal  0.4419 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5016  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4652  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.35384e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0794  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000236079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0735  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000520956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0063  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0160878  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0047  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0760  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000001352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0464  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.99671e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0033  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000706309  hitchhiker  0.000775918 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0761  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000167269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0830  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000784737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0721  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000153053  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0782  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000722917  normal  0.446267 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0077  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0076  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0690  tRNA-Gln  92.31 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0033  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA16  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0041  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000496114  hitchhiker  0.0000000000277547 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0012  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12185  normal  0.483393 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0036  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0016  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0061  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.652795 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0009  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.001106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4559  tRNA-Gln  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0081  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000262166  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0008  tRNA-Gln  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.629298  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0008  tRNA-Gln  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.112331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0066  tRNA-Gln  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.554799  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0008  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.825941  normal  0.0317691 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0016  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000000363551  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0053  tRNA-Gln  90.74 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000068806  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0048  tRNA-Gln  86.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.807187  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0079  tRNA-Gln  88.24 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0037  tRNA-Gln  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0225857  normal  0.764291 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0028  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000127569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0829  tRNA-Gln  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000799298  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gln-1  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0061  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0270894  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0012  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.376695  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0059  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.436402  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0051  tRNA-Gln  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>