More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_1110 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008789  Hhal_1110  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
69 aa  140  6e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0603017  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2536  cold-shock DNA-binding protein family protein  84.06 
 
 
69 aa  120  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.532819  normal  0.0603654 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0769  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 
71 aa  104  4e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056179  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.12 
 
 
69 aa  101  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  69.57 
 
 
69 aa  101  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  69.12 
 
 
200 aa  100  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  69.57 
 
 
69 aa  100  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  69.57 
 
 
69 aa  100  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4519  cold-shock DNA-binding protein family protein  72.31 
 
 
66 aa  100  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51840  cold-shock protein  69.7 
 
 
204 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.192967  hitchhiker  0.0041484 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4356  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 
66 aa  99.4  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.184389 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4547  cold-shock protein  69.7 
 
 
203 aa  99  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  65.22 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 
69 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1263  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.77 
 
 
205 aa  98.6  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.18948  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
197 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1475  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 
71 aa  98.2  4e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0942  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.22 
 
 
71 aa  97.4  5e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4006  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.7 
 
 
197 aa  97.4  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 
197 aa  97.4  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.267087  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 
69 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1085  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.22 
 
 
69 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0927739  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1894  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 
66 aa  96.3  1e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00218073  hitchhiker  0.000840233 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1209  cold-shock domain-contain protein  68.66 
 
 
91 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953881  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3984  cold shock domain family protein  67.65 
 
 
73 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231003  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  65.22 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1403  cold-shock protein, DNA-binding  67.65 
 
 
73 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.861967  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1407  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.87 
 
 
69 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0231172  normal  0.970454 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0985  cold-shock domain-contain protein  60.87 
 
 
165 aa  93.6  7e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.693181  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2630  cold-shock DNA-binding domain protein  73.33 
 
 
66 aa  93.6  9e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.681724  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1235  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.33 
 
 
66 aa  93.6  9e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2724  cold-shock DNA-binding domain protein  73.33 
 
 
66 aa  93.6  9e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720009  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1099  cold-shock domain-contain protein  62.12 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0660556  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1855  cold acclimation protein B  60.87 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0386681  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1139  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
69 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159877  normal  0.955199 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1794  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.76 
 
 
75 aa  92.8  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000283022  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21760  cold acclimation protein B  60.87 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.342335  normal  0.456476 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4145  cold shock protein CapB  59.42 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0990  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 
70 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0731178  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2949  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.77 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000763354  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3884  cold-shock protein, DNA-binding  59.42 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.218294  normal  0.489383 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1201  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.42 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.67 
 
 
65 aa  91.7  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 
70 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1625  cold-shock DNA-binding domain protein  60.87 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.778402  normal  0.204275 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1274  cold shock domain family protein  61.76 
 
 
70 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1878  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 
66 aa  91.3  4e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.908302 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4395  cold-shock DNA-binding protein  60.29 
 
 
70 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.314613 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  64.06 
 
 
68 aa  90.9  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1094  cold-shock protein, DNA-binding  60.29 
 
 
70 aa  90.5  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00306206  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
66 aa  90.9  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  67.21 
 
 
68 aa  90.5  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00522  cold shock protein  59.42 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0958  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
68 aa  90.5  8e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000177063  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  57.97 
 
 
69 aa  89.4  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.08 
 
 
68 aa  89.7  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.52 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
66 aa  89.7  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  59.42 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  62.12 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1879  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 
70 aa  89.7  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.753141 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0555  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
155 aa  89.7  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.804868  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05960  putative cold-shock protein  62.12 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.979044  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1466  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00122582  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2222  cold-shock DNA-binding domain protein  61.29 
 
 
66 aa  89  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000977172  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2609  cold-shock protein, DNA-binding  59.42 
 
 
69 aa  89.4  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617346  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.21 
 
 
67 aa  88.6  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2005  cold-shock DNA-binding domain protein  61.29 
 
 
66 aa  89  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1727900000000003e-24 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4183  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.9 
 
 
67 aa  89.4  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0862888  normal  0.391924 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.08 
 
 
66 aa  88.2  3e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
66 aa  88.6  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.57 
 
 
66 aa  88.2  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 
67 aa  88.6  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0207  cold-shock domain-contain protein  60.94 
 
 
66 aa  88.2  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000092661  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0557  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.94 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146749  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
68 aa  87.8  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4380  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 
66 aa  87.8  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000149248  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
68 aa  88.2  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3523  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.97 
 
 
70 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.32154 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  65.62 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.5 
 
 
66 aa  88.2  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
68 aa  88.2  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.62 
 
 
67 aa  88.2  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1077  cold-shock DNA-binding domain protein  62.9 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27833e-32 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  56.52 
 
 
69 aa  87.8  5e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.97 
 
 
69 aa  87.8  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00215125  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.9 
 
 
68 aa  87.8  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.52 
 
 
69 aa  87.8  5e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3185  cold-shock DNA-binding domain protein  62.9 
 
 
66 aa  87.8  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000997397  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0191  cold-shock domain-contain protein  61.29 
 
 
66 aa  87.4  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  61.43 
 
 
70 aa  87.4  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.49 
 
 
68 aa  87.4  6e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>