More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_1048 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008789  Hhal_1048  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
226 aa  460  1e-128  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  4.83627e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2834  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  78.32 
 
 
230 aa  364  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2492  ribulose-phosphate 3-epimerase  74.89 
 
 
223 aa  344  5e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2879  Ribulose-phosphate 3-epimerase  73.8 
 
 
229 aa  341  7e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1057  ribulose-phosphate 3-epimerase  74.43 
 
 
223 aa  339  2e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0312064  normal  0.484494 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3723  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.52 
 
 
225 aa  339  2e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00616256  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0229  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.52 
 
 
225 aa  339  2e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0846712  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3962  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.52 
 
 
225 aa  339  2e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0524071  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3515  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.32 
 
 
228 aa  338  3e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4787  ribulose-phosphate 3-epimerase  73.42 
 
 
224 aa  338  3e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.750334 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0751  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.65 
 
 
224 aa  337  6e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07910  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.88 
 
 
224 aa  337  7e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00242873 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4601  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.15 
 
 
225 aa  337  1e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.361738  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2364  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.18 
 
 
229 aa  336  1e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4611  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.32 
 
 
224 aa  335  3e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0449  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.07 
 
 
224 aa  335  3e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.402606 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0446  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.07 
 
 
224 aa  335  3e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.338349 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3999  ribulose-phosphate 3-epimerase  74.31 
 
 
224 aa  335  5e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.79681 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0415  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.07 
 
 
255 aa  335  5e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.545723  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0566  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.94 
 
 
224 aa  334  7e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46660  ribulose-phosphate 3-epimerase  73.52 
 
 
224 aa  332  3e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2582  ribulose-phosphate 3-epimerase  70.67 
 
 
230 aa  332  3e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5120  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.07 
 
 
224 aa  331  7e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.802026  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0346  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.95 
 
 
224 aa  330  8e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3879  ribulose-phosphate 3-epimerase  73.06 
 
 
225 aa  330  8e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0264  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.27 
 
 
225 aa  330  1e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.241717  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4056  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.6 
 
 
225 aa  329  2e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00103124  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
223 aa  329  2e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0175  ribulose-phosphate 3-epimerase  69.68 
 
 
228 aa  329  2e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4259  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.15 
 
 
224 aa  328  5e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0110433 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0327  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
225 aa  328  6e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204958  normal  0.201128 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0327  Ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
225 aa  328  6e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3582  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
225 aa  328  6e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.111758  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3362  ribulose-phosphate 3-epimerase  73.39 
 
 
230 aa  328  6e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4690  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
225 aa  328  6e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.632143  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3662  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
225 aa  328  6e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.383295  normal  0.0239622 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3763  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
225 aa  328  6e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0483274  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03190  hypothetical protein  71.69 
 
 
225 aa  328  6e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03238  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
225 aa  328  6e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.841593  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3855  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
225 aa  328  6e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.004029  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3680  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
225 aa  327  7e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3755  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
225 aa  327  8e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3851  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
225 aa  327  8e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00024  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
223 aa  327  8e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2726  ribulose-phosphate 3-epimerase  69.86 
 
 
225 aa  327  9e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0244  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.04 
 
 
224 aa  325  2e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0253  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
225 aa  325  3e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3692  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
225 aa  325  3e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3799  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
225 aa  325  3e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0860843 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3700  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.15 
 
 
236 aa  325  4e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3682  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.23 
 
 
225 aa  325  4e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.341104  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0292  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
225 aa  325  5e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3789  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.23 
 
 
225 aa  324  5e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.475261  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2230  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  71.36 
 
 
227 aa  323  9e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.375841  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4107  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
224 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.887514  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4195  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
224 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3888  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  71.23 
 
 
225 aa  323  2e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.384968 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4077  ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
224 aa  322  2e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3997  Ribulose-phosphate 3-epimerase  71.69 
 
 
224 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0219  ribulose-phosphate 3-epimerase  70.78 
 
 
224 aa  322  4e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0486776 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2112  ribulose-phosphate 3-epimerase  69.47 
 
 
231 aa  322  4e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0267  ribulose-phosphate 3-epimerase  70.27 
 
 
222 aa  318  3e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.137082  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2202  ribulose-phosphate 3-epimerase  69.82 
 
 
236 aa  318  4e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.780277  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0167  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.95 
 
 
222 aa  318  4e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0381  ribulose-phosphate 3-epimerase  69.23 
 
 
223 aa  316  2e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0479  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.04 
 
 
224 aa  315  4e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0177  ribulose-phosphate 3-epimerase  69.68 
 
 
223 aa  313  2e-84  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.165855  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0342  ribulose-phosphate 3-epimerase  72.02 
 
 
225 aa  313  2e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2328  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  74.26 
 
 
228 aa  312  3e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.377828  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0584  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.61 
 
 
236 aa  311  5e-84  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.821706  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0156  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.33 
 
 
223 aa  310  1e-83  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.779269  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2907  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.81 
 
 
243 aa  309  2e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_53935  plastidic ribulose-phosphate 3-epimerase  67.89 
 
 
260 aa  310  2e-83  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.014305  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2858  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.81 
 
 
228 aa  309  3e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0508  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.81 
 
 
228 aa  308  3e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.471552  normal  0.840535 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0465  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.81 
 
 
228 aa  308  5e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.710301  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00503  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.62 
 
 
239 aa  308  5e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0441  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.81 
 
 
228 aa  308  5e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3623  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.38 
 
 
228 aa  306  1e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04198  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.78 
 
 
269 aa  305  5e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1715  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  66.52 
 
 
229 aa  304  8e-82  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2472  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  67.39 
 
 
232 aa  301  4e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2696  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.79 
 
 
227 aa  301  6e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1994  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.82 
 
 
229 aa  301  6e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0264  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.44 
 
 
234 aa  301  6e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0746  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  66.36 
 
 
228 aa  300  8e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3494  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.26 
 
 
238 aa  301  8e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00334689  hitchhiker  8.5645e-05 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0659  ribulose-phosphate 3-epimerase  65.75 
 
 
228 aa  299  3e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0463  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.37 
 
 
227 aa  298  4e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0924  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.58 
 
 
231 aa  298  5e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3176  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.25 
 
 
266 aa  297  1e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3021  ribulose-phosphate 3-epimerase  68.92 
 
 
233 aa  297  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.515085  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0642  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.25 
 
 
231 aa  296  2e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3581  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.25 
 
 
228 aa  296  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0938  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.25 
 
 
231 aa  296  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0535  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.25 
 
 
231 aa  296  2e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.353597  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3554  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.25 
 
 
228 aa  296  2e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.442927  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1908  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.25 
 
 
231 aa  296  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3573  ribulose-phosphate 3-epimerase  67.25 
 
 
243 aa  296  2e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.715981  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3483  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  67.41 
 
 
233 aa  295  5e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.237875  normal  0.176522 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>