More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_0077 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008340  Mlg_1371  choline/carnitine/betaine transporter  71.04 
 
 		 689 aa  635    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.274218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 546 aa  1070    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  50.48 
 
 		 659 aa  496  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  50.48 
 
 		 659 aa  496  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  50.86 
 
 		 657 aa  481  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  47.98 
 
 		 545 aa  481  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  50.76 
 
 		 661 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  50.19 
 
 		 661 aa  463  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  50.18 
 
 		 664 aa  459  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  44.97 
 
 		 637 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  48.01 
 
 		 685 aa  452  1.0000000000000001e-126  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  50.76 
 
 		 667 aa  450  1e-125  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  50.76 
 
 		 667 aa  450  1e-125  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  50.57 
 
 		 667 aa  449  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  50.76 
 
 		 667 aa  450  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  48.72 
 
 		 667 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  51.33 
 
 		 660 aa  444  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  46.76 
 
 		 538 aa  444  1e-123  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  47.94 
 
 		 530 aa  441  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  50.72 
 
 		 668 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  47.01 
 
 		 682 aa  440  9.999999999999999e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  46.95 
 
 		 682 aa  438  1e-121  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  50.51 
 
 		 658 aa  436  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  50 
 
 		 673 aa  436  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  51.05 
 
 		 661 aa  437  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  51.02 
 
 		 658 aa  433  1e-120  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  46.53 
 
 		 687 aa  432  1e-120  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  51.02 
 
 		 658 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  49.8 
 
 		 658 aa  434  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  51.02 
 
 		 658 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  49.8 
 
 		 658 aa  433  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  44.75 
 
 		 646 aa  434  1e-120  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  50.82 
 
 		 661 aa  434  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  50.82 
 
 		 658 aa  429  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  49.8 
 
 		 658 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  41.34 
 
 		 606 aa  427  1e-118  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  47.55 
 
 		 660 aa  424  1e-117  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  44.51 
 
 		 676 aa  424  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  47.14 
 
 		 541 aa  420  1e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  43.07 
 
 		 656 aa  420  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  50.31 
 
 		 658 aa  420  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  45.54 
 
 		 673 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  44.97 
 
 		 676 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  46.68 
 
 		 676 aa  416  9.999999999999999e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  44.7 
 
 		 691 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  43.5 
 
 		 551 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  46.94 
 
 		 698 aa  416  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  45.9 
 
 		 682 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  46.42 
 
 		 676 aa  415  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  43.42 
 
 		 573 aa  409  1e-113  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  45.87 
 
 		 644 aa  411  1e-113  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  48.13 
 
 		 520 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  43.23 
 
 		 666 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  45.16 
 
 		 676 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  45.16 
 
 		 676 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  39.7 
 
 		 664 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  43.83 
 
 		 676 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  43.83 
 
 		 676 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0309  choline/carnitine/betaine transporter  50 
 
 		 552 aa  405  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.670789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  49.16 
 
 		 524 aa  404  1e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  43.83 
 
 		 676 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5269  choline transporter  39.7 
 
 		 664 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  43.83 
 
 		 676 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  43.29 
 
 		 671 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  43.83 
 
 		 676 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  42.91 
 
 		 653 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  43.83 
 
 		 716 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  43.83 
 
 		 716 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  43.45 
 
 		 526 aa  395  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  44.27 
 
 		 556 aa  397  1e-109  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  44.35 
 
 		 538 aa  395  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  45.33 
 
 		 490 aa  396  1e-109  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3308  choline/carnitine/betaine transporter  47.65 
 
 		 698 aa  398  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.634741 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  44.47 
 
 		 508 aa  393  1e-108  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  41.98 
 
 		 523 aa  394  1e-108  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  44.4 
 
 		 550 aa  394  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  43.8 
 
 		 542 aa  391  1e-107  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1851  choline/carnitine/betaine transporter  43.98 
 
 		 543 aa  390  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.993809  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  44.44 
 
 		 498 aa  382  1e-105  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  42.89 
 
 		 503 aa  384  1e-105  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  43.37 
 
 		 606 aa  382  1e-105  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  45.13 
 
 		 497 aa  382  1e-105  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  43.85 
 
 		 662 aa  382  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001291  choline/carnitine/betaine transporter family protein  39.21 
 
 		 578 aa  380  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.335478  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  44.9 
 
 		 637 aa  380  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  38.32 
 
 		 679 aa  382  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4280  choline/carnitine/betaine transporter  42.14 
 
 		 720 aa  382  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.692689  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  41.51 
 
 		 667 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  42.75 
 
 		 567 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  44.26 
 
 		 580 aa  377  1e-103  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  43.7 
 
 		 665 aa  376  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  41.67 
 
 		 667 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  41.51 
 
 		 667 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  42.31 
 
 		 667 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1835  choline/carnitine/betaine transporter  41.07 
 
 		 671 aa  374  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.314511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  42.51 
 
 		 684 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  43.38 
 
 		 603 aa  373  1e-102  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10935  glycine betaine transport integral membrane protein betP  46.54 
 
 		 593 aa  372  1e-101  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0734  choline/carnitine/betaine transporter  51.36 
 
 		 426 aa  369  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.797641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  42.73 
 
 		 553 aa  370  1e-101  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>