More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Haur_4308 on replicon NC_009972
Organism: Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
552 aa  1133    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.64 
 
 
1131 aa  268  2e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1854  histidine kinase  35.29 
 
 
1111 aa  255  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.131557  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.39 
 
 
443 aa  252  2e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.39 
 
 
443 aa  249  8e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.46 
 
 
318 aa  241  2e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 
310 aa  241  2e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.57 
 
 
441 aa  241  2e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.05 
 
 
308 aa  224  3e-57  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.010948 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1275  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.21 
 
 
304 aa  221  3e-56  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00827298  normal  0.435617 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1873  response regulator receiver  38.41 
 
 
326 aa  219  8.999999999999998e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.65 
 
 
313 aa  217  4e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.42 
 
 
326 aa  213  7e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3468  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.2 
 
 
412 aa  213  7.999999999999999e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.37 
 
 
340 aa  197  5.000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.483  normal  0.196753 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1584  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.23 
 
 
319 aa  195  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.335279  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.59 
 
 
312 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.520966  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.09 
 
 
322 aa  186  1.0000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1162  diguanylate cyclase  35.86 
 
 
373 aa  180  7e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.332491 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0945  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.84 
 
 
305 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2062  GGDEF domain-containing protein  33.1 
 
 
306 aa  169  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0349551  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1313  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.07 
 
 
312 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000261036  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0768  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.29 
 
 
353 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3193  diguanylate cyclase  39.2 
 
 
462 aa  160  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.02 
 
 
883 aa  160  5e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.96 
 
 
786 aa  158  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.33 
 
 
753 aa  158  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.32 
 
 
797 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  31.67 
 
 
278 aa  152  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0652  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.62 
 
 
297 aa  150  6e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2486  diguanylate cyclase  46.89 
 
 
439 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000254421  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4451  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.99 
 
 
314 aa  148  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.586345 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.66 
 
 
766 aa  148  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1989  diguanylate cyclase  40.51 
 
 
442 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000357818  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1937  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  42.37 
 
 
436 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0282  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.63 
 
 
306 aa  144  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205887  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0804  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.8 
 
 
314 aa  143  7e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.504991 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2819  diguanylate cyclase  41.99 
 
 
438 aa  143  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000520374  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2291  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 
442 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.56 
 
 
773 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.23 
 
 
1023 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4115  response regulator receiver protein  28.43 
 
 
311 aa  138  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0280  response regulator receiver protein  28.62 
 
 
295 aa  137  6.0000000000000005e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.932912 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  39.55 
 
 
353 aa  136  9e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.07 
 
 
1036 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2051  diguanylate cyclase  41.45 
 
 
441 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  24.87 
 
 
458 aa  134  5e-30  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  27.08 
 
 
457 aa  134  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  26.26 
 
 
458 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0013  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  27.4 
 
 
314 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.992585 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.64 
 
 
632 aa  131  3e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  36.27 
 
 
446 aa  128  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.44 
 
 
581 aa  127  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  37.75 
 
 
446 aa  127  7e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.27 
 
 
338 aa  127  7e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  25.54 
 
 
457 aa  126  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  33.67 
 
 
584 aa  125  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.95 
 
 
598 aa  125  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  26.18 
 
 
455 aa  124  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.46 
 
 
610 aa  124  4e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.46 
 
 
633 aa  124  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  25.95 
 
 
457 aa  124  5e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.42 
 
 
599 aa  123  7e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.87 
 
 
316 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0623  DNA-binding response regulator  43.08 
 
 
231 aa  120  6e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000212568  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  25.2 
 
 
466 aa  120  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.77 
 
 
613 aa  120  7e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0378  DNA-binding heavy metal response regulator  45 
 
 
224 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4800  heavy metal response regulator  45 
 
 
224 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00185939 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.8 
 
 
715 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  24.56 
 
 
457 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  42.31 
 
 
231 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.45 
 
 
308 aa  118  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1963  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 
246 aa  118  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.470012 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1936  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 
246 aa  118  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  26.4 
 
 
461 aa  117  5e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1213  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  28.38 
 
 
457 aa  117  5e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  25.06 
 
 
457 aa  117  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3637  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.15 
 
 
246 aa  117  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.1 
 
 
572 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.98 
 
 
584 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 
224 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3624  two component heavy metal response transcriptional regulator  45.83 
 
 
224 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.44 
 
 
224 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3058  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  43.7 
 
 
227 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.72 
 
 
322 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0618  DNA-binding transcriptional activator CusR  43.7 
 
 
227 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000374882  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0521  two component transcriptional regulator  40.34 
 
 
223 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.720367  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.67 
 
 
236 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3426  DNA-binding transcriptional activator CusR  44.54 
 
 
226 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.47 
 
 
353 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0651  DNA-binding transcriptional activator CusR  43.7 
 
 
227 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.589216  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3075  DNA-binding transcriptional activator CusR  43.7 
 
 
227 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204173  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0588  DNA-binding transcriptional activator CusR  43.7 
 
 
227 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.372008  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01884  predicted DNA-binding response regulator in two-component system with YedV  46.22 
 
 
223 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000533293  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2420  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.29 
 
 
933 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42243  hitchhiker  0.0000359369 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4757  two component heavy metal response transcriptional regulator  47.46 
 
 
223 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0878196  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2070  transcriptional regulatory protein YedW  46.22 
 
 
260 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.15395e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.57 
 
 
637 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0914  transcriptional regulatory protein YedW  46.22 
 
 
260 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000013212  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>