More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HY04AAS1_0258 on replicon NC_011126
Organism: Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_4499  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.54 
 
 
1375 aa  1150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4697  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.67 
 
 
1343 aa  1106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.117256  hitchhiker  3.43099e-06 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3839  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.39 
 
 
1374 aa  1125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.353736  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4756  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.45 
 
 
1357 aa  1105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4435  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.92 
 
 
1342 aa  1116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.399722  decreased coverage  2.77463e-06 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4038  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.92 
 
 
1342 aa  1116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0403787  hitchhiker  0.00374316 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.45 
 
 
1342 aa  1118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0794  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.77 
 
 
1360 aa  1124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.235631 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0477  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.67 
 
 
1357 aa  1104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4017  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.22 
 
 
1376 aa  1149  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.563725 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2810  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.38 
 
 
1342 aa  1115  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102382  normal  0.453839 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0328  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.96 
 
 
1375 aa  1134  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.853361  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0241  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.36 
 
 
1368 aa  1107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.060417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0510  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  51.03 
 
 
1370 aa  983  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.301661  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0319  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.09 
 
 
1368 aa  1100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0158483  normal  0.343898 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0360  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.71 
 
 
1374 aa  1127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2196  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.1 
 
 
1384 aa  1135  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.035759  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04530  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.06 
 
 
1383 aa  1129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0997174  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3314  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.07 
 
 
1368 aa  1104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3652  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.39 
 
 
1368 aa  1060  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.220946  hitchhiker  6.67023e-06 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4475  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.92 
 
 
1342 aa  1116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0736818  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1041  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  39.2 
 
 
1312 aa  966  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1428  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  42.22 
 
 
1270 aa  1000  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.894677  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2848  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.77 
 
 
1368 aa  1075  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1347  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.54 
 
 
1387 aa  1140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.039354 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2106  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.17 
 
 
1384 aa  1137  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0644464  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0232  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  39.09 
 
 
1259 aa  819  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.200123  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0268  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.16 
 
 
1368 aa  1101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.716165 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0042  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.31 
 
 
1366 aa  1088  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.24956e-16 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3867  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.63 
 
 
1375 aa  991  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.87 
 
 
1322 aa  1093  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.146327  hitchhiker  0.0018171 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0268  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.56 
 
 
1378 aa  998  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0702  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  52.36 
 
 
1368 aa  974  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2036  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.69 
 
 
1372 aa  1113  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.947917 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0480  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.64 
 
 
1357 aa  1102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262679  normal  0.0306779 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3468  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  47.62 
 
 
1455 aa  996  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  3.42791e-05 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1205  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.5 
 
 
1377 aa  1142  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.130962  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5081  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.21 
 
 
1372 aa  1163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.563894  normal  0.835448 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1952  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.8 
 
 
1400 aa  1110  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1061  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.39 
 
 
1370 aa  1139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.449101  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2730  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.73 
 
 
1375 aa  1109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.15817  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1943  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  39.57 
 
 
1270 aa  943  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.205302  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3916  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.4 
 
 
1357 aa  1110  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3766  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.44 
 
 
1343 aa  1113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0265779  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0197  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.29 
 
 
1342 aa  1103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0160198  normal  0.0544036 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2542  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.44 
 
 
1377 aa  1108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0978  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.74 
 
 
1380 aa  1127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.344498  normal  0.02017 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4283  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.31 
 
 
1366 aa  1085  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.644597  hitchhiker  1.2374e-09 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0830  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.14 
 
 
1357 aa  1099  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.94 
 
 
1343 aa  1118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0862378  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0277  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.2 
 
 
1342 aa  1108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274525  normal  0.0126314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4324  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.51 
 
 
1343 aa  1102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.397573  unclonable  9.17955e-10 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4528  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.92 
 
 
1342 aa  1116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00027001  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4220  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.92 
 
 
1342 aa  1116  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000188468  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00225  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.39 
 
 
1342 aa  1108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.77 
 
 
1377 aa  1133  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.310876  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.21 
 
 
1358 aa  1162  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.209145 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2729  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  43.34 
 
 
1362 aa  1155  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.466939 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3860  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.45 
 
 
1342 aa  1118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00178402  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2221  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.65 
 
 
1416 aa  1134  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480629  decreased coverage  0.00212341 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1947  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.77 
 
 
1377 aa  1149  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0189  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.05 
 
 
1343 aa  1106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.230411  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0046  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.71 
 
 
1366 aa  1097  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.148262  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00025  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  39.34 
 
 
1270 aa  934  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0849  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  38.69 
 
 
1267 aa  783  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.645199  normal  0.132686 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3449  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  37.74 
 
 
1288 aa  772  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.806557  normal  0.0329985 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3335  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.95 
 
 
1371 aa  1127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.41705e-07 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0205  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.71 
 
 
1342 aa  1117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3885  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.58 
 
 
1342 aa  1101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03816  hypothetical protein  43.92 
 
 
1342 aa  1116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.105968  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3731  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.78 
 
 
1342 aa  1101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2967  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.24 
 
 
1368 aa  1100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.194981  normal  0.648216 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1422  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.27 
 
 
1379 aa  998  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.381811 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0588  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.51 
 
 
1374 aa  1079  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.71897  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06170  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.56 
 
 
1358 aa  1123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0449  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.29 
 
 
1377 aa  1029  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3246  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.14 
 
 
1374 aa  1077  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1710  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  39.34 
 
 
1269 aa  800  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.845619 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0426  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  38.63 
 
 
1269 aa  927  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.277885  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2781  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.03 
 
 
1363 aa  1076  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0443  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  39.82 
 
 
1238 aa  921  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2176  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  43.61 
 
 
1359 aa  1128  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.638444 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4477  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  38.22 
 
 
1271 aa  792  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2949  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  40.86 
 
 
1148 aa  685  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0481  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  39.9 
 
 
1152 aa  671  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0353  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  40.47 
 
 
1385 aa  989  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.550494  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1108  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  40.83 
 
 
1279 aa  1001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.10244  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002173  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  43.25 
 
 
1342 aa  1108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4016  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  42.36 
 
 
1403 aa  1121  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.303023  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0316  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  42.89 
 
 
1388 aa  1101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.376898  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.84 
 
 
1342 aa  1118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0404668  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2072  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.51 
 
 
1363 aa  1122  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.244154  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  39.84 
 
 
1176 aa  698  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1826  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.51 
 
 
1379 aa  1122  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.365414  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2331  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  43.12 
 
 
1358 aa  1141  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.524263  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1901  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.57 
 
 
1374 aa  1151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.727918  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2271  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.91 
 
 
1422 aa  1145  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0258  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  100 
 
 
1470 aa  2997  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0398012  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.92 
 
 
1342 aa  1110  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.4876 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4483  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.92 
 
 
1342 aa  1110  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.977508  hitchhiker  0.00153179 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>