257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_tMet02 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008309  HS_tMet02  tRNA-Met  100 
 
 
80 bp  159  1e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0193377  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  96.92 
 
 
77 bp  113  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  96.92 
 
 
79 bp  113  6e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  96.92 
 
 
77 bp  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4209  tRNA-Met  96.92 
 
 
79 bp  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00407294  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0025  tRNA-Met  96.72 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0029  tRNA-Met  96.72 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5058  tRNA-Met  96.72 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4687  tRNA-Met  96.72 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00526927  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00056  tRNA-Ile  96.49 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.366108  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0013  tRNA-Met  96.49 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.046309  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4699  tRNA-Met  96.49 
 
 
78 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.744605  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3473  tRNA-Met  96.49 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.103015  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4382  tRNA-Met  96.49 
 
 
78 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.156688  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3569  tRNA-Met  96.49 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3363  tRNA-Met  96.49 
 
 
78 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.130991  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0018  tRNA-Met  96.49 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.689825  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3658  tRNA-Met  96.49 
 
 
78 bp  89.7  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.458694  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3515  tRNA-Met  95.08 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0017  tRNA-Met  96.49 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0140072  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5070  tRNA-Met  96.49 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0389718  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3467  tRNA-Met  96.49 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154969 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3403  tRNA-Met  96.49 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2777  tRNA-Met  95.08 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.379753  normal  0.476878 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0015  tRNA-Met  96.49 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74849  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3399  tRNA-Met  96.49 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.143765  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0080  tRNA-Met  96.49 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0819155  normal  0.0971338 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  94.64 
 
 
77 bp  87.7  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3898  tRNA-Met  91.8 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0668  tRNA-Met  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00123939  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0079  tRNA-Met  94.34 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0501725  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0072  tRNA-Met  94.34 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.571883  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1863  tRNA-Met  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000158589  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1220  tRNA-Met  90 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.400945  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0047  tRNA-Met  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.675982  normal  0.0740493 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0043  tRNA-Met  97.67 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0603767  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  95.24 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  95.24 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  95.24 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0022  tRNA-Met  92 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00591364 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0007  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0028  tRNA-Met  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000152188  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0039  tRNA-Met  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067349  normal  0.10104 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t30  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00107522  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0615  tRNA-Met  92.45 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.294067  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0022  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0016  tRNA-Met  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00509711  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0217  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00000283281  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4332  tRNA-Met  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  93.02 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0005  tRNA-Met  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00829837  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0120  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000419542  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0041  tRNA-Met  87.1 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.747779  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  88.89 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0025  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000863723  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0033  tRNA-Met  92.86 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.311584 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0052  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0246441 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0026  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.629684 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  92.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0041  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00042704  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt021  tRNA-Met  86.67 
 
 
77 bp  56  0.000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  decreased coverage  0.000111165  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0018  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0019  tRNA-Met  96.88 
 
 
74 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0744  tRNA-Met  86.67 
 
 
77 bp  56  0.000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1573  tRNA-Met  94.44 
 
 
74 bp  56  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0039  tRNA-Met  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>