More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_0057 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008309  HS_0057  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
236 aa  485  1e-136  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00297659  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4296  epimerase  39.15 
 
 
254 aa  151  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4326  epimerase  38.3 
 
 
254 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4411  epimerase  38.3 
 
 
254 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0676156  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4409  epimerase  38.3 
 
 
254 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4479  epimerase  37.45 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.882429  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0712  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.98 
 
 
225 aa  89.4  5e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2230  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  27.43 
 
 
227 aa  87.4  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.375841  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.14 
 
 
214 aa  87  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.14 
 
 
214 aa  86.3  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.14 
 
 
214 aa  86.3  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.14 
 
 
214 aa  86.3  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.14 
 
 
214 aa  86.3  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.14 
 
 
214 aa  86.3  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.14 
 
 
214 aa  86.3  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.14 
 
 
214 aa  86.3  4e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1957  ribulose-phosphate 3-epimerase  29.33 
 
 
225 aa  85.9  5e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.14 
 
 
214 aa  85.5  6e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.67 
 
 
214 aa  85.1  8e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.14 
 
 
214 aa  85.1  9e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2043  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.44 
 
 
211 aa  84.3  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2371  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.15 
 
 
227 aa  84  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2879  Ribulose-phosphate 3-epimerase  25 
 
 
229 aa  83.6  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  29.36 
 
 
225 aa  83.2  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  29.19 
 
 
227 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0481  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.01 
 
 
215 aa  82.8  0.000000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0954  Ribulose-phosphate 3-epimerase  29.58 
 
 
227 aa  82.8  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03238  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.85 
 
 
225 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.841593  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0327  Ribulose-phosphate 3-epimerase  26.85 
 
 
225 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3763  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.85 
 
 
225 aa  82  0.000000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0483274  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3855  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.85 
 
 
225 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.004029  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3582  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.85 
 
 
225 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.111758  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03190  hypothetical protein  26.85 
 
 
225 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3662  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.85 
 
 
225 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.383295  normal  0.0239622 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2074  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.59 
 
 
222 aa  82  0.000000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000380872  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4690  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.85 
 
 
225 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.632143  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0103  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.35 
 
 
231 aa  82  0.000000000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0118359  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0327  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.85 
 
 
225 aa  82  0.000000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.204958  normal  0.201128 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2419  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.14 
 
 
225 aa  82  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.176106  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.92 
 
 
225 aa  81.6  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.9 
 
 
225 aa  81.3  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0219  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.01 
 
 
224 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0486776 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4601  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.78 
 
 
225 aa  81.6  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.361738  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.83 
 
 
231 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3755  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.85 
 
 
225 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3680  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.98 
 
 
225 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3851  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.85 
 
 
225 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1028  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.14 
 
 
215 aa  80.5  0.00000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.198537  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0292  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.54 
 
 
225 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00024  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.44 
 
 
223 aa  80.1  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3692  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  26.54 
 
 
225 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0253  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  26.54 
 
 
225 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3888  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  26.54 
 
 
225 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.384968 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5429  ribulose-phosphate 3-epimerase  28.57 
 
 
227 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0267  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.07 
 
 
222 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.137082  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2726  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.44 
 
 
225 aa  79  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3700  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.54 
 
 
236 aa  79  0.00000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2597  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.45 
 
 
209 aa  78.6  0.00000000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.943131  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4107  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.07 
 
 
224 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.887514  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2202  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.98 
 
 
236 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.780277  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4077  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.07 
 
 
224 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0584  ribulose-phosphate 3-epimerase  24.76 
 
 
236 aa  78.2  0.0000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.821706  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4195  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.07 
 
 
224 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3997  Ribulose-phosphate 3-epimerase  26.07 
 
 
224 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.98 
 
 
223 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  25.59 
 
 
219 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3799  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.39 
 
 
225 aa  77.4  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0860843 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  25 
 
 
220 aa  77  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0244  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.07 
 
 
224 aa  77  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3682  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.51 
 
 
225 aa  77  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.341104  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2632  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  27.14 
 
 
217 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0346  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.07 
 
 
224 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3789  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.51 
 
 
225 aa  77  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.475261  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2395  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.91 
 
 
221 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1715  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  25.79 
 
 
229 aa  76.6  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3254  ribulose-phosphate 3-epimerase  25.91 
 
 
214 aa  76.3  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0664105  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0746  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  24.55 
 
 
228 aa  76.3  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12473  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.7 
 
 
219 aa  76.3  0.0000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0991  ribulose-phosphate 3-epimerase  30.05 
 
 
234 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.459485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1911  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.57 
 
 
230 aa  76.3  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.822201  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2364  ribulose-phosphate 3-epimerase  24.55 
 
 
229 aa  75.9  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2925  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  26.07 
 
 
219 aa  75.9  0.0000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0479  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.49 
 
 
224 aa  75.9  0.0000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3362  ribulose-phosphate 3-epimerase  24.42 
 
 
230 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0175  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.06 
 
 
228 aa  75.5  0.0000000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0229  ribulose-phosphate 3-epimerase  25.58 
 
 
225 aa  75.5  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0846712  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3962  ribulose-phosphate 3-epimerase  25.58 
 
 
225 aa  75.5  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0524071  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3723  ribulose-phosphate 3-epimerase  25.58 
 
 
225 aa  75.5  0.0000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00616256  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0307  Ribulose-phosphate 3-epimerase  27.78 
 
 
223 aa  75.1  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_53935  plastidic ribulose-phosphate 3-epimerase  26.32 
 
 
260 aa  75.1  0.0000000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.014305  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1281  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.51 
 
 
214 aa  75.1  0.0000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2492  ribulose-phosphate 3-epimerase  24.31 
 
 
223 aa  75.1  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1306  ribulose-phosphate 3-epimerase  26.51 
 
 
214 aa  75.1  0.0000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0153242  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  27.01 
 
 
218 aa  75.1  0.0000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2582  ribulose-phosphate 3-epimerase  25.11 
 
 
230 aa  74.7  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2125  ribulose-phosphate 3-epimerase  25.58 
 
 
225 aa  74.7  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00642843 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2472  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  24.79 
 
 
232 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  25.71 
 
 
221 aa  74.7  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0932  Ribulose-phosphate 3-epimerase  29.58 
 
 
227 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.327749  normal  0.83421 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3879  ribulose-phosphate 3-epimerase  24.07 
 
 
225 aa  74.7  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>