More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_0007 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008309  HS_0007  Sua5 family translation factor  100 
 
 
192 aa  398  1e-110  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4507  putative ribosome maturation factor  52.22 
 
 
189 aa  201  7e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000123843  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0621  putative ribosome maturation factor  50.8 
 
 
190 aa  197  1e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.35377e-07  normal  0.0218454 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3878  putative ribosome maturation factor  50.8 
 
 
190 aa  197  1e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.21724e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0320  putative ribosome maturation factor  50.8 
 
 
190 aa  197  1e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00340055  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0360  SUA5/yciO/yrdC domain protein  49.19 
 
 
190 aa  195  3e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00353678  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3785  SUA5/yciO/yrdC domain protein  50.56 
 
 
189 aa  195  4e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000349894  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3964  SUA5/yciO/yrdC domain protein  50.56 
 
 
189 aa  193  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0443  SUA5/yciO/yrdC domain protein  50 
 
 
189 aa  191  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0414266  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3598  putative ribosome maturation factor  46.03 
 
 
190 aa  184  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  3.92621e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3769  putative ribosome maturation factor  46.03 
 
 
190 aa  184  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3706  putative ribosome maturation factor  46.03 
 
 
190 aa  184  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00895861  normal  0.0457985 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3599  putative ribosome maturation factor  46.03 
 
 
190 aa  184  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165088  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3578  putative ribosome maturation factor  47.09 
 
 
190 aa  184  7e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000356689  normal  0.210928 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4605  putative ribosome maturation factor  47.09 
 
 
190 aa  183  1e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00037483  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0431  putative ribosome maturation factor  47.09 
 
 
190 aa  183  1e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000651725  hitchhiker  0.00293146 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0431  SUA5/yciO/yrdC domain protein  47.09 
 
 
190 aa  183  1e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.49236e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03084  hypothetical protein  47.09 
 
 
190 aa  183  1e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.017933  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03133  predicted ribosome maturation factor  47.09 
 
 
190 aa  183  1e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00993988  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3671  putative ribosome maturation factor  46.03 
 
 
190 aa  183  2e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0413921  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3667  putative ribosome maturation factor  47.51 
 
 
205 aa  181  4e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.09494e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3765  putative ribosome maturation factor  47.51 
 
 
205 aa  181  4e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.51499e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3476  putative ribosome maturation factor  47.51 
 
 
205 aa  181  6e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.39267e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3714  putative ribosome maturation factor  47.62 
 
 
200 aa  181  8e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0011772  normal  0.0258765 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002065  YrdC family protein  45.9 
 
 
185 aa  179  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.694724  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0082  hypothetical protein  45.9 
 
 
185 aa  178  5e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.687702  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00384  translation factor  45.36 
 
 
185 aa  177  8e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0417  hypothetical protein  44.81 
 
 
198 aa  167  6e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2466  Sua5/YciO/YrdC family protein  42.08 
 
 
188 aa  162  4e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00622558  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.09 
 
 
185 aa  154  8e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268227  normal  0.36574 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0029  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  42.86 
 
 
188 aa  154  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.480067  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0041  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.01 
 
 
185 aa  150  9e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00240763  normal  0.264838 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0034  translation factor SUA5  38.59 
 
 
188 aa  149  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.12599  hitchhiker  0.00900731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0032  translation factor SUA5  38.59 
 
 
188 aa  149  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.86833  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0040  translation factor SUA5  38.04 
 
 
188 aa  148  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.123848  hitchhiker  4.48294e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0049  SUA5/YciO/YrdC-like protein  40.93 
 
 
190 aa  147  8e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.251569 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3730  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.24 
 
 
185 aa  147  8e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0238268  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.59 
 
 
188 aa  147  9e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.59 
 
 
188 aa  146  2e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0032  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.59 
 
 
188 aa  146  2e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.59 
 
 
188 aa  146  2e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  7.7729e-08 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0024  translation factor SUA5  41.53 
 
 
191 aa  145  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.59 
 
 
188 aa  145  5e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121984 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0029  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.59 
 
 
188 aa  144  6e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.864856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0037  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  42.94 
 
 
187 aa  144  6e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0029  SUA5/yciO/yrdC-like protein  39.67 
 
 
188 aa  142  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00284591  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1870  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  34.24 
 
 
209 aa  142  4e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2864  SUA5/yciO/yrdC-like protein  36.9 
 
 
185 aa  141  5e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1935  hypothetical protein  34.24 
 
 
209 aa  141  6e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00027  putative double-stranded RNA-binding protein with unique protein fold, with YrdC/RibB domain  35.64 
 
 
201 aa  141  7e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00200  RNA binding yrdC protein  39.36 
 
 
185 aa  141  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0077597  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2825  putative translation factor, SUA5/yciO/yrdC-like  38.8 
 
 
185 aa  140  8e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  8.09913e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04048  Sua5/YciO/YrdC family protein  35.52 
 
 
187 aa  139  2e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0347  SUA5/yciO/yrdC-like protein  40.7 
 
 
180 aa  139  4e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0028  SUA5/yciO/yrdC-like  41.76 
 
 
187 aa  139  4e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0072  ribosome maturation factor  38.29 
 
 
191 aa  137  8e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0027  putative RNA-binding protein  39.89 
 
 
183 aa  136  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.667549  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0190  putative translation factor, SUA5/YciO/YrdC-like protein  37.31 
 
 
190 aa  136  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2278  SUA5/yciO/yrdC domain protein  37.57 
 
 
197 aa  136  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.940208  normal  0.0280741 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2460  translation factor SUA5  36.63 
 
 
188 aa  135  3e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0732  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  37.5 
 
 
185 aa  134  6e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0058  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  39.36 
 
 
185 aa  132  2e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3592  SUA5/yciO/yrdC domain  35.33 
 
 
196 aa  132  3e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.423964  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2838  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.31 
 
 
186 aa  132  4e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0070  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.57 
 
 
185 aa  132  4e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0492893  hitchhiker  7.66437e-06 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2103  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.17 
 
 
186 aa  131  5e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.345955  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0089  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  37.57 
 
 
185 aa  131  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.314093  hitchhiker  5.10467e-06 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2328  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.26 
 
 
191 aa  131  6e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0083  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.17 
 
 
186 aa  130  1e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00103971  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0023  hypothetical protein  40.91 
 
 
185 aa  129  2e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.841685  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  37.04 
 
 
185 aa  129  2e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.592452 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00240  hypothetical protein  40.34 
 
 
185 aa  130  2e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2633  SUA5/yciO/yrdC-like protein  36.41 
 
 
190 aa  129  2e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106917  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0022  SUA5/yciO/yrdC, N-terminal  38.83 
 
 
185 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  36.51 
 
 
185 aa  128  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.835524  hitchhiker  7.33254e-14 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0020  SUA5/yciO/yrdC-like  37.43 
 
 
185 aa  127  7e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.04623e-05  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0174  SUA5/yciO/yrdC family domain protein  38.3 
 
 
185 aa  127  1e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0019  SUA5/yciO/yrdC-like  36.93 
 
 
186 aa  126  2e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0046  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  40.8 
 
 
190 aa  125  4e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2091  SUA5/yciO/yrdC domain protein  35.11 
 
 
185 aa  118  4e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0858595  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1909  SUA5/yciO/yrdC domain  31.52 
 
 
186 aa  107  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2262  Sua5/YciO/YrdC family protein  31.52 
 
 
186 aa  107  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2462  SUA5/yciO/yrdC-like  34.52 
 
 
214 aa  101  7e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.303461 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2134  hypothetical protein  32.68 
 
 
214 aa  99.8  2e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.437121 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  33.55 
 
 
325 aa  90.1  2e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2376  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  27.5 
 
 
262 aa  89.4  3e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2757  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  30.3 
 
 
225 aa  89  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3463  translation factor SUA5  34.35 
 
 
211 aa  86.7  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0993793  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1595  translation factor SUA5  26.23 
 
 
203 aa  82.8  3e-15  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  8.29536e-14  normal  0.144642 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0231  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.03 
 
 
335 aa  82  5e-15  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00706793  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17950  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.58 
 
 
364 aa  81.6  6e-15  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0108517  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1564  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  25.14 
 
 
204 aa  81.6  7e-15  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.0349e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1596  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  25.68 
 
 
203 aa  81.3  8e-15  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1773  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  24.38 
 
 
344 aa  80.9  1e-14  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4181  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.85 
 
 
343 aa  80.1  2e-14  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  8.33844e-08  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0607  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  32.69 
 
 
364 aa  79.7  2e-14  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.97472  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1789  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  24.19 
 
 
202 aa  79.3  3e-14  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1547  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  28.57 
 
 
198 aa  79.3  3e-14  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  30.71 
 
 
349 aa  78.6  5e-14  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1782  translation factor SUA5  27.51 
 
 
337 aa  78.2  7e-14  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>