94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1390 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1390  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0013  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0014  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0005  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0009  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0057  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.921424  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0007  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.866395  normal  0.129572 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0008  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56031  normal  0.0314068 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0063  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0044  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26100  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0061  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381329 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0056  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0006  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0054  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0007  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0007  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01900  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.952445 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27060  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.14879  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0057  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.32045  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0057  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.783183  normal  0.0478454 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0006  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0006  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0483173  normal  0.730879 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0055  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0009  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00118273  normal  0.0247339 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14043  tRNA-Arg  94 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0938748  normal  0.536997 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0005  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0073  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0334758  normal  0.0113407 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0072  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0596228 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0005  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.134244  hitchhiker  0.00821182 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0061  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0074  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.214945  normal  0.0186415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0075  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0336588  normal  0.167118 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0009  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0111  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0059  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.673271  normal  0.352289 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0023  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.157994  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0050  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000344943  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0070  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135947  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0006  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0020  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0062  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0080  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309183  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.609025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309275  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309359  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0032  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0007  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.818817  hitchhiker  0.0000144488 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0011  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.836815 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0006  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.981742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0043  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0037  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000022611  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0028  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0172  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.678062  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0063  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.257054  normal  0.817877 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.652554  normal  0.867561 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0065  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.68192e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0053  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376557  hitchhiker  8.69297e-22 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1576  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt26  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.546843 
 
 
-
 
NC_002950  PGt25  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.552192 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0098  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237653  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0014  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0054104  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1611  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.707848 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0048  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00527947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0084  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000144766  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0032  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0041  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000324571  normal  0.101543 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0026  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0007  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t32  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0011176  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0026  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155557  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0026  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0038  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.427754  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0003  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0040  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000753452  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0041  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309161  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0005  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0012  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.75723  normal  0.670239 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309117  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309086  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0058  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.124943  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19370  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06030  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.936172  hitchhiker  0.000000000387483 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>