200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1379 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1379  tRNA-Leu  100 
 
 
91 bp  180  4e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.107567 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0012  tRNA-Leu  94.81 
 
 
88 bp  121  3e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.594813  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0027  tRNA-Leu  100 
 
 
88 bp  93.7  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21100  tRNA-Leu  97.87 
 
 
83 bp  85.7  2e-15  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.570038  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0033  tRNA-Leu  97.87 
 
 
85 bp  85.7  2e-15  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.34016  normal  0.730319 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21120  tRNA-Leu  97.87 
 
 
83 bp  85.7  2e-15  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  0.20293 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0036  tRNA-Leu  97.87 
 
 
88 bp  85.7  2e-15  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0619619  normal  0.0360334 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0037  tRNA-Leu  97.87 
 
 
88 bp  85.7  2e-15  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0612357  normal  0.0343105 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0030  tRNA-Leu  97.87 
 
 
85 bp  85.7  2e-15  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0035  tRNA-Leu  97.87 
 
 
84 bp  85.7  2e-15  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0028  tRNA-Leu  97.87 
 
 
88 bp  85.7  2e-15  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.380759  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0036  tRNA-Leu  97.87 
 
 
83 bp  85.7  2e-15  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  1.9352e-06  hitchhiker  0.000141748 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0034  tRNA-Leu  97.87 
 
 
83 bp  85.7  2e-15  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0037  tRNA-Leu  97.87 
 
 
87 bp  85.7  2e-15  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.994208  normal  0.020013 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13650  tRNA-Leu  97.87 
 
 
87 bp  85.7  2e-15  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00181798  normal  0.743101 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  97.92 
 
 
86 bp  79.8  1e-13  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0055  tRNA-Leu  97.92 
 
 
86 bp  79.8  1e-13  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.924042  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0024  tRNA-Leu  95.74 
 
 
86 bp  77.8  4e-13  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.478295  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0029  tRNA-Leu  95.74 
 
 
89 bp  77.8  4e-13  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.711987 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14022  tRNA-Leu  95.74 
 
 
89 bp  77.8  4e-13  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0024  tRNA-Leu  95.74 
 
 
86 bp  77.8  4e-13  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.7456  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0040  tRNA-Leu  95.74 
 
 
86 bp  77.8  4e-13  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00145069  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0036  tRNA-Leu  95.74 
 
 
86 bp  77.8  4e-13  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0031  tRNA-Leu  95.74 
 
 
84 bp  77.8  4e-13  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0989322 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17070  tRNA-Leu  95.74 
 
 
88 bp  77.8  4e-13  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.779723 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0027  tRNA-Leu  95.74 
 
 
86 bp  77.8  4e-13  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.994542  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0056  tRNA-Leu  97.62 
 
 
86 bp  75.8  2e-12  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.177317  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0063  tRNA-Leu  97.83 
 
 
88 bp  75.8  2e-12  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.294386  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0025  tRNA-Leu  97.62 
 
 
86 bp  75.8  2e-12  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.873101  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0038  tRNA-Leu  97.56 
 
 
86 bp  73.8  6e-12  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.34442e-13 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0040  tRNA-Leu  97.56 
 
 
86 bp  73.8  6e-12  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0360515  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0028  tRNA-Leu  97.56 
 
 
86 bp  73.8  6e-12  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.639598  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0086  tRNA-Leu  95.83 
 
 
89 bp  71.9  2e-11  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0035  tRNA-Leu  95.83 
 
 
88 bp  71.9  2e-11  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248446  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0072  tRNA-Leu  95.83 
 
 
89 bp  71.9  2e-11  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0030  tRNA-Leu  95.83 
 
 
85 bp  71.9  2e-11  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0290157  normal  0.678466 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0063  tRNA-Leu  95.83 
 
 
89 bp  71.9  2e-11  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727445  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0045  tRNA-Leu  95.83 
 
 
89 bp  71.9  2e-11  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259532  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0151  tRNA-Leu  97.3 
 
 
84 bp  65.9  2e-09  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0027  tRNA-Leu  95.56 
 
 
85 bp  65.9  2e-09  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.787126 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0007  tRNA-Leu  97.3 
 
 
84 bp  65.9  2e-09  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  97.5 
 
 
85 bp  63.9  6e-09  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0074  tRNA-Leu  97.44 
 
 
85 bp  61.9  2e-08  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0004  tRNA-Leu  97.14 
 
 
86 bp  61.9  2e-08  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.549944  normal  0.0458093 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0058  tRNA-Leu  97.44 
 
 
85 bp  61.9  2e-08  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0041  tRNA-Leu  97.14 
 
 
86 bp  61.9  2e-08  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  95.35 
 
 
85 bp  61.9  2e-08  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0066  tRNA-Leu  97.37 
 
 
85 bp  60  9e-08  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.421355 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0016  tRNA-Leu  97.37 
 
 
85 bp  60  9e-08  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0070  tRNA-Leu  97.37 
 
 
85 bp  60  9e-08  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.128359 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0026  tRNA-Leu  97.37 
 
 
85 bp  60  9e-08  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00329777  normal  0.13088 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0069  tRNA-Leu  97.37 
 
 
85 bp  60  9e-08  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365522  normal  0.0296897 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0045  tRNA-Leu  97.37 
 
 
85 bp  60  9e-08  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  95.12 
 
 
87 bp  58  4e-07  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  95.12 
 
 
87 bp  58  4e-07  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  95.12 
 
 
87 bp  58  4e-07  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  95.12 
 
 
87 bp  58  4e-07  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  95.12 
 
 
87 bp  58  4e-07  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  95 
 
 
87 bp  56  1e-06  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0033  tRNA-Leu  95 
 
 
90 bp  56  1e-06  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.37116 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  93.18 
 
 
87 bp  56  1e-06  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  94.87 
 
 
87 bp  54  6e-06  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  94.87 
 
 
87 bp  54  6e-06  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  96.67 
 
 
87 bp  52  2e-05  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07180  tRNA-Leu  89.13 
 
 
89 bp  52  2e-05  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  1.22258e-05  normal  0.69512 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4968  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  6.50666e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4910  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00037453  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  92.68 
 
 
89 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  92.68 
 
 
89 bp  50.1  9e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  8.56484e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  92.68 
 
 
89 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  6.25029e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4967  tRNA-Leu  92.68 
 
 
89 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  6.70615e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4962  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000175711  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  92.68 
 
 
89 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  92.68 
 
 
89 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  5.11296e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  3.90676e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  1.00431e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  92.68 
 
 
89 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  5.84186e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4807  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  3.60062e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  92.68 
 
 
89 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  5.2486e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  7.04733e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  92.68 
 
 
89 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  9.6251e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4875  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  8.98834e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4876  tRNA-Leu  92.68 
 
 
89 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  8.654e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4321  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  3.41532e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  92.68 
 
 
89 bp  50.1  9e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3125t  tRNA-Leu  93.94 
 
 
82 bp  50.1  9e-05  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.556265  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0052  tRNA-Leu  92.68 
 
 
89 bp  50.1  9e-05  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10180  tRNA-Leu  90.24 
 
 
89 bp  50.1  9e-05  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  3.92924e-07  hitchhiker  4.70652e-07 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna115  tRNA-Leu  93.94 
 
 
84 bp  50.1  9e-05  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  4.48705e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0004  tRNA-Leu  90.24 
 
 
83 bp  50.1  9e-05  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.889028 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0029  tRNA-Leu  90.24 
 
 
88 bp  50.1  9e-05  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  4.98774e-05  normal  0.0770032 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0020  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.913906  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna008  tRNA-Leu  93.94 
 
 
84 bp  50.1  9e-05  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  9.45853e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0021  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.944852  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0022  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.964381  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0068  tRNA-Leu  92.68 
 
 
86 bp  50.1  9e-05  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0089  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000216717  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0023  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0022  tRNA-Leu  92.68 
 
 
87 bp  50.1  9e-05  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>