234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1376 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1376  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11950  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0612113  normal  0.0857463 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0037  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0043  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.259921  normal  0.901297 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16830  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0041  tRNA-Met  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.241337  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60320  tRNA-Met  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0057  tRNA-Met  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0302316  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0021  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.213808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0014  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.170576  normal  0.370354 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0020  tRNA-Met  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.235412  normal  0.107763 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0032  tRNA-Met  91.53 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169141  hitchhiker  0.00283491 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0013  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07470  tRNA-Met  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000349913  normal  0.175912 
 
 
-
 
NC_006368  lppt37  tRNA-Met  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt37  tRNA-Met  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0017  tRNA-Met  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R95  tRNA-Met  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14024  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0055  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0266099  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0049  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0034  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Met-3  tRNA-Met  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.121443  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06700  tRNA-Met  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13990  tRNA-Met  97.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.314954  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0038  tRNA-Met  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0167531  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0132  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t04  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.624139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0032  tRNA-Met  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.216306 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0036  tRNA-Met  94.74 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0006  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.371714  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0008  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t02  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA75  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  95.24 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0022  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0090  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0011  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.652931 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0037  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0075  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2335  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.360729  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04914  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42096  normal  0.919777 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0025  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0688964  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Met-2  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.269889  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0004  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000188757  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0050  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.325417  normal  0.466889 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0968  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.228229  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0015  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0103939  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0639  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0040  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.138957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0031  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0028  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.882337  normal  0.0510984 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0809  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0805  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2409  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0022  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.321846  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0002  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.584734  normal  0.701084 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0023  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.013256 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0003  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.240347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0031  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.0043725  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0004  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0465145  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0028  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.260556 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0041  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0236723 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2668  tRNA-Met  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.347183  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0063  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0051  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.584124  normal  0.75185 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0046  tRNA-Met  93.18 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0038  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.27748  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3233  tRNA-Met  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0028  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0030  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0010  tRNA-Met  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.528642 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0041  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0102912  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0053  tRNA-Met  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0022  tRNA-Met  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.09062 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0033  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000189228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0025  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0073  tRNA-Met  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0317228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0007  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0080  tRNA-Met  88.24 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0808922  normal  0.107815 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0060  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000113693  hitchhiker  0.00181269 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0032  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.136069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0044  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00354252  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0085  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0073  tRNA-Met  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0046  tRNA-Met  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00181877  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0021  tRNA-Met  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0073  tRNA-Met  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000840179  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0047  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0104  tRNA-Lys  89.36 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0070  tRNA-Met  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0318842  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0019  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0005  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.203955  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0022  tRNA-Met  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0007  tRNA-Met  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0043  tRNA-Met  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>