More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1312 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1312  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  100 
 
 		 353 aa  728    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2559  alanine racemase  44.44 
 
 		 358 aa  295  1e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1849  LacI family transcription regulator  43.57 
 
 		 358 aa  288  9e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0321954  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0346  transcriptional regulator, LacI family  35.24 
 
 		 367 aa  178  1e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1479  LacI family transcription regulator  34.28 
 
 		 362 aa  176  7e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6966  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.205208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1521  LacI family transcription regulator  33.06 
 
 		 388 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6308  LacI family transcription regulator  33.06 
 
 		 388 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.3516 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 		 340 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0196  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.05 
 
 		 347 aa  160  3e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  32.17 
 
 		 333 aa  159  7e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0144  LacI family transcription regulator  31.37 
 
 		 375 aa  157  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1457  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.72 
 
 		 365 aa  158  2e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.696084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35310  transcriptional regulator, LacI family  30.52 
 
 		 366 aa  157  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.263381  normal  0.860746 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4716  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 366 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.417684  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4802  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 366 aa  156  4e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5101  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 366 aa  157  4e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.181934 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13608  LacI family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 404 aa  156  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.311872 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1119  transcriptional regulator, LacI family  32.57 
 
 		 350 aa  155  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.158873  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  31.03 
 
 		 340 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5317  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.94 
 
 		 366 aa  152  8e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.188854 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  31.32 
 
 		 340 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1347  LacI family transcription regulator  30.57 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4919  transcriptional regulator, LacI family  31.92 
 
 		 358 aa  150  4e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  32.25 
 
 		 333 aa  149  5e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.25 
 
 		 333 aa  149  5e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  31.03 
 
 		 340 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  31.12 
 
 		 337 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  29.89 
 
 		 340 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  31.41 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2029  HTH-type transcriptional repressor  31.81 
 
 		 352 aa  145  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.169196 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 357 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  30.4 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  31.43 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05320  transcriptional regulator  32.92 
 
 		 371 aa  144  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2718  transcriptional regulator, LacI family  30.36 
 
 		 354 aa  143  3e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.204137 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0063  LacI family transcription regulator  33.82 
 
 		 342 aa  144  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000367552 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1633  LacI family transcription regulator  29.7 
 
 		 346 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1737  LacI family transcription regulator  29.7 
 
 		 346 aa  142  6e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.486845  hitchhiker  0.000686199 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1526  LacI family transcription regulator  29.7 
 
 		 346 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5195  transcriptional regulator LacI family  30.57 
 
 		 358 aa  143  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 358 aa  142  7e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02629  Transcriptional regulator  30.12 
 
 		 341 aa  142  8e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  28.37 
 
 		 338 aa  142  8e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0061  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 342 aa  142  9e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000329359 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  30.35 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  29.53 
 
 		 343 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  28.81 
 
 		 338 aa  140  1.9999999999999998e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3453  LacI family transcription regulator  30.56 
 
 		 330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.364896  normal  0.286826 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0495  LacI family transcription regulator  30.79 
 
 		 354 aa  140  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  28.53 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  29.23 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0060  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.69 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0064  transcriptional regulator, LacI family  31.69 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  29.23 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0065  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000194735 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0065  LacI family transcription regulator  31.69 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00259026 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.69 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0177  transcriptional regulator, LacI family  29.97 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3312  LacI family transcription regulator  30.09 
 
 		 336 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  31.62 
 
 		 334 aa  139  6e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 		 336 aa  139  7e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 346 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  28.45 
 
 		 335 aa  138  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6244  transcriptional regulator, LacI family  30.57 
 
 		 358 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.45 
 
 		 337 aa  138  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  30.36 
 
 		 335 aa  137  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.35 
 
 		 336 aa  137  4e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  30.68 
 
 		 335 aa  136  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0466  transcriptional regulator, LacI family  29.97 
 
 		 347 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.450137  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  30.17 
 
 		 337 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3381  transcriptional regulator, LacI family  30.51 
 
 		 340 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.289071 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  28.81 
 
 		 338 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  30.03 
 
 		 341 aa  136  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 		 346 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  28.12 
 
 		 343 aa  135  9e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  28.37 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  28.37 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3792  transcriptional regulator LacI family  30.53 
 
 		 341 aa  135  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.190437  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  28.37 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  28.16 
 
 		 382 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4590  LacI family transcription regulator  30.54 
 
 		 359 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  28.37 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  30.14 
 
 		 353 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  28.12 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  27.69 
 
 		 357 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  28.16 
 
 		 346 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.34 
 
 		 339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  28.12 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  28.12 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  30.17 
 
 		 337 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3991  transcriptional regulator, LacI family protein  32.08 
 
 		 343 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00173292  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  29.45 
 
 		 355 aa  133  3.9999999999999996e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3698  transcriptional regulator, LacI family  30.97 
 
 		 331 aa  133  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  26.96 
 
 		 337 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  30.97 
 
 		 336 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  29.06 
 
 		 340 aa  133  5e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3749  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.98 
 
 		 344 aa  133  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  29.1 
 
 		 342 aa  132  6.999999999999999e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  31.56 
 
 		 343 aa  132  7.999999999999999e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>