More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1224 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013530  Xcel_2266  ribonuclease, Rne/Rng family  64.8 
 
 		 1043 aa  663    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.454961  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1224  S1 RNA binding domain protein  100 
 
 		 1093 aa  2202    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000769273 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1618  ribonuclease, Rne/Rng family  64.47 
 
 		 944 aa  645    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127332  normal  0.810349 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2284  ribonuclease, Rne/Rng family  65.09 
 
 		 1117 aa  648    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436718  hitchhiker  0.00140455 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1615  ribonuclese G and E  86.68 
 
 		 1022 aa  949    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11390  ribonuclease, Rne/Rng family  66.74 
 
 		 1265 aa  666    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.320924  hitchhiker  0.00951871 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1653  ribonuclease, Rne/Rng family  64.57 
 
 		 1018 aa  628  1e-178  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000358703 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18280  ribonuclease, Rne/Rng family  64.27 
 
 		 952 aa  628  1e-178  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0683615  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2393  ribonuclease  55.48 
 
 		 1113 aa  612  9.999999999999999e-175  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.380654  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2147  ribonuclease, Rne/Rng family  60.61 
 
 		 1151 aa  608  9.999999999999999e-173  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000101232 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7272  Ribonuclease E  61.73 
 
 		 922 aa  603  1.0000000000000001e-171  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.159287 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10100  ribonuclease, Rne/Rng family  60.52 
 
 		 1091 aa  604  1.0000000000000001e-171  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1546  ribonuclease, Rne/Rng family  61.72 
 
 		 1041 aa  601  1e-170  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.31372  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7273  ribonuclease, Rne/Rng family  60.34 
 
 		 1334 aa  601  1e-170  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.584689  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1472  ribonuclease, Rne/Rng family  57.11 
 
 		 1040 aa  597  1e-169  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.800895  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3381  ribonuclease, Rne/Rng family  59.96 
 
 		 1007 aa  597  1e-169  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1218  ribonuclease  60.43 
 
 		 1194 aa  598  1e-169  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.993223 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2183  ribonuclease E and G  61.02 
 
 		 908 aa  594  1e-168  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0295776  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0755  ribonuclease G  61.85 
 
 		 702 aa  595  1e-168  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3452  ribonuclease G  59.09 
 
 		 1070 aa  592  1e-168  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12490  ribonuclease, Rne/Rng family  60.94 
 
 		 1093 aa  592  1e-167  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5262  ribonuclease  60.09 
 
 		 1427 aa  590  1e-167  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266118  normal  0.176556 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1587  ribonuclease, Rne/Rng family  61.37 
 
 		 1048 aa  585  1.0000000000000001e-165  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0101858  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3482  ribonuclease  61.8 
 
 		 1024 aa  585  1.0000000000000001e-165  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11530  RNAse G  59.1 
 
 		 959 aa  581  1e-164  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0250639  normal  0.313443 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3458  ribonuclease, Rne/Rng family  61.74 
 
 		 1244 aa  582  1e-164  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1186  ribonuclease, Rne/Rng family  60 
 
 		 974 aa  581  1e-164  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3861  ribonuclease  59.39 
 
 		 1058 aa  582  1e-164  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00688294 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1502  ribonuclease, Rne/Rng family  57.38 
 
 		 1080 aa  570  1e-161  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.69502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2058  ribonuclease, Rne/Rng family  55.43 
 
 		 1123 aa  566  1e-160  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3947  ribonuclease  55.34 
 
 		 961 aa  563  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2634  ribonuclease  55.94 
 
 		 1016 aa  563  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0104153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3624  ribonuclease  59.21 
 
 		 991 aa  565  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3551  ribonuclease  59.21 
 
 		 991 aa  565  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.788341  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3556  ribonuclease  59.21 
 
 		 987 aa  565  1.0000000000000001e-159  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0805889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12471  ribonuclease E rne  59.42 
 
 		 953 aa  539  1e-151  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00011708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5481  ribonuclease Rne/Rng family  55.4 
 
 		 717 aa  536  1e-151  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0824918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0770  ribonuclease, Rne/Rng family  49.04 
 
 		 457 aa  399  1e-109  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.175551  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3326  ribonuclease, Rne/Rng family  39.58 
 
 		 564 aa  320  1e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2536  ribonuclease  39.76 
 
 		 559 aa  318  4e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00011944  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2663  ribonuclease, Rne/Rng family  43 
 
 		 636 aa  315  1.9999999999999998e-84  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127764 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1319  ribonuclease, Rne/Rng family  40.53 
 
 		 494 aa  315  2.9999999999999996e-84  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.199233  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0556  ribonuclease G  40.53 
 
 		 562 aa  312  2.9999999999999997e-83  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2129  ribonuclease, Rne/Rng family  42.65 
 
 		 571 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0190807  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0158  ribonuclease G  42.38 
 
 		 497 aa  305  2.0000000000000002e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3188  RNAse G  38.63 
 
 		 492 aa  300  9e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5498  ribonuclease, Rne/Rng family  38.24 
 
 		 543 aa  294  5e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3239  ribonuclease G  39.16 
 
 		 531 aa  289  2e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0328342  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0409  ribonuclease G  38.55 
 
 		 492 aa  287  8e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416814  normal  0.138989 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0142  ribonuclease, Rne/Rng family  38.59 
 
 		 496 aa  286  1.0000000000000001e-75  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0159  ribonuclease, Rne/Rng family  38.59 
 
 		 496 aa  286  1.0000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.125882  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2584  RNase EG  36.81 
 
 		 503 aa  283  1e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000677215  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2439  ribonuclease  38.35 
 
 		 499 aa  281  6e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0019704  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0301  ribonuclease  36.81 
 
 		 503 aa  281  7e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000158312  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  39.28 
 
 		 1056 aa  280  7e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4339  ribonuclease, Rne/Rng family  39.19 
 
 		 411 aa  280  1e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000260891  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  39.9 
 
 		 1012 aa  278  3e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  40.48 
 
 		 1132 aa  279  3e-73  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  39.95 
 
 		 1175 aa  279  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2071  ribonuclease  38.44 
 
 		 489 aa  278  5e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.446321  normal  0.265186 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0042  ribonuclease, Rne/Rng family  39.56 
 
 		 645 aa  277  6e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.754542 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  40.52 
 
 		 968 aa  277  6e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2838  ribonuclease G  39.56 
 
 		 489 aa  277  7e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.201847  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2236  ribonuclease G  40.29 
 
 		 487 aa  277  8e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  40.05 
 
 		 1057 aa  277  9e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  40.21 
 
 		 1132 aa  276  1.0000000000000001e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  40 
 
 		 1128 aa  276  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  39.74 
 
 		 1082 aa  276  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1609  ribonuclease  35.76 
 
 		 530 aa  275  3e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3192  ribonuclease G  37.3 
 
 		 500 aa  275  4.0000000000000004e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000845474  hitchhiker  1.74098e-16 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2271  ribonuclease G  40.29 
 
 		 493 aa  274  5.000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1064  ribonuclease, Rne/Rng family  39.32 
 
 		 653 aa  274  7e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  39.74 
 
 		 1120 aa  274  7e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1093  ribonuclease, Rne/Rng family  39.32 
 
 		 653 aa  274  7e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  40.05 
 
 		 1073 aa  273  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  40 
 
 		 1086 aa  273  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5091  cytoplasmic axial filament protein  39.76 
 
 		 485 aa  273  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0187  ribonuclease G  37.1 
 
 		 487 aa  273  1e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0409  ribonuclease  38.66 
 
 		 497 aa  273  1e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.748202  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1375  ribonuclease  36.83 
 
 		 483 aa  273  1e-71  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1453  ribonuclease  38.94 
 
 		 416 aa  273  1e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000141125  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  40 
 
 		 1090 aa  273  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  40 
 
 		 1091 aa  272  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1294  ribonuclease, Rne/Rng family  37.86 
 
 		 489 aa  273  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.229063  normal  0.0967279 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3267  ribonuclease G  37.86 
 
 		 489 aa  273  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58100  cytoplasmic axial filament protein  39.9 
 
 		 485 aa  273  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0470  ribonuclease G (cytoplasmic axial filament protein)  38.42 
 
 		 497 aa  271  4e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0285908  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  39.06 
 
 		 1015 aa  271  7e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  39.06 
 
 		 1035 aa  270  8.999999999999999e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  38.7 
 
 		 1131 aa  270  8.999999999999999e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  39.47 
 
 		 1139 aa  270  8.999999999999999e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1615  ribonuclease E  39.58 
 
 		 688 aa  270  1e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120942  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1614  ribonuclease E and G  35.35 
 
 		 476 aa  270  1e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0133634  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  39.74 
 
 		 1072 aa  270  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002988  ribonuclease E  38.8 
 
 		 1024 aa  269  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002387  cytoplasmic axial filament protein CafA and Ribonuclease G  39.46 
 
 		 489 aa  269  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2954  ribonuclease, Rne/Rng family  34.81 
 
 		 496 aa  268  2.9999999999999995e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2208  ribonuclease, Rne/Rng family protein  38.7 
 
 		 1065 aa  268  2.9999999999999995e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03681  ribonuclease G  38.73 
 
 		 489 aa  268  2.9999999999999995e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2567  ribonuclease, Rne/Rng family  34.81 
 
 		 496 aa  268  2.9999999999999995e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.894494  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>