More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1223 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1223  ribosomal protein L27  100 
 
 
83 aa  165  2e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000141785 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1617  50S ribosomal protein L27  85.19 
 
 
82 aa  144  3e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000121175  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1504  ribosomal protein L27  67.47 
 
 
94 aa  118  3e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00591698  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10120  LSU ribosomal protein L27P  71.08 
 
 
85 aa  117  3.9999999999999996e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28486  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2282  ribosomal protein L27  71.08 
 
 
84 aa  117  6e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.277784  hitchhiker  0.000388636 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2854  50S ribosomal protein L27  67.06 
 
 
86 aa  117  7e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234792  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1623  50S ribosomal protein L27  71.95 
 
 
85 aa  116  9e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.723727  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11410  LSU ribosomal protein L27P  71.08 
 
 
85 aa  115  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.624774  hitchhiker  0.0010423 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0794  50S ribosomal protein L27  67.47 
 
 
85 aa  116  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000203934  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0559  50S ribosomal protein L27  67.47 
 
 
85 aa  116  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00191418  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1651  ribosomal protein L27  69.88 
 
 
84 aa  116  9.999999999999999e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000313884 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3456  50S ribosomal protein L27  69.88 
 
 
85 aa  116  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.225888  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4921  50S ribosomal protein L27  68.29 
 
 
88 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0271507  normal  0.71556 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2259  ribosomal protein L27  71.6 
 
 
86 aa  115  1.9999999999999998e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.583782  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5479  50S ribosomal protein L27  69.51 
 
 
84 aa  115  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0840601  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1188  50S ribosomal protein L27  68.29 
 
 
87 aa  115  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4511  50S ribosomal protein L27  65.06 
 
 
85 aa  115  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1526  50S ribosomal protein L27  64.71 
 
 
85 aa  115  3e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001672  LSU ribosomal protein L27p  65.85 
 
 
85 aa  114  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000226464  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1583  50S ribosomal protein L27  64.71 
 
 
85 aa  115  3e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00801  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 
85 aa  114  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3359  ribosomal protein L27  66.27 
 
 
85 aa  114  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000421163  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4413  50S ribosomal protein L27  68.29 
 
 
88 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4876  50S ribosomal protein L27  68.29 
 
 
88 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.387156 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4211  50S ribosomal protein L27  65.06 
 
 
93 aa  114  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.121619 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2144  50S ribosomal protein L27  69.14 
 
 
87 aa  114  6e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.67084e-17 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2390  50S ribosomal protein L27  69.14 
 
 
87 aa  114  6e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0854372  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0362  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 
85 aa  113  6.9999999999999995e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000249852  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3379  ribosomal protein L27  68.67 
 
 
86 aa  114  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0107  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 
88 aa  113  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1120  50S ribosomal protein L27  65.48 
 
 
87 aa  113  7.999999999999999e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.645406  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0870  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
84 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000545576  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5259  50S ribosomal protein L27  68.67 
 
 
95 aa  112  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.137345  normal  0.272276 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3471  50S ribosomal protein L27  65.88 
 
 
87 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00282639  normal  0.386116 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3756  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 
85 aa  112  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000137777  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3975  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 
85 aa  112  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000219143  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3611  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 
85 aa  112  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000711047  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0955  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
84 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.455715  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0474  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
85 aa  113  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000537628  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3651  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
84 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0853  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
84 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152445  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3662  50S ribosomal protein L27  65.06 
 
 
85 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000324123  normal  0.0701159 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1037  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
84 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000911721  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3600  50S ribosomal protein L27  65.06 
 
 
85 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00592088  normal  0.834432 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3493  50S ribosomal protein L27  65.06 
 
 
85 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000310399  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3478  ribosomal protein L27  65.06 
 
 
85 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000653762  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0968  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
84 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000160226  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0475  50S ribosomal protein L27  67.06 
 
 
85 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0828621  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2217  50S ribosomal protein L27  76.81 
 
 
91 aa  112  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.856627  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3495  50S ribosomal protein L27  65.06 
 
 
85 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000222447  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3322  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
84 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000182867  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3088  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
84 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0980  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
84 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000110997  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3564  50S ribosomal protein L27  65.06 
 
 
85 aa  112  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00211833  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3218  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
84 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000270517  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1070  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
84 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000153229  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2828  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 
84 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000113295  normal  0.198807 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1005  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
84 aa  111  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000876711  decreased coverage  0.00000356458 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2926  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
84 aa  111  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000309766  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05534  50S ribosomal protein L27  66.27 
 
 
86 aa  111  3e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000340822  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0896  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
84 aa  111  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000837185  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3124  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
84 aa  111  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000107863  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2060  ribosomal protein L27  68.29 
 
 
87 aa  111  3e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0750  50S ribosomal protein L27  64.71 
 
 
85 aa  111  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00233026 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3554  50S ribosomal protein L27  68.29 
 
 
88 aa  111  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3549  50S ribosomal protein L27  68.29 
 
 
88 aa  111  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0246  50S ribosomal protein L27  66.27 
 
 
85 aa  111  4.0000000000000004e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000945082  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03730  50S ribosomal protein L27  62.65 
 
 
85 aa  110  4.0000000000000004e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00000322672  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3622  50S ribosomal protein L27  68.29 
 
 
88 aa  111  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0310  50S ribosomal protein L27  61.9 
 
 
89 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1515  50S ribosomal protein L27  76.81 
 
 
93 aa  110  6e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0090282  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0512  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 
85 aa  110  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0535164 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1548  ribosomal protein L27  67.47 
 
 
85 aa  110  6e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0104993  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3870  50S ribosomal protein L27  73.91 
 
 
89 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.403314  normal  0.0137956 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4194  50S ribosomal protein L27  73.91 
 
 
89 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3480  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  110  8.000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.219876  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0856  50S ribosomal protein L27  62.35 
 
 
86 aa  110  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.701213  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03050  50S ribosomal protein L27  63.41 
 
 
85 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00726587  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0522  ribosomal protein L27  63.41 
 
 
85 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000023922  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1781  50S ribosomal protein L27  73.91 
 
 
89 aa  109  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.810643  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3621  50S ribosomal protein L27  63.86 
 
 
85 aa  109  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000351057  normal  0.260967 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3481  50S ribosomal protein L27  63.41 
 
 
85 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000491459  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3859  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 
84 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.598699  hitchhiker  0.0021541 
 
 
-
 
NC_004310  BR1849  50S ribosomal protein L27  73.91 
 
 
89 aa  109  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7270  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 
85 aa  109  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.410235  normal  0.0840523 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3585  50S ribosomal protein L27  63.41 
 
 
85 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000250774  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3916  50S ribosomal protein L27  61.18 
 
 
91 aa  109  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00853508 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7271  50S ribosomal protein L27  65.06 
 
 
85 aa  109  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.956462  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3378  50S ribosomal protein L27  63.41 
 
 
85 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.4045e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03001  hypothetical protein  63.41 
 
 
85 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0066535  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4507  50S ribosomal protein L27  63.41 
 
 
85 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000060246  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3737  50S ribosomal protein L27  61.45 
 
 
85 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000346028  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0515  50S ribosomal protein L27  63.41 
 
 
85 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000794781  normal  0.0169565 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3670  50S ribosomal protein L27  63.41 
 
 
85 aa  109  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000967389  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11550  LSU ribosomal protein L27P  67.47 
 
 
88 aa  108  2.0000000000000002e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.66488  normal  0.230054 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12468  50S ribosomal protein L27  67.9 
 
 
86 aa  108  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.141175  normal  0.856367 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2480  ribosomal protein L27  65.48 
 
 
100 aa  108  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.782187  normal  0.22295 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1269  50S ribosomal protein L27  63.53 
 
 
85 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000774064  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0838  50S ribosomal protein L27  63.53 
 
 
85 aa  108  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.34705  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12510  50S ribosomal protein L27  64.63 
 
 
85 aa  108  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.768162  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>