More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1165 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  100 
 
 		 94 aa  193  9e-49  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 91 aa  82.4  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  44.94 
 
 		 93 aa  79  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 97 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  45.24 
 
 		 89 aa  74.7  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 103 aa  74.3  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1138  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 90 aa  72.8  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.4972  normal  0.249316 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 93 aa  72  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2529  transcriptional regulator, XRE family  43.53 
 
 		 93 aa  71.2  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000784971  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 94 aa  70.1  0.000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  43.75 
 
 		 94 aa  67.8  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 109 aa  67.4  0.00000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  40.24 
 
 		 108 aa  66.2  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 100 aa  65.9  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  39.53 
 
 		 108 aa  65.5  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  40.79 
 
 		 99 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  38.27 
 
 		 108 aa  64.3  0.0000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 		 94 aa  63.2  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  42.42 
 
 		 90 aa  62.8  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  37.8 
 
 		 108 aa  62.8  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 92 aa  62  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  36.47 
 
 		 103 aa  62  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  55.36 
 
 		 90 aa  62  0.000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 117 aa  61.6  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  38.82 
 
 		 104 aa  61.2  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 104 aa  61.2  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 104 aa  61.2  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 104 aa  61.2  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  39.53 
 
 		 99 aa  60.5  0.000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 99 aa  59.3  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  40.48 
 
 		 112 aa  58.2  0.00000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  47.17 
 
 		 169 aa  58.2  0.00000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 98 aa  57.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2319  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 124 aa  57  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 116 aa  55.5  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 99 aa  55.5  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  35.06 
 
 		 94 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  32.93 
 
 		 107 aa  52.8  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 107 aa  52.8  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  32.93 
 
 		 107 aa  52.8  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  38.55 
 
 		 117 aa  53.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  35.06 
 
 		 94 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 91 aa  53.1  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1462  XRE family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 104 aa  53.1  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2503  transcriptional regulator, XRE family  42.25 
 
 		 117 aa  53.5  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  33.72 
 
 		 105 aa  52.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1888  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 136 aa  52  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 		 108 aa  52.8  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1891  transcriptional regulator, XRE family  41.79 
 
 		 117 aa  52.8  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00988673  normal  0.0163804 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1124  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 105 aa  51.6  0.000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.969354  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  55.32 
 
 		 513 aa  52  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 105 aa  51.6  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0930  transcriptional regulator  36.99 
 
 		 91 aa  51.6  0.000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00205943  normal  0.115025 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 95 aa  51.6  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2363  transcriptional regulator, XRE family  40.85 
 
 		 117 aa  50.8  0.000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  54.35 
 
 		 68 aa  50.8  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  41.38 
 
 		 194 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  34.88 
 
 		 115 aa  50.8  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  34.48 
 
 		 105 aa  50.4  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7086  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 		 119 aa  50.1  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.633613  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  47.83 
 
 		 516 aa  49.7  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 149 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 95 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5820  XRE family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.790408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  53.49 
 
 		 200 aa  48.5  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3182  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 513 aa  48.5  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0470208  hitchhiker  0.000000000985397 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1527  transcriptional regulator, XRE family  45.65 
 
 		 145 aa  48.5  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1681  XRE family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 123 aa  48.9  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.527285 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  48.94 
 
 		 143 aa  48.5  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  32.88 
 
 		 95 aa  48.5  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  48.89 
 
 		 503 aa  48.5  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  36 
 
 		 93 aa  48.1  0.00004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  32.94 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  55.32 
 
 		 191 aa  48.1  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1050  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 184 aa  48.1  0.00004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000000995235  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 95 aa  48.1  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4152  helix-turn-helix domain-containing protein  56.82 
 
 		 191 aa  48.1  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1496  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 110 aa  47.8  0.00005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01955  hypothetical protein  48.21 
 
 		 88 aa  47.8  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_489  DNA-binding protein  45.65 
 
 		 67 aa  47.4  0.00006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.140066  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0548  DNA-binding protein  45.65 
 
 		 67 aa  47.4  0.00007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3588  DNA-binding protein  31.46 
 
 		 103 aa  47.4  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3722  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 103 aa  47.4  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0676164  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4003  DNA-binding protein  31.46 
 
 		 103 aa  47.4  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0777  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 83 aa  47.4  0.00007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000109093  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 94 aa  47.4  0.00007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2922  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 102 aa  47.4  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.562834  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1451  helix-turn-helix domain-containing protein  32.56 
 
 		 127 aa  47.4  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  50 
 
 		 489 aa  47  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 490 aa  47.4  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0538  XRE family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 202 aa  47.4  0.00008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 195 aa  47  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 91 aa  47.4  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 194 aa  46.6  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  46.6  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  44.68 
 
 		 517 aa  47  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1542  hypothetical protein  35 
 
 		 102 aa  47  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>