More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1115 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
321 aa  667    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.87 
 
 
308 aa  304  1.0000000000000001e-81  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  46.89 
 
 
313 aa  295  5e-79  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  71.29 
 
 
258 aa  292  5e-78  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  47.52 
 
 
308 aa  291  1e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  49.01 
 
 
308 aa  288  8e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.86 
 
 
304 aa  285  7e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.57 
 
 
308 aa  284  1.0000000000000001e-75  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.86 
 
 
304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.86 
 
 
304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.52 
 
 
308 aa  280  3e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.81 
 
 
320 aa  276  3e-73  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  46.23 
 
 
310 aa  275  8e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  45.13 
 
 
309 aa  275  9e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  45.78 
 
 
309 aa  275  9e-73  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.51 
 
 
311 aa  274  1.0000000000000001e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  46.6 
 
 
308 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  46.71 
 
 
314 aa  273  2.0000000000000002e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.34 
 
 
309 aa  271  1e-71  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  48.36 
 
 
309 aa  270  2.9999999999999997e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 
308 aa  269  4e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.77 
 
 
314 aa  268  7e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  44.48 
 
 
308 aa  268  1e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  43.55 
 
 
312 aa  267  1e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  45.54 
 
 
312 aa  266  2.9999999999999995e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  47.04 
 
 
314 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.04 
 
 
312 aa  264  1e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.19 
 
 
309 aa  263  2e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  49.51 
 
 
310 aa  258  9e-68  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  48.03 
 
 
311 aa  258  1e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  43.85 
 
 
309 aa  254  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  43.04 
 
 
309 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  43.19 
 
 
310 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  41.42 
 
 
308 aa  251  1e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  46.86 
 
 
307 aa  249  6e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.42 
 
 
313 aa  239  2.9999999999999997e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  43.93 
 
 
315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  42.76 
 
 
313 aa  233  3e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.38 
 
 
296 aa  196  3e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  38.34 
 
 
306 aa  191  2e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.48 
 
 
296 aa  191  2e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  36.31 
 
 
305 aa  189  4e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  37.7 
 
 
306 aa  189  5e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.6 
 
 
301 aa  189  8e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  37.3 
 
 
331 aa  186  6e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.51 
 
 
300 aa  185  7e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.22 
 
 
303 aa  183  4.0000000000000006e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  34.59 
 
 
311 aa  182  6e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  32.79 
 
 
319 aa  182  9.000000000000001e-45  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  34.62 
 
 
319 aa  181  1e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  34.91 
 
 
311 aa  181  1e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.16 
 
 
308 aa  181  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  33.87 
 
 
303 aa  181  2e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.43 
 
 
302 aa  181  2e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  35.14 
 
 
325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.3 
 
 
305 aa  179  4e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  37.37 
 
 
327 aa  179  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.27 
 
 
300 aa  180  4e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  38.08 
 
 
302 aa  179  7e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.08 
 
 
302 aa  179  8e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  38.08 
 
 
302 aa  179  8e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.08 
 
 
302 aa  179  8e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  37.46 
 
 
326 aa  178  9e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.08 
 
 
302 aa  178  1e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  36.86 
 
 
304 aa  178  1e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  38.87 
 
 
310 aa  178  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.08 
 
 
302 aa  177  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.08 
 
 
302 aa  177  2e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  37.72 
 
 
302 aa  177  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  38.49 
 
 
305 aa  177  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  37.72 
 
 
302 aa  177  2e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  35.81 
 
 
304 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  37.72 
 
 
302 aa  176  5e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.22 
 
 
305 aa  175  9e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.24 
 
 
322 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  37.74 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  37.74 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  35.76 
 
 
315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  35.2 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.74 
 
 
312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.67 
 
 
334 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  34.47 
 
 
320 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.8 
 
 
304 aa  172  5.999999999999999e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  35.99 
 
 
299 aa  172  7.999999999999999e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  36.09 
 
 
370 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  34.49 
 
 
315 aa  171  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  35.78 
 
 
309 aa  170  2e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  36.39 
 
 
370 aa  170  3e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  34.48 
 
 
314 aa  169  4e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  35.6 
 
 
326 aa  169  4e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.21 
 
 
303 aa  170  4e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  36.42 
 
 
316 aa  169  5e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  34.9 
 
 
300 aa  169  9e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.5 
 
 
403 aa  168  9e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  35.53 
 
 
334 aa  168  9e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.12 
 
 
305 aa  168  9e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.56 
 
 
316 aa  168  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  34.06 
 
 
341 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  34.5 
 
 
315 aa  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  40.17 
 
 
304 aa  167  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>