161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1092 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1092  hypothetical protein  100 
 
 		 248 aa  495  1e-139  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0272  membrane protein  49.81 
 
 		 297 aa  254  7e-67  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  unclonable  0.000000292393  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0934  hypothetical protein  37.04 
 
 		 234 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00753  predicted inner membrane protein  36.57 
 
 		 234 aa  126  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2856  protein of unknown function UPF0005  36.57 
 
 		 234 aa  126  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2857  hypothetical protein  36.57 
 
 		 234 aa  126  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496163 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00770  hypothetical protein  36.57 
 
 		 234 aa  126  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2566  hypothetical protein  36.57 
 
 		 234 aa  126  3e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.155048  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0840  hypothetical protein  36.57 
 
 		 234 aa  126  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0849  hypothetical protein  36.57 
 
 		 234 aa  126  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0809  hypothetical protein  36.57 
 
 		 234 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00257878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0549  hypothetical protein  31.82 
 
 		 232 aa  122  4e-27  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.235256  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0901  inner membrane protein YbhL  35.98 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0956  inner membrane protein YbhL  35.98 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0870  membrane protein  35.98 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.484875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0842  inner membrane protein YbhL  35.98 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1173  protein of unknown function UPF0005  36.57 
 
 		 240 aa  119  6e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00047203  normal  0.359337 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1517  hypothetical protein  35.98 
 
 		 235 aa  118  7e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1325  hypothetical protein  35.05 
 
 		 236 aa  119  7e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.891235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0933  hypothetical protein  35.98 
 
 		 237 aa  118  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1437  protein of unknown function UPF0005  35.65 
 
 		 219 aa  115  5e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1278  hypothetical protein  34.58 
 
 		 235 aa  115  6e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.278652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3353  hypothetical protein  32.37 
 
 		 248 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0671  hypothetical protein  33.48 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.435313  decreased coverage  0.00362929 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6013  protein of unknown function UPF0005  34.45 
 
 		 236 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0713321 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2947  protein of unknown function UPF0005  34.58 
 
 		 235 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0795  hypothetical protein  39.01 
 
 		 236 aa  112  4.0000000000000004e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2518  protein of unknown function UPF0005  35.05 
 
 		 236 aa  112  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0945287  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2427  protein of unknown function UPF0005  34.11 
 
 		 236 aa  112  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1889  hypothetical protein  34.35 
 
 		 246 aa  112  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0536  hypothetical protein  34.35 
 
 		 246 aa  112  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1724  hypothetical protein  34.11 
 
 		 235 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000390624  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4550  hypothetical protein  34.53 
 
 		 236 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00145642 
 
 
-
 
NC_004310  BR0088  hypothetical protein  33.19 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0927  protein of unknown function UPF0005  33.94 
 
 		 235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.441127 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0738  protein of unknown function UPF0005  36.2 
 
 		 234 aa  109  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000107382  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2779  hypothetical protein  33.63 
 
 		 240 aa  110  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.196634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1438  hypothetical protein  34.11 
 
 		 236 aa  110  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0086  hypothetical protein  33.19 
 
 		 245 aa  108  5e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2832  hypothetical protein  34.11 
 
 		 236 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.448865  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2918  hypothetical protein  34.11 
 
 		 236 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.117943  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1913  hypothetical protein  32.64 
 
 		 259 aa  108  6e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.841584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2543  protein of unknown function UPF0005  31.25 
 
 		 255 aa  108  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal  0.0807809 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2043  hypothetical protein  32.08 
 
 		 261 aa  108  7.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.28558  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1019  hypothetical protein  36.93 
 
 		 256 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.219255  normal  0.241296 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2225  protein of unknown function UPF0005  31.25 
 
 		 255 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0352825 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7161  protein of unknown function UPF0005  32.77 
 
 		 236 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147509  normal  0.897358 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2601  membrane protein, putaive  33.8 
 
 		 233 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0232013  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4482  protein of unknown function UPF0005  33.93 
 
 		 236 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6220  hypothetical protein  31.82 
 
 		 238 aa  108  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107819  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0912  hypothetical protein  34.56 
 
 		 232 aa  106  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.409421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3076  hypothetical protein  32.48 
 
 		 245 aa  106  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0001  hypothetical protein  29.84 
 
 		 257 aa  105  5e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0100  hypothetical protein  36.16 
 
 		 260 aa  105  6e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.179512  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0538  hypothetical protein  35.91 
 
 		 228 aa  105  7e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1390  hypothetical protein  32.64 
 
 		 256 aa  105  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.330784 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0772  hypothetical protein  31.62 
 
 		 233 aa  105  9e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.768217  normal  0.283665 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1143  hypothetical protein  30.8 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2081  protein of unknown function UPF0005  32.7 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0430200000000002e-29 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1395  hypothetical protein  29.73 
 
 		 252 aa  102  5e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.681625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2135  protein of unknown function UPF0005  30.84 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000126881  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0443  hypothetical protein  30.21 
 
 		 256 aa  100  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2141  hypothetical protein  34.95 
 
 		 232 aa  100  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000126118  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3782  protein of unknown function UPF0005  37.02 
 
 		 249 aa  99  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2268  hypothetical protein  31.52 
 
 		 294 aa  98.6  8e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.476385 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0050  putative membrane proetin  30.94 
 
 		 251 aa  98.6  9e-20  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4182  hypothetical protein  29.59 
 
 		 256 aa  98.6  9e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.253743  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0260  protein of unknown function UPF0005  31.54 
 
 		 259 aa  98.2  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0529527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3093  integral membrane protein  31.14 
 
 		 237 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.718082  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3734  protein of unknown function UPF0005  30.93 
 
 		 242 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3820  hypothetical protein  31.14 
 
 		 237 aa  97.4  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.562696  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0849  hypothetical protein  31.85 
 
 		 242 aa  96.7  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.890327  normal  0.272287 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4057  protein of unknown function UPF0005  29.37 
 
 		 242 aa  96.3  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0813  hypothetical protein  32.59 
 
 		 242 aa  95.9  5e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0875239  hitchhiker  0.00101032 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5468  hypothetical protein  29.2 
 
 		 274 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.328597 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2134  protein of unknown function UPF0005  32.78 
 
 		 235 aa  94.7  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00000000183428  normal  0.170874 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1779  protein of unknown function UPF0005  33.9 
 
 		 274 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6925  hypothetical protein  30.47 
 
 		 239 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5385  hypothetical protein  33.47 
 
 		 241 aa  93.6  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3673  hypothetical protein  31.84 
 
 		 236 aa  92.8  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.915645 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1912  protein of unknown function UPF0005  29.89 
 
 		 261 aa  91.7  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.224132 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3648  protein of unknown function UPF0005  28.11 
 
 		 241 aa  91.7  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000291773  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0937  hypothetical protein  28.45 
 
 		 234 aa  90.9  2e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.0000000419647  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0302  hypothetical protein  32.34 
 
 		 234 aa  90.9  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171893  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0009  hypothetical protein  27.91 
 
 		 233 aa  89.7  4e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  unclonable  0.0000179437  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0287  hypothetical protein  29.64 
 
 		 263 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0137467 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0529  hypothetical protein  30.04 
 
 		 263 aa  87.8  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0828  hypothetical protein  33.76 
 
 		 256 aa  86.3  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.273109 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1268  integral membrane protein, interacts with FtsH  27.98 
 
 		 240 aa  85.5  8e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.01414  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0200  hypothetical protein  28.41 
 
 		 271 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0413  hypothetical protein  28.57 
 
 		 263 aa  82.8  0.000000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.229598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3983  hypothetical protein  30.67 
 
 		 236 aa  82.4  0.000000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3558  hypothetical protein  33.33 
 
 		 250 aa  81.6  0.000000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.487101  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1228  hypothetical protein  27.87 
 
 		 252 aa  80.1  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.181817  normal  0.877697 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0386  putative transport protein  27.85 
 
 		 263 aa  80.5  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.631786 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1249  hypothetical protein  28.74 
 
 		 237 aa  80.1  0.00000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000770984  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4095  protein of unknown function UPF0005  29.78 
 
 		 236 aa  79.7  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3162  protein of unknown function UPF0005  33.33 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0950  hypothetical protein  27.15 
 
 		 240 aa  78.2  0.0000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.816971  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4993  hypothetical protein  34.09 
 
 		 248 aa  77.8  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.743316 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>