More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1091 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1091  RelA/SpoT domain protein  100 
 
 
269 aa  564  1e-160  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0275  hypothetical protein  70.41 
 
 
246 aa  378  1e-104  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00334337  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2065  hypothetical protein  48.98 
 
 
233 aa  218  1e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0383837  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3227  RelA/SpoT domain protein  51.55 
 
 
230 aa  210  2e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000011111  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2584  RelA/SpoT domain-containing protein  47.5 
 
 
230 aa  206  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0720868  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2532  RelA/SpoT domain-containing protein  47.5 
 
 
230 aa  206  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00175026  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2357  RelA/SpoT domain protein  49.74 
 
 
229 aa  204  9e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.282903  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0219  RelA/SpoT domain protein  44.97 
 
 
247 aa  185  7e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.380399  normal  0.748284 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4155  RelA/SpoT domain protein  43.81 
 
 
250 aa  182  4.0000000000000006e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0020  RelA/SpoT domain-containing protein  42 
 
 
313 aa  178  7e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000113301  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19730  hypothetical protein  42.08 
 
 
274 aa  170  3e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.353264  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1201  RelA/SpoT domain protein  43.43 
 
 
239 aa  169  4e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.194463  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2268  RelA/SpoT domain protein  44.95 
 
 
204 aa  167  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2670  RelA/SpoT domain protein  41.29 
 
 
261 aa  168  1e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0358  RelA/SpoT domain protein  40.87 
 
 
249 aa  166  5e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.951774 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26220  hypothetical protein  39.05 
 
 
277 aa  161  9e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.266384  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2189  RelA/SpoT domain-containing protein  48.05 
 
 
223 aa  161  9e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0274  RelA/SpoT domain-containing protein  44.27 
 
 
247 aa  161  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14230  hypothetical protein  42.56 
 
 
256 aa  160  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00309565  decreased coverage  0.00445138 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2232  RelA/SpoT domain protein  39.69 
 
 
271 aa  156  3e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.231688  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22200  hypothetical protein  40.86 
 
 
290 aa  154  1e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4425  hypothetical protein  39.15 
 
 
216 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.168172  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4476  hypothetical protein  39.15 
 
 
216 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4464  hypothetical protein  39.68 
 
 
216 aa  150  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0773  hypothetical protein  39.68 
 
 
216 aa  150  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.315657  normal  0.820863 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4424  hypothetical protein  39.15 
 
 
216 aa  149  3e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4242  hypothetical protein  39.15 
 
 
216 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4080  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  39.15 
 
 
216 aa  149  3e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000763047  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4091  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  39.15 
 
 
216 aa  150  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.068396  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4572  hypothetical protein  39.15 
 
 
216 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3068  RelA/SpoT domain-containing protein  39.47 
 
 
216 aa  148  8e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00277966  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4192  RelA/SpoT domain-containing protein  38.95 
 
 
216 aa  148  9e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0572  RelA/SpoT domain-containing protein  34.83 
 
 
217 aa  134  1.9999999999999998e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000868379  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0944  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  36.41 
 
 
224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00002331  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1354  RelA_SpoT domain-containing protein  35.57 
 
 
208 aa  129  4.0000000000000003e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  7.69337e-16  normal  0.188464 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1320  hypothetical protein  36.42 
 
 
212 aa  125  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1119  hypothetical protein  36.42 
 
 
212 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00142232  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1101  GTP pyrophosphokinase  36.42 
 
 
215 aa  125  1e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1095  GTP pyrophosphokinase  36.42 
 
 
212 aa  125  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000691421  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1253  hypothetical protein  36.42 
 
 
212 aa  125  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4088  hypothetical protein  36.42 
 
 
212 aa  124  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1282  hypothetical protein  36.42 
 
 
212 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1212  hypothetical protein  36.42 
 
 
212 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1358  hypothetical protein  36.42 
 
 
212 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0678  RelA_SpoT domain-containing protein  36.16 
 
 
191 aa  125  1e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.272794  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1108  RelA/SpoT domain-containing protein  37.09 
 
 
212 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0914  RelA/SpoT domain-containing protein  36.42 
 
 
212 aa  124  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0635  relA/spoT family protein  35.93 
 
 
263 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000000118611  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0621  relA/spoT family protein  35.93 
 
 
263 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.00000000073544  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1004  RelA/SpoT domain-containing protein  34.12 
 
 
211 aa  120  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00135131  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1023  RelA/SpoT domain-containing protein  34.12 
 
 
211 aa  120  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000177866  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2793  RelA/SpoT domain-containing protein  33.87 
 
 
267 aa  119  3.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000763425  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0775  RelA/SpoT domain protein  35.1 
 
 
210 aa  119  6e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1630  RelA/SpoT domain protein  34.44 
 
 
212 aa  116  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1095  GTP pyrophosphokinase family protein  35.71 
 
 
223 aa  115  8.999999999999998e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0406163  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1423  RelA_SpoT domain-containing protein  34.9 
 
 
224 aa  112  5e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.191606  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0709  ppGpp synthetase/hydrolase catalytic subunit  39.62 
 
 
203 aa  112  6e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000232311  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0586  GTP pyrophosphokinase  35.29 
 
 
211 aa  112  9e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.411045  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23940  hypothetical protein  35.29 
 
 
221 aa  111  1.0000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00231271  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0408  RelA_SpoT domain-containing protein  29.68 
 
 
226 aa  111  1.0000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000250379  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1329  GTP pyrophosphokinase family protein  32.14 
 
 
208 aa  107  2e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000157341  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0095  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  35.07 
 
 
745 aa  68.9  0.00000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000291848  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4115  GTP pyrophosphokinase  35.25 
 
 
737 aa  64.7  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1300  RelA/SpoT protein  37.7 
 
 
714 aa  64.3  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00320424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2062  RelA/SpoT domain-containing protein  31.72 
 
 
356 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.123268  normal  0.165983 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1885  RelA/SpoT domain protein  31.72 
 
 
356 aa  63.9  0.000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1212  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  32.28 
 
 
716 aa  63.2  0.000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2113  GTP diphosphokinase  36.07 
 
 
770 aa  63.5  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.978919  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3236  GDP/GTP pyrophosphokinase  30.95 
 
 
743 aa  63.5  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000465507  normal  0.0411901 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3707  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  31.5 
 
 
720 aa  63.5  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000687808  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4146  RelA/SpoT domain-containing protein  30.77 
 
 
337 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0405555  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0033  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  31.78 
 
 
732 aa  63.2  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3276  GDP/GTP pyrophosphokinase  33.9 
 
 
744 aa  62.4  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00140611  normal  0.0304818 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3115  GDP/GTP pyrophosphokinase  33.9 
 
 
744 aa  62.4  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0106723  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3178  GDP/GTP pyrophosphokinase  33.9 
 
 
744 aa  62.4  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00141228  normal  0.185279 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3097  GDP/GTP pyrophosphokinase  33.9 
 
 
744 aa  62.4  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000040075  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3162  GDP/GTP pyrophosphokinase  34.43 
 
 
744 aa  62.4  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00447218  normal  0.0412564 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1033  GTP diphosphokinase  29.68 
 
 
734 aa  62.4  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0165822  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1225  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  27.88 
 
 
736 aa  62.4  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000385822  hitchhiker  0.0000000464674 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002504  GTP pyrophosphokinase (p)ppGpp synthetase I  30.28 
 
 
739 aa  62.4  0.000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000545051  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3146  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  27.88 
 
 
736 aa  62  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000043894  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3144  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  27.88 
 
 
735 aa  62  0.000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000386215  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3289  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  27.88 
 
 
736 aa  62  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000182723  hitchhiker  0.000963897 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2518  GTP pyrophosphokinase  30.33 
 
 
745 aa  61.6  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.326663  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2765  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  28.48 
 
 
735 aa  62  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000517482  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2442  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  36.79 
 
 
730 aa  61.2  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.224797 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2489  RelA/SpoT domain-containing protein  31.08 
 
 
359 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.79403  normal  0.101918 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3149  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  28.98 
 
 
747 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.439153  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3353  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  27.38 
 
 
735 aa  61.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000634706  hitchhiker  0.000162185 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2856  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  30 
 
 
749 aa  60.8  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0013983  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1111  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  27.88 
 
 
735 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000170035  normal  0.84646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2496  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  28.98 
 
 
747 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1177  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  27.88 
 
 
735 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000122235  normal  0.0382614 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2001  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  32.35 
 
 
723 aa  61.2  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1111  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  27.88 
 
 
735 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000524023  normal  0.850048 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1052  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  35.25 
 
 
733 aa  60.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4366  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  28.25 
 
 
736 aa  60.5  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.172141 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03528  GTP pyrophosphokinase  30.33 
 
 
739 aa  60.5  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1588  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  29.21 
 
 
753 aa  60.5  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.870499  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1287  GTP diphosphokinase  28.76 
 
 
735 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000126799  unclonable  0.000000000190177 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>