More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1015 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1015  ribose-phosphate diphosphokinase  100 
 
 
344 aa  702    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0717  ribose-phosphate pyrophosphokinase  91.14 
 
 
316 aa  597  1e-170  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.156805  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0881  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.13 
 
 
327 aa  484  1e-136  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.328682 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1221  ribose-phosphate pyrophosphokinase  70.91 
 
 
337 aa  482  1e-135  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1175  ribose-phosphate diphosphokinase  65.78 
 
 
337 aa  482  1e-135  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.475519 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0987  ribose-phosphate pyrophosphokinase  72.24 
 
 
326 aa  470  1.0000000000000001e-131  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00257813 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1942  ribose-phosphate pyrophosphokinase  71.34 
 
 
327 aa  464  9.999999999999999e-131  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.214071  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30170  ribose-phosphate pyrophosphokinase  71.61 
 
 
327 aa  465  9.999999999999999e-131  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.35865  normal  0.215042 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05480  ribose-phosphate pyrophosphokinase  66.88 
 
 
326 aa  446  1.0000000000000001e-124  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2708  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.01 
 
 
327 aa  445  1.0000000000000001e-124  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.458748  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03490  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.11 
 
 
334 aa  444  1.0000000000000001e-124  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.489296  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1218  ribose-phosphate pyrophosphokinase  65.44 
 
 
326 aa  442  1e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1288  ribose-phosphate pyrophosphokinase  65.3 
 
 
326 aa  438  9.999999999999999e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000959513 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0656  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.42 
 
 
323 aa  422  1e-117  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32370  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.44 
 
 
326 aa  424  1e-117  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.531624  normal  0.459993 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3195  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.87 
 
 
325 aa  422  1e-117  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13390  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.39 
 
 
326 aa  419  1e-116  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.271989  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0909  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.78 
 
 
347 aa  415  9.999999999999999e-116  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11035  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.87 
 
 
326 aa  414  1e-114  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4628  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.97 
 
 
326 aa  410  1e-113  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.38327  normal  0.568111 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4249  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.97 
 
 
326 aa  410  1e-113  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.154192  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4335  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.97 
 
 
326 aa  410  1e-113  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.127739  normal  0.219199 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0169  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.64 
 
 
326 aa  405  1.0000000000000001e-112  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0911  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.59 
 
 
326 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8607  Ribose-phosphate diphosphokinase  60.88 
 
 
325 aa  406  1.0000000000000001e-112  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1545  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.29 
 
 
325 aa  406  1.0000000000000001e-112  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.317921  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4527  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.78 
 
 
324 aa  404  1e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1943  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.97 
 
 
326 aa  401  1e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.985471 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3989  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.03 
 
 
322 aa  402  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4783  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.66 
 
 
326 aa  403  1e-111  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.296729  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0998  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.03 
 
 
325 aa  401  1e-111  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1052  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.44 
 
 
325 aa  399  9.999999999999999e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.549541 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1946  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.16 
 
 
325 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0415  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.34 
 
 
322 aa  395  1e-109  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00469729  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3154  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.25 
 
 
326 aa  394  1e-109  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.911142  normal  0.576058 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0769  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.22 
 
 
324 aa  394  1e-108  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0793268  normal  0.090123 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3962  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.54 
 
 
324 aa  394  1e-108  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0733  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.82 
 
 
326 aa  390  1e-107  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00805861 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0789  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.82 
 
 
326 aa  388  1e-107  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1290  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.68 
 
 
326 aa  380  1e-104  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1597  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.7 
 
 
323 aa  358  7e-98  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.338199  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2078  ribose-phosphate pyrophosphokinase  51.58 
 
 
317 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0044  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.25 
 
 
315 aa  301  1e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0179  ribose-phosphate pyrophosphokinase  49.06 
 
 
314 aa  296  3e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0636  ribose-phosphate pyrophosphokinase  47.24 
 
 
325 aa  295  5e-79  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.532932  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21230  ribose-phosphate pyrophosphokinase  47.6 
 
 
314 aa  295  7e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002117  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0100  ribose-phosphate pyrophosphokinase  46.35 
 
 
316 aa  294  1e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.100447  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0046  ribose-phosphate pyrophosphokinase  47.77 
 
 
315 aa  294  1e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0587  ribose-phosphate pyrophosphokinase  47.96 
 
 
316 aa  295  1e-78  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000361912  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0092  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.25 
 
 
313 aa  292  7e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0895  ribose-phosphate pyrophosphokinase  47.15 
 
 
331 aa  291  8e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0441838  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2812  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.11 
 
 
319 aa  288  6e-77  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21930  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.79 
 
 
319 aa  288  1e-76  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00246187 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0206  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.43 
 
 
315 aa  287  2e-76  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.981625  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2498  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.11 
 
 
319 aa  287  2e-76  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.48 
 
 
317 aa  285  5.999999999999999e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.993888  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0069  ribose-phosphate pyrophosphokinase  48.9 
 
 
318 aa  285  5.999999999999999e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.829297  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0048  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.48 
 
 
317 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0049  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.48 
 
 
317 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.48 
 
 
317 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0056  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.48 
 
 
317 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.48 
 
 
317 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0049  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.48 
 
 
317 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0059  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.48 
 
 
317 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5261  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.48 
 
 
317 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0055  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.48 
 
 
317 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.822435  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0045  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.48 
 
 
317 aa  284  2.0000000000000002e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2677  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.89 
 
 
318 aa  282  7.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3427  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.89 
 
 
318 aa  282  7.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0061  ribose-phosphate pyrophosphokinase  46.54 
 
 
322 aa  280  2e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0325861  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2113  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.82 
 
 
331 aa  281  2e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0740784  normal  0.462424 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3092  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.11 
 
 
319 aa  280  2e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1075  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.17 
 
 
327 aa  281  2e-74  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0126613  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4690  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.58 
 
 
330 aa  279  5e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0221  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.34 
 
 
329 aa  278  9e-74  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000342806  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3682  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.81 
 
 
316 aa  278  1e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000078681  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1472  ribose-phosphate pyrophosphokinase  47 
 
 
316 aa  278  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0157862 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0239  ribose-phosphate pyrophosphokinase  46.01 
 
 
311 aa  278  1e-73  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1994  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.25 
 
 
338 aa  276  3e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2768  ribose-phosphate pyrophosphokinase  46.69 
 
 
316 aa  276  4e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0630543  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0076  ribose-phosphate pyrophosphokinase  47.45 
 
 
322 aa  275  8e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1610  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.77 
 
 
331 aa  275  1.0000000000000001e-72  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0272078 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0212  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  44.17 
 
 
327 aa  274  1.0000000000000001e-72  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00571516 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1951  phosphoribosylpyrophosphate synthetase  43.4 
 
 
326 aa  275  1.0000000000000001e-72  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000760299  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4372  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.57 
 
 
338 aa  274  2.0000000000000002e-72  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.886643  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0640  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.03 
 
 
318 aa  273  4.0000000000000004e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00660234  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4733  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.91 
 
 
330 aa  272  5.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0584703 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0969  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.05 
 
 
329 aa  272  6e-72  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1439  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.03 
 
 
325 aa  272  7e-72  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0661  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.43 
 
 
314 aa  272  7e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11861  ribose-phosphate pyrophosphokinase  43.53 
 
 
331 aa  271  9e-72  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.669789  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2761  ribose-phosphate pyrophosphokinase  43.75 
 
 
321 aa  271  1e-71  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4540  ribose-phosphate pyrophosphokinase  46.23 
 
 
359 aa  270  2e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.0000021567  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0743  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.81 
 
 
314 aa  270  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.549423  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_377  ribose-phosphate pyrophosphokinase  44.51 
 
 
324 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0068  ribose-phosphate diphosphokinase  45.51 
 
 
317 aa  270  2.9999999999999997e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11701  ribose-phosphate pyrophosphokinase  43.22 
 
 
331 aa  270  2.9999999999999997e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2595  ribose-phosphate pyrophosphokinase  45.81 
 
 
314 aa  269  5.9999999999999995e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00599255  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2126  ribose-phosphate pyrophosphokinase  46.35 
 
 
313 aa  268  8e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.059797  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0412  ribose-phosphate pyrophosphokinase  43.6 
 
 
324 aa  268  8e-71  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>