More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0907 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0907  triose-phosphate isomerase  100 
 
 		 265 aa  543  1e-153  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0433  triosephosphate isomerase  75 
 
 		 267 aa  424  1e-118  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.292554  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1115  bifunctional phosphoglycerate kinase/triosephosphate isomerase  59.29 
 
 		 687 aa  293  1e-78  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0990546  normal  0.111384 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2200  triosephosphate isomerase  54.55 
 
 		 265 aa  281  1e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000236653  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2532  triosephosphate isomerase  53.49 
 
 		 264 aa  281  1e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1991  triosephosphate isomerase  54.33 
 
 		 260 aa  279  4e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.262032  normal  0.649993 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2169  triosephosphate isomerase  52.14 
 
 		 265 aa  275  7e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.154658  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1941  triosephosphate isomerase  52.31 
 
 		 264 aa  275  7e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.36983  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20010  triosephosphate isomerase  52.11 
 
 		 264 aa  272  4.0000000000000004e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.627972 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1550  triosephosphate isomerase  53.12 
 
 		 261 aa  271  1e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1258  triosephosphate isomerase  53.12 
 
 		 260 aa  270  2e-71  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.352341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13130  triosephosphate isomerase  51.33 
 
 		 263 aa  270  2e-71  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.751982  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3008  triosephosphate isomerase  50.98 
 
 		 258 aa  266  2e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0301778 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15220  triosephosphate isomerase  51.76 
 
 		 258 aa  265  4e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.005965  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5197  triosephosphate isomerase  52.14 
 
 		 261 aa  265  5e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.823191  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2089  triosephosphate isomerase  50.79 
 
 		 271 aa  265  5.999999999999999e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.19012  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15890  triosephosphate isomerase  50.58 
 
 		 261 aa  261  8e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.388365  normal  0.839835 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2929  Triose-phosphate isomerase  51.56 
 
 		 261 aa  259  3e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.962827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3323  Triose-phosphate isomerase  51.97 
 
 		 263 aa  258  7e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000945528 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6036  triose-phosphate isomerase  51.94 
 
 		 261 aa  258  7e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.783409 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1830  Triose-phosphate isomerase  49.21 
 
 		 271 aa  257  1e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136952 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2015  triosephosphate isomerase  50.39 
 
 		 261 aa  252  4.0000000000000004e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.944897  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5606  triosephosphate isomerase  53.15 
 
 		 263 aa  252  4.0000000000000004e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.245433  normal  0.85925 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11370  triosephosphate isomerase  51.36 
 
 		 263 aa  252  5.000000000000001e-66  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.413237  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3096  Triose-phosphate isomerase  50 
 
 		 263 aa  251  1e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.119937  normal  0.0717859 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11466  triosephosphate isomerase  50.19 
 
 		 261 aa  248  6e-65  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000235283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3708  triosephosphate isomerase  47.88 
 
 		 261 aa  248  1e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2065  triosephosphate isomerase  49.01 
 
 		 270 aa  246  2e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2048  triosephosphate isomerase  47.81 
 
 		 287 aa  246  3e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.328377  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2981  triosephosphate isomerase  48.43 
 
 		 260 aa  246  3e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.322057  normal  0.030919 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1639  triosephosphate isomerase  50.2 
 
 		 308 aa  245  4.9999999999999997e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.766552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2802  triosephosphate isomerase  47.41 
 
 		 261 aa  245  4.9999999999999997e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000097423  hitchhiker  0.00000994621 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2705  triosephosphate isomerase  47.88 
 
 		 261 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.92254 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2538  triosephosphate isomerase  45.95 
 
 		 260 aa  243  3e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00272657  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2365  triosephosphate isomerase  46.09 
 
 		 262 aa  241  7.999999999999999e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2446  triosephosphate isomerase  48.25 
 
 		 261 aa  239  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2406  triosephosphate isomerase  48.25 
 
 		 261 aa  239  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2452  triosephosphate isomerase  48.25 
 
 		 261 aa  239  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.487817 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0562  Triose-phosphate isomerase  44.09 
 
 		 254 aa  214  9.999999999999999e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.525761 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0875  triosephosphate isomerase  42.58 
 
 		 253 aa  212  5.999999999999999e-54  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000476682  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1444  bifunctional phosphoglycerate kinase/triosephosphate isomerase  42.06 
 
 		 655 aa  208  6e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0304  Triose-phosphate isomerase  43.92 
 
 		 257 aa  207  1e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3813  triosephosphate isomerase  45.95 
 
 		 254 aa  206  3e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0139  triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 251 aa  206  3e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0241686  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2544  triosephosphate isomerase  42.35 
 
 		 250 aa  206  3e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1509  triosephosphate isomerase  40.71 
 
 		 248 aa  206  3e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1299  triosephosphate isomerase  40.71 
 
 		 248 aa  206  3e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.734425  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07150  triosephosphate isomerase  44.09 
 
 		 256 aa  205  8e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0209504  normal  0.846197 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3869  triosephosphate isomerase  41.5 
 
 		 253 aa  204  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1333  triosephosphate isomerase  44.14 
 
 		 252 aa  203  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000254673  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1520  triosephosphate isomerase  43.65 
 
 		 248 aa  203  2e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.436921 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0991  triosephosphate isomerase  45.74 
 
 		 254 aa  201  7e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0274  Triose-phosphate isomerase  41.8 
 
 		 265 aa  201  8e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.340442  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3825  Triose-phosphate isomerase  43.08 
 
 		 256 aa  201  9.999999999999999e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0712505  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1308  triosephosphate isomerase  39.53 
 
 		 248 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1923  triosephosphate isomerase  44.09 
 
 		 250 aa  199  5e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2989  Triose-phosphate isomerase  41.5 
 
 		 250 aa  199  5e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.292891  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0239  Triose-phosphate isomerase  45.92 
 
 		 243 aa  199  5e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0927  triosephosphate isomerase  45.28 
 
 		 250 aa  198  7.999999999999999e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.908857 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1532  triosephosphate isomerase  46.25 
 
 		 253 aa  198  9e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.743336  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2280  triosephosphate isomerase  45.85 
 
 		 253 aa  196  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815023  normal  0.394565 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1464  triosephosphate isomerase  41.9 
 
 		 250 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.11594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2260  bifunctional phosphoglycerate kinase/triosephosphate isomerase  42.69 
 
 		 646 aa  196  3e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0241  Triose-phosphate isomerase  45.49 
 
 		 243 aa  196  3e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2059  Triose-phosphate isomerase  43.58 
 
 		 254 aa  196  4.0000000000000005e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0264  triosephosphate isomerase  42.86 
 
 		 249 aa  196  5.000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1777  triosephosphate isomerase  38.13 
 
 		 257 aa  195  6e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0763  triosephosphate isomerase  42.4 
 
 		 252 aa  194  1e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.0077962  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1023  Triose-phosphate isomerase  41.9 
 
 		 249 aa  193  3e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00613564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0134  Triose-phosphate isomerase  39.92 
 
 		 250 aa  192  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0851  triosephosphate isomerase  43.65 
 
 		 275 aa  193  3e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1476  triosephosphate isomerase  43.2 
 
 		 249 aa  193  3e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2060  triosephosphate isomerase  42.41 
 
 		 250 aa  192  5e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.183985  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1133  triosephosphate isomerase  38.74 
 
 		 249 aa  192  6e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3935  triosephosphate isomerase  41.9 
 
 		 251 aa  191  7e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00010757  normal  0.914781 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1618  triosephosphate isomerase  41.73 
 
 		 251 aa  191  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000123397  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4717  Triose-phosphate isomerase  43.7 
 
 		 255 aa  191  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000120949  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2874  triosephosphate isomerase  39.51 
 
 		 248 aa  189  2.9999999999999997e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00316882  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3277  triosephosphate isomerase  39.92 
 
 		 251 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0525  triosephosphate isomerase  42.34 
 
 		 252 aa  189  4e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1122  triosephosphate isomerase  40.32 
 
 		 251 aa  189  5e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000000274179  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1882  triosephosphate isomerase  41.5 
 
 		 251 aa  188  5.999999999999999e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1615  triosephosphate isomerase  42.57 
 
 		 255 aa  189  5.999999999999999e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2338  triosephosphate isomerase  41.18 
 
 		 251 aa  188  9e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000215074  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5608  triosephosphate isomerase  39.13 
 
 		 254 aa  187  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1948  triosephosphate isomerase  39.45 
 
 		 251 aa  186  4e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000540949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1306  triosephosphate isomerase  37.94 
 
 		 251 aa  186  4e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0623  triosephosphate isomerase  38.74 
 
 		 251 aa  186  5e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.524933 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0922  triosephosphate isomerase  39.13 
 
 		 255 aa  185  6e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.282683 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1779  triosephosphate isomerase  39.06 
 
 		 251 aa  185  6e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.906694  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4184  triosephosphate isomerase  41.73 
 
 		 251 aa  184  9e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0497  triosephosphate isomerase  41.47 
 
 		 252 aa  184  9e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1670  triosephosphate isomerase  40.77 
 
 		 251 aa  184  9e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.895843  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2059  triosephosphate isomerase  39.61 
 
 		 251 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000160979  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2335  triosephosphate isomerase  45.45 
 
 		 253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.549293  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3268  triosephosphate isomerase  41.34 
 
 		 257 aa  184  1.0000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0193189 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1885  triosephosphate isomerase  41.57 
 
 		 255 aa  184  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000744734  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2423  triosephosphate isomerase  45.45 
 
 		 253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00789739  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1852  triosephosphate isomerase  41.11 
 
 		 249 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3504  triosephosphate isomerase  39.29 
 
 		 250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.449389  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>