More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0892 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03871  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.77 
 
 		 631 aa  710    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4000  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.77 
 
 		 631 aa  709    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3883  thiamine biosynthesis protein ThiC  62.5 
 
 		 530 aa  724    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3661  thiamine biosynthesis protein ThiC  57.74 
 
 		 614 aa  688    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4922  thiamine biosynthesis protein ThiC  60.83 
 
 		 626 aa  728    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2110  thiamine biosynthesis protein ThiC  57.81 
 
 		 587 aa  650    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.675546 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2710  thiamine biosynthesis protein ThiC  60.86 
 
 		 624 aa  732    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0113  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.72 
 
 		 631 aa  697    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.285617 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5341  thiamine biosynthesis protein ThiC  66.61 
 
 		 586 aa  774    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0250  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.96 
 
 		 658 aa  709    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2392  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.83 
 
 		 680 aa  717    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.494213 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2445  thiamine biosynthesis protein ThiC  61.13 
 
 		 721 aa  697    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4976  thiamin biosynthesis protein ThiC  57.08 
 
 		 629 aa  718    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5076  thiamine biosynthesis protein ThiC  66.43 
 
 		 586 aa  772    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4908  thiamine biosynthesis protein ThiC  66.61 
 
 		 586 aa  775    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4920  thiamine biosynthesis protein ThiC  66.61 
 
 		 586 aa  775    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3090  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.32 
 
 		 643 aa  714    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0544  thiamine biosynthesis protein ThiC  57.36 
 
 		 629 aa  721    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0086  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.61 
 
 		 691 aa  734    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3921  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.45 
 
 		 638 aa  717    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0896  thiamine biosynthesis protein ThiC  57.89 
 
 		 647 aa  686    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.116715  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0205  thiamine biosynthesis protein ThiC  57.31 
 
 		 626 aa  680    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0278  thiamine biosynthesis protein ThiC  60.39 
 
 		 565 aa  639    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2694  thiamine biosynthesis protein ThiC  56.61 
 
 		 652 aa  727    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.742953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2468  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.57 
 
 		 646 aa  713    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6226  thiamine biosynthesis protein ThiC  61.55 
 
 		 633 aa  728    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.642096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1528  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.32 
 
 		 643 aa  714    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2828  thiamine biosynthesis protein ThiC  60.4 
 
 		 624 aa  725    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.177049  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0492  thiamine biosynthesis protein ThiC  57.05 
 
 		 629 aa  719    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0943388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0446  thiamine biosynthesis protein ThiC  56.36 
 
 		 611 aa  675    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4331  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.7 
 
 		 643 aa  711    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0917809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10428  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.29 
 
 		 547 aa  684    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00121704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0609  thiamine biosynthesis protein ThiC  60.33 
 
 		 627 aa  720    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2272  thiamine biosynthesis protein ThiC  56.29 
 
 		 666 aa  733    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1922  thiamine biosynthesis protein ThiC  55.96 
 
 		 712 aa  700    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2096  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.05 
 
 		 683 aa  714    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0148  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.3 
 
 		 630 aa  722    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5463  thiamine biosynthesis protein ThiC  66.43 
 
 		 586 aa  772    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0529454  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1395  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.32 
 
 		 643 aa  714    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0754  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.18 
 
 		 528 aa  649    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0965  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.8 
 
 		 606 aa  677    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.831801  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2285  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.77 
 
 		 635 aa  727    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2008  thiamine biosynthesis protein ThiC  56.78 
 
 		 621 aa  664    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.578808  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0670  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.32 
 
 		 643 aa  714    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0360653  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2844  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.2 
 
 		 648 aa  707    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3201  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.2 
 
 		 619 aa  719    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.814938 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0383  thiamine biosynthesis protein ThiC  60.85 
 
 		 652 aa  716    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1954  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.5 
 
 		 646 aa  720    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1824  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.76 
 
 		 626 aa  706    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.484584  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0798  thiamine biosynthesis protein ThiC  60.15 
 
 		 554 aa  647    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1708  thiamine biosynthesis protein ThiC  57.38 
 
 		 624 aa  689    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.998594  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0369  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.54 
 
 		 638 aa  712    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2162  thiamine biosynthesis protein ThiC  53.89 
 
 		 709 aa  690    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2530  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.03 
 
 		 628 aa  715    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0037  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.28 
 
 		 638 aa  715    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1449  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.86 
 
 		 643 aa  713    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.158146 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1770  thiamine biosynthesis protein ThiC  57.55 
 
 		 686 aa  696    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1197  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.32 
 
 		 643 aa  714    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0705849  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3432  thiamine biosynthesis protein ThiC  60.5 
 
 		 641 aa  725    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0959  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.67 
 
 		 633 aa  727    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2896  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.93 
 
 		 643 aa  723    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.60996  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0093  thiamine biosynthesis protein ThiC  61.26 
 
 		 628 aa  706    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.447286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0162  thiamine biosynthesis protein ThiC  56.65 
 
 		 625 aa  677    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.268503  normal  0.952557 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0041  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.82 
 
 		 622 aa  654    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.321035  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4798  thiamine biosynthesis protein ThiC  61 
 
 		 626 aa  730    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1924  thiamine biosynthesis protein ThiC  57.34 
 
 		 609 aa  656    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.471562  normal  0.405716 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2054  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.19 
 
 		 608 aa  683    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2370  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.98 
 
 		 630 aa  704    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.211689 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0742  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.54 
 
 		 643 aa  710    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1931  thiamine biosynthesis protein ThiC  57.43 
 
 		 628 aa  697    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2561  thiamine biosynthesis protein ThiC  60.61 
 
 		 608 aa  708    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.117282  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0240  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.38 
 
 		 630 aa  707    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.211755 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1603  thiamine biosynthesis protein ThiC  61.03 
 
 		 607 aa  723    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.517064  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1610  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.19 
 
 		 628 aa  691    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.403186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1401  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.32 
 
 		 643 aa  714    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1881  thiamine biosynthesis protein ThiC  56.51 
 
 		 720 aa  701    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2097  thiamine biosynthesis protein ThiC  61.06 
 
 		 720 aa  700    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1316  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.07 
 
 		 630 aa  703    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2201  thiamine biosynthesis protein ThiC  57.49 
 
 		 666 aa  710    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0569  thiamine biosynthesis protein ThiC  60.1 
 
 		 623 aa  706    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000923464  decreased coverage  0.00000172451 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1105  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.54 
 
 		 643 aa  711    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.259511  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65740  thiamine biosynthesis protein ThiC  61.26 
 
 		 627 aa  730    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2487  thiamine biosynthesis protein ThiC  72.63 
 
 		 626 aa  858    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.320621  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1223  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.54 
 
 		 643 aa  710    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0207  thiamine biosynthesis protein ThiC  60 
 
 		 630 aa  709    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0365925 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2452  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.28 
 
 		 645 aa  689    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1936  thiamine biosynthesis protein ThiC  61.06 
 
 		 720 aa  699    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0052  thiamine biosynthesis protein ThiC  63.81 
 
 		 585 aa  735    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.187685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0482  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.32 
 
 		 643 aa  714    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.292381  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1034  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.5 
 
 		 592 aa  660    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1523  thiamine biosynthesis protein ThiC  56.55 
 
 		 631 aa  667    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.428931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4174  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.63 
 
 		 610 aa  698    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.772115  normal  0.0881714 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2944  thiamine biosynthesis protein ThiC  59.39 
 
 		 599 aa  690    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.858401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3400  thiamine biosynthesis protein ThiC  68.34 
 
 		 561 aa  806    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.557374  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1860  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.16 
 
 		 664 aa  707    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0360  thiamine biosynthesis protein ThiC  57.54 
 
 		 656 aa  669    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.556532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0725  thiamine biosynthesis protein ThiC  69.81 
 
 		 516 aa  670    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.186933 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0803  thiamine biosynthesis protein ThiC  60.76 
 
 		 654 aa  731    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0829  thiamine biosynthesis protein ThiC  56.1 
 
 		 617 aa  685    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.510545  normal  0.639262 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0019  thiamine biosynthesis protein ThiC  58.85 
 
 		 638 aa  714    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.691133  normal  0.432221 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>