More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0860 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0860  AMP-binding enzyme  100 
 
 		 682 aa  1415    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0592  long-chain acyl-CoA synthetase  76.65 
 
 		 677 aa  1083    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1011  long-chain acyl-CoA synthetase  43.47 
 
 		 607 aa  486  1e-136  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0949  AMP-binding enzyme  40.46 
 
 		 603 aa  475  1e-132  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1925  long-chain acyl-CoA synthetase  41.11 
 
 		 618 aa  467  9.999999999999999e-131  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0401  long-chain acyl-CoA synthetase  41.15 
 
 		 701 aa  457  1e-127  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0812  AMP-binding enzyme  40.88 
 
 		 679 aa  456  1e-127  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  41.37 
 
 		 602 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3051  AMP-dependent synthetase and ligase  43.15 
 
 		 605 aa  444  1e-123  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00585755  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1548  AMP-dependent synthetase and ligase  41.94 
 
 		 602 aa  440  9.999999999999999e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.110931 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1122  AMP-dependent synthetase and ligase  43.03 
 
 		 606 aa  434  1e-120  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  42.91 
 
 		 599 aa  434  1e-120  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  44.57 
 
 		 593 aa  432  1e-120  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  44.14 
 
 		 599 aa  429  1e-119  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1204  AMP-dependent synthetase and ligase  41.49 
 
 		 609 aa  431  1e-119  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.110372  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1547  AMP-dependent synthetase and ligase  41.72 
 
 		 619 aa  429  1e-119  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.174488  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15760  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  40.55 
 
 		 606 aa  431  1e-119  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.120658  normal  0.270208 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  43.44 
 
 		 599 aa  428  1e-118  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  44.09 
 
 		 599 aa  427  1e-118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  40.78 
 
 		 600 aa  422  1e-117  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2003  AMP-dependent synthetase and ligase  40.48 
 
 		 606 aa  425  1e-117  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0649106  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  41.05 
 
 		 602 aa  422  1e-117  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1442  AMP-dependent synthetase and ligase  40.86 
 
 		 603 aa  424  1e-117  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.526185  normal  0.152333 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  41.13 
 
 		 602 aa  420  1e-116  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  40.07 
 
 		 616 aa  422  1e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.25 
 
 		 597 aa  422  1e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1274  AMP-dependent synthetase and ligase  41.93 
 
 		 609 aa  419  1e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000455356 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6067  AMP-dependent synthetase and ligase  41.33 
 
 		 615 aa  415  1e-114  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  40.78 
 
 		 599 aa  413  1e-114  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2070  AMP-dependent synthetase and ligase  40.17 
 
 		 600 aa  415  1e-114  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.432369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  40.78 
 
 		 622 aa  412  1e-114  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3131  AMP-dependent synthetase and ligase  42.04 
 
 		 599 aa  412  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  41.94 
 
 		 595 aa  412  1e-113  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  40.48 
 
 		 604 aa  408  1.0000000000000001e-112  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  40.69 
 
 		 608 aa  405  1e-111  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  39.8 
 
 		 606 aa  403  1e-111  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  0.0000327223 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  39.96 
 
 		 600 aa  404  1e-111  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  39.12 
 
 		 601 aa  405  1e-111  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  38.78 
 
 		 604 aa  399  9.999999999999999e-111  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3241  AMP-dependent synthetase and ligase  41.27 
 
 		 599 aa  400  9.999999999999999e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00258779  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  38.37 
 
 		 597 aa  400  9.999999999999999e-111  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13790  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  39.08 
 
 		 611 aa  397  1e-109  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0545474  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4468  AMP-dependent synthetase and ligase  41.27 
 
 		 597 aa  397  1e-109  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.331095  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  38.19 
 
 		 597 aa  396  1e-109  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  39.55 
 
 		 607 aa  398  1e-109  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  40.69 
 
 		 600 aa  397  1e-109  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  38.19 
 
 		 597 aa  396  1e-109  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1031  long-chain fatty-acid-CoA ligase  38.98 
 
 		 598 aa  394  1e-108  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2680  AMP-dependent synthetase and ligase  39.6 
 
 		 601 aa  393  1e-108  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.487535  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05330  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  39.69 
 
 		 612 aa  393  1e-108  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1174  AMP-dependent synthetase and ligase  38.79 
 
 		 597 aa  390  1e-107  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.393726  normal  0.390969 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1304  AMP-dependent synthetase and ligase  40.61 
 
 		 591 aa  388  1e-106  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  38.24 
 
 		 597 aa  386  1e-106  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01120  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  38.04 
 
 		 606 aa  387  1e-106  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  38.13 
 
 		 602 aa  389  1e-106  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2411  AMP-dependent synthetase and ligase  39.02 
 
 		 612 aa  381  1e-104  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  38.32 
 
 		 596 aa  380  1e-104  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2560  AMP-dependent synthetase and ligase  40.74 
 
 		 632 aa  374  1e-102  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.83853  hitchhiker  0.0000276011 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0976  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 615 aa  374  1e-102  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00986526  normal  0.875047 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 604 aa  349  7e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  35.5 
 
 		 604 aa  345  2e-93  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  35.5 
 
 		 604 aa  344  4e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1932  AMP-dependent synthetase and ligase  37.09 
 
 		 590 aa  330  5.0000000000000004e-89  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.333973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  36.58 
 
 		 605 aa  327  4.0000000000000003e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  36.16 
 
 		 597 aa  320  7e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 612 aa  316  8e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 592 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  32.71 
 
 		 594 aa  315  1.9999999999999998e-84  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0944  AMP-dependent synthetase and ligase  34.19 
 
 		 622 aa  310  4e-83  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  33.78 
 
 		 617 aa  311  4e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  32.33 
 
 		 607 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 622 aa  302  2e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  31.93 
 
 		 603 aa  301  3e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  30.95 
 
 		 592 aa  300  8e-80  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  32.41 
 
 		 607 aa  299  1e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  33.55 
 
 		 602 aa  298  2e-79  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  33.77 
 
 		 633 aa  296  6e-79  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  31.05 
 
 		 590 aa  295  2e-78  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  32.73 
 
 		 649 aa  295  2e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 590 aa  294  5e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  32.52 
 
 		 607 aa  294  5e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  31.97 
 
 		 606 aa  291  2e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  32.44 
 
 		 602 aa  292  2e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  32.18 
 
 		 630 aa  291  3e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  32.27 
 
 		 602 aa  291  3e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  32.27 
 
 		 602 aa  291  3e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  32.82 
 
 		 596 aa  290  5.0000000000000004e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  32.01 
 
 		 612 aa  290  6e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  32.73 
 
 		 610 aa  289  1e-76  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 		 610 aa  286  7e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  31.97 
 
 		 606 aa  286  7e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 		 616 aa  286  8e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  31.81 
 
 		 606 aa  286  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  32.32 
 
 		 610 aa  283  8.000000000000001e-75  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  31.88 
 
 		 596 aa  281  2e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  33.09 
 
 		 610 aa  281  2e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  30.53 
 
 		 587 aa  281  3e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  31.45 
 
 		 580 aa  280  5e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  31.75 
 
 		 603 aa  279  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  31.45 
 
 		 618 aa  278  2e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>