More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0854 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0854  ribosomal protein S20  100 
 
 
86 aa  160  6e-39  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0583  30S ribosomal protein S20  90.7 
 
 
86 aa  115  2e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1740  30S ribosomal protein S20  65.12 
 
 
86 aa  105  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.632163  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7071  ribosomal protein S20  65.12 
 
 
88 aa  104  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.595098  normal  0.725666 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3421  ribosomal protein S20  72 
 
 
86 aa  103  8e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.144385  normal  0.0315354 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1556  30S ribosomal protein S20  74.42 
 
 
86 aa  102  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3522  30S ribosomal protein S20  60.47 
 
 
86 aa  102  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.824464  normal  0.131692 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3510  30S ribosomal protein S20  60.47 
 
 
86 aa  102  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3582  30S ribosomal protein S20  60.47 
 
 
86 aa  102  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.179695  normal  0.0144899 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2665  30S ribosomal protein S20  60.47 
 
 
86 aa  101  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.213865  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1979  30S ribosomal protein S20  62.79 
 
 
86 aa  100  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53249e-08 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12440  30S ribosomal protein S20  66.28 
 
 
86 aa  100  6e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12430  SSU ribosomal protein S20P  70.93 
 
 
88 aa  99.4  2e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0372924  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13310  SSU ribosomal protein S20P  62.79 
 
 
86 aa  99.4  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.170233  normal  0.153651 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3912  30S ribosomal protein S20  62.65 
 
 
86 aa  97.1  7e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10270  ribosomal protein S20  67.09 
 
 
162 aa  97.1  7e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  1.27538e-06  unclonable  1.13677e-09 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2242  30S ribosomal protein S20  65.12 
 
 
86 aa  95.5  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.636504  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3185  ribosomal protein S20  60.47 
 
 
86 aa  95.5  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2800  ribosomal protein S20  58.14 
 
 
86 aa  95.5  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.207865  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2105  30S ribosomal protein S20  64.63 
 
 
107 aa  95.1  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2207  ribosomal protein S20  65.12 
 
 
86 aa  94.7  3e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.437419  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0802  ribosomal protein S20  60.47 
 
 
87 aa  94.7  4e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.939654  normal  0.631943 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2223  ribosomal protein S20  65.12 
 
 
86 aa  94  6e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.133967  normal  0.0102835 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17380  SSU ribosomal protein S20P  65 
 
 
86 aa  94  6e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.573431  hitchhiker  0.00388054 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1889  30S ribosomal protein S20  67.5 
 
 
86 aa  92.8  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1207  ribosomal protein S20  66.25 
 
 
86 aa  92.4  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.872926  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0689  ribosomal protein S20  60.47 
 
 
89 aa  91.7  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.152983 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1552  ribosomal protein S20  60.71 
 
 
86 aa  90.5  7e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0324223  normal  0.177559 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17390  SSU ribosomal protein S20P  62.5 
 
 
88 aa  89.4  1e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.3443  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0827  SSU ribosomal protein S20P  61.63 
 
 
92 aa  89.7  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0352915  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1654  ribosomal protein S20  60.47 
 
 
167 aa  89  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.158748  hitchhiker  0.00316633 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1614  ribosomal protein S20  71.25 
 
 
88 aa  87.8  5e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1261  30S ribosomal protein S20  61.25 
 
 
89 aa  87  7e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0399917 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3262  ribosomal protein S20  70 
 
 
90 aa  85.9  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521997  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07740  ribosomal protein S20  68.35 
 
 
172 aa  83.6  8e-16  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.603346 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12640  SSU ribosomal protein S20P  63.95 
 
 
86 aa  83.6  9e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.464272  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5467  30S ribosomal protein S20  62.5 
 
 
88 aa  82  2e-15  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2281  30S ribosomal protein S20  61.25 
 
 
90 aa  81.6  3e-15  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0218498  normal  0.404992 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0776  SSU ribosomal protein S20P  62.34 
 
 
151 aa  81.3  4e-15  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.38047  normal  0.149543 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3844  30S ribosomal protein S20  61.25 
 
 
88 aa  80.9  5e-15  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.160691  hitchhiker  0.0019697 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3465  30S ribosomal protein S20  61.25 
 
 
88 aa  80.9  6e-15  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1145  30S ribosomal protein S20  59.49 
 
 
95 aa  80.1  1e-14  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.576615  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0696  ribosomal protein S20  51.16 
 
 
86 aa  78.2  4e-14  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  2.07001e-09  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3631  30S ribosomal protein S20  50 
 
 
87 aa  74.7  4e-13  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  5.06786e-06  normal  0.726814 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0022  30S ribosomal protein S20  50 
 
 
87 aa  74.7  4e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  3.78838e-09  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00027  30S ribosomal protein S20  50 
 
 
87 aa  74.7  4e-13  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  4.13778e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2299  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 
87 aa  74.7  4e-13  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00503928  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0026  30S ribosomal protein S20  50 
 
 
87 aa  74.7  4e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.3085e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0027  30S ribosomal protein S20  50 
 
 
87 aa  74.7  4e-13  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.4189e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0023  30S ribosomal protein S20  50 
 
 
87 aa  74.7  4e-13  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  2.55802e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2014  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 
87 aa  74.7  4e-13  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3575  ribosomal protein S20  50 
 
 
87 aa  74.7  4e-13  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  2.1535e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0025  30S ribosomal protein S20  50 
 
 
87 aa  74.7  4e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  3.87642e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00026  hypothetical protein  50 
 
 
87 aa  74.7  4e-13  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  3.13857e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0416  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 
87 aa  74.3  6e-13  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  4.43906e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3655  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
87 aa  72.8  1e-12  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.225514  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3849  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
87 aa  72.8  1e-12  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.716428  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2005  ribosomal protein S20  52.33 
 
 
95 aa  72.4  2e-12  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.894621  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0546  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
87 aa  72  3e-12  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0582  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 
87 aa  71.6  3e-12  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  1.60392e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3462  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
87 aa  71.2  5e-12  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.49993e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0792  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
87 aa  71.2  5e-12  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.29038e-06  normal  0.540603 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3590  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
87 aa  71.2  5e-12  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  5.79115e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0048  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 
87 aa  70.9  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  3.98649e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0047  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 
87 aa  70.9  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  5.42728e-06  normal  0.0144218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0048  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 
87 aa  70.9  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  1.61385e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0047  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 
87 aa  70.9  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  8.72417e-06  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0585  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
87 aa  70.9  6e-12  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000109999  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0047  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 
87 aa  70.9  6e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  9.0572e-06  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1005  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
89 aa  70.5  8e-12  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2446  30S ribosomal protein S20  46.51 
 
 
89 aa  70.5  8e-12  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  2.40091e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1295  ribosomal protein S20  46.43 
 
 
89 aa  67  7e-11  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.312929  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4173  30S ribosomal protein S20  45.88 
 
 
85 aa  67  7e-11  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0124088  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0554  ribosomal protein S20  44.19 
 
 
87 aa  67.4  7e-11  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1524  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
109 aa  67.4  7e-11  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1581  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
109 aa  67.4  7e-11  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1979  ribosomal protein S20  49.41 
 
 
85 aa  66.2  1e-10  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  1.76977e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  49.37 
 
 
88 aa  66.6  1e-10  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2678  30S ribosomal protein S20  44.19 
 
 
88 aa  65.5  2e-10  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.855392  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1013  30S ribosomal protein S20  45.35 
 
 
88 aa  64.7  4e-10  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  7.73203e-15  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1037  ribosomal protein S20  43.02 
 
 
87 aa  64.3  5e-10  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4455  30S ribosomal protein S20  44.71 
 
 
85 aa  64.3  6e-10  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.15322e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4344  30S ribosomal protein S20  44.71 
 
 
85 aa  64.3  6e-10  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.53456e-13 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4441  30S ribosomal protein S20  44.71 
 
 
85 aa  64.3  6e-10  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  5.91712e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4059  30S ribosomal protein S20  44.71 
 
 
85 aa  64.3  6e-10  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.2501  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4221  30S ribosomal protein S20  44.71 
 
 
85 aa  64.3  6e-10  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000214767  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4069  30S ribosomal protein S20  44.71 
 
 
85 aa  64.3  6e-10  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00157919  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4547  30S ribosomal protein S20  44.71 
 
 
85 aa  64.3  6e-10  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4403  30S ribosomal protein S20  44.71 
 
 
85 aa  64.3  6e-10  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3049  30S ribosomal protein S20  44.71 
 
 
85 aa  63.9  7e-10  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0287118  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2067  ribosomal protein S20  44.19 
 
 
88 aa  63.2  1e-09  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0795  30S ribosomal protein S20  43.53 
 
 
85 aa  63.5  1e-09  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.111102  hitchhiker  1.17943e-11 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1056  30S ribosomal protein S20  45.35 
 
 
88 aa  63.5  1e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.134446  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1051  30S ribosomal protein S20  45.35 
 
 
88 aa  62.8  2e-09  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  2.04572e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  45.35 
 
 
88 aa  62.8  2e-09  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1152  30S ribosomal protein S20  45.35 
 
 
88 aa  62.8  2e-09  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  2.94185e-06  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1118  30S ribosomal protein S20  45.35 
 
 
88 aa  62.8  2e-09  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  4.08096e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1191  30S ribosomal protein S20  45.35 
 
 
88 aa  62.4  2e-09  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  3.03326e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3203  30S ribosomal protein S20  45.35 
 
 
92 aa  62.4  2e-09  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.207505  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0921  30S ribosomal protein S20  44.19 
 
 
88 aa  62.4  2e-09  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.53205e-10  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>