More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0806 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0806  ribosome recycling factor  100 
 
 		 184 aa  368  1e-101  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0407  ribosome recycling factor  85.16 
 
 		 183 aa  317  5e-86  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00332415  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1007  ribosome recycling factor  58.01 
 
 		 185 aa  229  2e-59  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1183  ribosome recycling factor  57.87 
 
 		 185 aa  224  7e-58  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1387  ribosome recycling factor  56.74 
 
 		 185 aa  220  8e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000002033 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1233  ribosome recycling factor  56.74 
 
 		 185 aa  219  1.9999999999999999e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.408531  hitchhiker  0.00510503 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1325  ribosome recycling factor  55.62 
 
 		 185 aa  219  3e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0679  ribosome recycling factor  57.3 
 
 		 185 aa  218  5e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.445733  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11220  ribosome recycling factor  56.74 
 
 		 186 aa  218  5e-56  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0977787  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0997  ribosome recycling factor  57.3 
 
 		 185 aa  217  7.999999999999999e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.168842  normal  0.480698 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1370  ribosome recycling factor  56.74 
 
 		 185 aa  216  2e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.102814  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06770  ribosome recycling factor  55 
 
 		 185 aa  214  5.9999999999999996e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.000531316  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1418  ribosome recycling factor  54.49 
 
 		 185 aa  213  9.999999999999999e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.441102 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2201  ribosome recycling factor  53.67 
 
 		 185 aa  211  5.999999999999999e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.29734 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1866  ribosome recycling factor  55.06 
 
 		 185 aa  208  4e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0861324 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23580  ribosome recycling factor  55.06 
 
 		 185 aa  207  6e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.275445 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3240  ribosome recycling factor  52.49 
 
 		 185 aa  206  2e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1164  ribosome recycling factor  51.69 
 
 		 185 aa  205  4e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.221517 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0241  ribosome recycling factor  53.93 
 
 		 185 aa  204  5e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2504  ribosome recycling factor  53.04 
 
 		 185 aa  204  6e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.599102  normal  0.470707 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3579  ribosome recycling factor  50.56 
 
 		 185 aa  202  2e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1539  ribosome recycling factor  52.25 
 
 		 185 aa  202  3e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.34519 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1532  ribosome recycling factor  51.69 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0437112 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1674  ribosome recycling factor  53.3 
 
 		 185 aa  201  4e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5908  ribosome recycling factor  54.49 
 
 		 185 aa  200  8e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.107758  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10150  ribosome recycling factor  53.8 
 
 		 188 aa  199  9.999999999999999e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.775897  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1487  ribosome recycling factor  56.18 
 
 		 185 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.632003 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3110  ribosome recycling factor  52.54 
 
 		 185 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000000193761  hitchhiker  0.00426294 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3988  ribosome recycling factor  51.41 
 
 		 185 aa  195  3e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556234  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3407  ribosome recycling factor  57.46 
 
 		 185 aa  194  5.000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0276302  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2221  ribosome recycling factor  53.67 
 
 		 185 aa  194  7e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0750591  normal  0.159368 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09920  ribosome recycling factor  51.98 
 
 		 185 aa  194  8.000000000000001e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.95344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3514  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  192  2e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.763665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12896  ribosome recycling factor  52.75 
 
 		 185 aa  191  4e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.460587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4123  ribosome recycling factor  51.41 
 
 		 185 aa  191  6e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1985  ribosome recycling factor  52.54 
 
 		 185 aa  189  1e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  50 
 
 		 184 aa  190  1e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2004  ribosome recycling factor  52.54 
 
 		 185 aa  189  1e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2050  ribosome recycling factor  52.54 
 
 		 185 aa  189  1e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.774761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2111  ribosome recycling factor  52.2 
 
 		 185 aa  189  2e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0521  ribosome recycling factor  52.25 
 
 		 182 aa  182  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1658  ribosome recycling factor  51.63 
 
 		 184 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.375108  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  48.92 
 
 		 186 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2698  ribosome recycling factor  50 
 
 		 182 aa  182  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0507  ribosome recycling factor  52.6 
 
 		 182 aa  181  4.0000000000000006e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  50 
 
 		 184 aa  181  6e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05771  ribosome recycling factor  51.69 
 
 		 182 aa  181  6e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.409534  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05851  ribosome recycling factor  54.34 
 
 		 182 aa  180  1e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05471  ribosome recycling factor  52.6 
 
 		 173 aa  179  2e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2560  ribosome recycling factor  51.43 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3546  ribosome recycling factor  50.86 
 
 		 181 aa  178  4e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  48.65 
 
 		 185 aa  178  4e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0629  ribosome recycling factor  48.88 
 
 		 187 aa  177  4.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.418172 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05781  ribosome recycling factor  50.87 
 
 		 182 aa  177  5.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  177  5.999999999999999e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0065  ribosome recycling factor  48.88 
 
 		 182 aa  177  7e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.759475  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0510  ribosome recycling factor  48.39 
 
 		 186 aa  177  8e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0317856  normal  0.376064 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05231  ribosome recycling factor  49.17 
 
 		 182 aa  177  9e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  50.83 
 
 		 185 aa  177  9e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1853  ribosome recycling factor  50.29 
 
 		 182 aa  176  1e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1252  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  176  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.538826  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1448  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 186 aa  176  2e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07611  ribosome recycling factor  49.71 
 
 		 173 aa  175  3e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0633499 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1975  ribosome recycling factor  48.07 
 
 		 184 aa  174  4e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552095  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3787  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  174  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00158477 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2424  ribosome recycling factor  53.11 
 
 		 185 aa  174  5e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00108894  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  49.17 
 
 		 186 aa  174  7e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4637  ribosome recycling factor  50.29 
 
 		 182 aa  174  7e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.138932  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07680  ribosome recycling factor  47.46 
 
 		 185 aa  174  7e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.029169  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0710  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 182 aa  173  9.999999999999999e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1848  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000201497  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002749  ribosome recycling factor  50.85 
 
 		 185 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000016264  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 184 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1282  ribosome recycling factor  46.41 
 
 		 185 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000366075  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03234  ribosome recycling factor  50.28 
 
 		 185 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1278  ribosome recycling factor  48.62 
 
 		 185 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0077  ribosome recycling factor  46.28 
 
 		 185 aa  172  2.9999999999999996e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010398  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  45.3 
 
 		 187 aa  171  3.9999999999999995e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1035  ribosome recycling factor  46.2 
 
 		 185 aa  171  3.9999999999999995e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000462528  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1441  ribosome recycling factor  47.75 
 
 		 186 aa  171  5e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.378711 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4945  ribosome recycling factor  47.7 
 
 		 186 aa  171  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3778  ribosome recycling factor  45.56 
 
 		 182 aa  171  5.999999999999999e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.343725 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  47.51 
 
 		 185 aa  171  5.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0745  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 185 aa  171  6.999999999999999e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000436383  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1557  ribosome recycling factor  46.74 
 
 		 185 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135969  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  44.02 
 
 		 184 aa  170  1e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1649  ribosome recycling factor  52.73 
 
 		 182 aa  170  1e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1494  ribosome recycling factor  47.8 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0010  ribosome recycling factor  45.11 
 
 		 192 aa  169  2e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0696052  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0445  ribosome recycling factor  44.57 
 
 		 185 aa  169  2e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00199228  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  46.74 
 
 		 186 aa  169  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0629  ribosome recycling factor  44.57 
 
 		 190 aa  168  3e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.701086  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  44.75 
 
 		 185 aa  168  3e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2711  ribosome recycling factor  46.15 
 
 		 185 aa  169  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0873966  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2379  ribosome recycling factor  45.4 
 
 		 184 aa  169  3e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1761  ribosome recycling factor  45.86 
 
 		 186 aa  168  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0665089 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1992  ribosome recycling factor  47.7 
 
 		 186 aa  168  5e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  45.65 
 
 		 186 aa  167  9e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  45.3 
 
 		 185 aa  167  1e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1384  ribosome recycling factor  45.11 
 
 		 185 aa  167  1e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000556086  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>