97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0628 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0628  copper transport repressor, CopY/TcrY family  100 
 
 		 161 aa  330  7.000000000000001e-90  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.922307 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0560  transcriptional repressor, CopY family  91.28 
 
 		 149 aa  281  2.0000000000000002e-75  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000680415  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1264  transcriptional repressor CopY, putative  89.66 
 
 		 148 aa  265  1e-70  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.352624  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1547  negative transcriptional regulator - copper transport operon  42.45 
 
 		 143 aa  133  9.999999999999999e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0948  CopY family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 142 aa  126  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000394556  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0384  transcriptional repressor CopY  41.18 
 
 		 138 aa  122  2e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1873  transcriptional regulator  38 
 
 		 155 aa  109  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171303  hitchhiker  0.00000000171103 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0889  transcriptional regulator  37.33 
 
 		 151 aa  102  3e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000992665  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0049  transcriptional regulator  31.88 
 
 		 141 aa  99.4  2e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2616  transcriptional repressor, CopY family  38.46 
 
 		 124 aa  97.1  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3352  transcriptional repressor, CopY family  34.19 
 
 		 128 aa  85.5  2e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1648  transcriptional regulator  35.61 
 
 		 147 aa  84.3  7e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00645842  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1175  penicillinase repressor  31.62 
 
 		 133 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00935  transcriptional regulator, BlaI family protein  32.46 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2588  transcriptional repressor, CopY family  31.58 
 
 		 169 aa  75.1  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1110  penicillinase repressor  30.77 
 
 		 133 aa  73.9  0.0000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0031  penicillinase repressor  31.09 
 
 		 123 aa  73.9  0.0000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0031  CopY family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 123 aa  73.9  0.0000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2519  methicillin-resistance regulatory protein MecI  31.09 
 
 		 123 aa  73.9  0.0000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0200801  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3225  transcriptional repressor, CopY family  30.17 
 
 		 121 aa  73.9  0.0000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.182385  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0993  beta-lactamase (penicillinase) repressor  30.77 
 
 		 132 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02324  transcriptional regulator BlaI family  33.33 
 
 		 121 aa  73.2  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.29109  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2928  CopY family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 122 aa  72.8  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.315918  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1006  penicillinase repressor  29.91 
 
 		 132 aa  72  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1078  penicillinase repressor  29.91 
 
 		 132 aa  72  0.000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3208  CopY family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 125 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.448139  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2407  penicillinase repressor  31.62 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0359  CopY family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 122 aa  69.7  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.666305 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3341  CopY family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 131 aa  67  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1811  CopY family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3737  CopY family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 123 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.185846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3788  transcriptional repressor, CopY family  28.7 
 
 		 124 aa  63.2  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00024943  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2994  CopY family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 124 aa  61.2  0.000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0376  CopY family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 117 aa  60.8  0.000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2033  transcriptional repressor, CopY family  34.33 
 
 		 124 aa  59.7  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3585  transcriptional repressor, CopY family protein  25.44 
 
 		 124 aa  58.9  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4716  transcriptional repressor, CopY family  24.17 
 
 		 153 aa  58.9  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0722064  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5186  transcriptional repressor, CopY family  26.79 
 
 		 121 aa  58.2  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2027  transcriptional repressor, CopY family  25.64 
 
 		 125 aa  58.2  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.129536  normal  0.867039 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1285  CopY family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.237344 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0578  penicillinase repressor  24.17 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0532  CopY family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 139 aa  57  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3586  putative penicillinase repressor, transcriptional regulatory protein  29.7 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551529 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1605  transcriptional repressor, CopY family  39.71 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.809154  normal  0.110502 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0677  penicillinase repressor  24.11 
 
 		 133 aa  53.9  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2877  transcriptional repressor, CopY family  26.05 
 
 		 125 aa  53.9  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1589  transcriptional regulator  23.73 
 
 		 120 aa  52.4  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3882  CopY family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 122 aa  53.1  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0821415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2853  CopY family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 148 aa  52.4  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2069  CopY family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 128 aa  52.4  0.000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.490832  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3223  transcriptional repressor, CopY family  25 
 
 		 128 aa  52  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2824  penicillinase repressor  23.89 
 
 		 126 aa  51.2  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.167752  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2747  CopY family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 126 aa  51.2  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.513766  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1935  transcriptional repressor, CopY family  23.48 
 
 		 122 aa  50.8  0.000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0005  penicillinase repressor  23.64 
 
 		 117 aa  50.1  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.014635  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4494  CopY family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 140 aa  50.1  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000131779  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1017  Penicillinase repressor  24.17 
 
 		 123 aa  50.1  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.131861  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3667  transcriptional repressor, CopY family  24.77 
 
 		 130 aa  49.7  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1459  penicillinase repressor  23.01 
 
 		 126 aa  48.1  0.00005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00000472068  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3889  CopY family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 133 aa  47.4  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.976085 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2641  transcriptional regulator, TrmB  23.48 
 
 		 127 aa  46.6  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0464026  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1590  hypothetical protein  22.96 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1882  CopY family transcriptional regulator  21.17 
 
 		 140 aa  46.6  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128581  normal  0.417671 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1301  transcriptional repressor, CopY family  37.25 
 
 		 118 aa  46.6  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0225104  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2098  transcriptional repressor, CopY family  21.93 
 
 		 120 aa  46.6  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.560575  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2422  CopY family transcriptional regulator  20.37 
 
 		 149 aa  46.6  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0381488  normal  0.701742 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3296  CopY family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 125 aa  45.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4311  transcriptional repressor, CopY family  26.67 
 
 		 141 aa  45.8  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.972476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1141  Penicillinase repressor  24.79 
 
 		 127 aa  45.8  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9018  transcriptional repressor, CopY family  32.63 
 
 		 119 aa  45.4  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2354  CopY family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 109 aa  45.4  0.0004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000228636  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1354  transcriptional repressor, CopY family  27.27 
 
 		 126 aa  45.1  0.0004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1902  hypothetical protein  27.35 
 
 		 137 aa  45.1  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000462364  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3721  transcriptional repressor, CopY family  21.43 
 
 		 124 aa  44.7  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.229138 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1849  hypothetical protein  26.5 
 
 		 137 aa  43.9  0.0009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0126264  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0075  hypothetical protein  20.31 
 
 		 140 aa  43.9  0.0009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0391705  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1403  hypothetical protein  23.53 
 
 		 146 aa  43.5  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0255  CopY family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 185 aa  43.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2916  transcriptional regulator  35.82 
 
 		 154 aa  43.5  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.214905  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3554  hypothetical protein  27.35 
 
 		 137 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.404562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0429  CopY family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 119 aa  43.5  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3470  transcriptional repressor, CopY family  27.55 
 
 		 120 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1645  hypothetical protein  27.62 
 
 		 137 aa  43.1  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00404196  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1826  hypothetical protein  27.62 
 
 		 137 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1776  hypothetical protein  27.62 
 
 		 137 aa  43.1  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.990968  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3133  putative transcriptional regulator  21.55 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0957082  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1594  hypothetical protein  27.62 
 
 		 137 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000464586  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1790  hypothetical protein  26.5 
 
 		 137 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1624  hypothetical protein  27.62 
 
 		 137 aa  43.1  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0362739  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3145  transcriptional regulator  23.48 
 
 		 120 aa  42.4  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6204  transcriptional repressor, CopY family  24.6 
 
 		 130 aa  42.4  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.783598  normal  0.478416 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3380  transcriptional repressor, CopY family  23.93 
 
 		 124 aa  41.6  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4332  transcriptional repressor, CopY family  40.68 
 
 		 120 aa  41.2  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.781234 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0684  transcriptional repressor, CopY family  36.67 
 
 		 133 aa  41.2  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1644  CopY family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 138 aa  40.8  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.204301  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4745  transcriptional repressor, CopY family  33.33 
 
 		 118 aa  40.8  0.009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.603775  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3999  transcriptional regulator, TrmB  25.51 
 
 		 125 aa  40.4  0.01  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>