More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0571 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0571  prokaryotic transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain protein  100 
 
 		 159 aa  316  7e-86  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0436205 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0768  transcription elongation factor  72.33 
 
 		 159 aa  234  4e-61  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471261  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08210  transcription elongation factor  60.51 
 
 		 160 aa  186  1e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.029534 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1893  transcription elongation factor GreA  57.96 
 
 		 160 aa  177  7e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2635  GreA/GreB family elongation factor  58.23 
 
 		 160 aa  175  2e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0940  GreA/GreB family elongation factor  59.6 
 
 		 161 aa  173  9e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1167  GreA/GreB family elongation factor  54.25 
 
 		 164 aa  157  7e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.440534  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05080  transcription elongation factor GreA  56.49 
 
 		 164 aa  155  3e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.543117  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1239  transcription elongation factor GreA  53.59 
 
 		 164 aa  154  5.0000000000000005e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000243493 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23090  transcription elongation factor GreA  55.26 
 
 		 163 aa  153  7e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1076  transcription elongation factor GreA  52.6 
 
 		 160 aa  153  1e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07260  transcription elongation factor  48.73 
 
 		 164 aa  141  4e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.548379 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1099  transcription elongation factor GreA  50.33 
 
 		 165 aa  140  5e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0225388  normal  0.455968 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0980  transcription elongation factor GreA  50.93 
 
 		 167 aa  140  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0094  GreA/GreB family elongation factor  50.63 
 
 		 166 aa  139  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.351516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1064  transcription elongation factor GreA  50.94 
 
 		 166 aa  137  7e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3904  GreA/GreB family elongation factor  47.47 
 
 		 160 aa  135  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0764375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1887  transcription elongation factor GreA  47.83 
 
 		 162 aa  133  8e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.559588 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0447  transcription elongation factor GreA  49.37 
 
 		 167 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0824  transcription elongation factor GreA  45.91 
 
 		 161 aa  131  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.364949  normal  0.362422 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0866  transcription elongation factor GreA  46.88 
 
 		 165 aa  124  8.000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0610793 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3096  transcription elongation factor GreA  46.5 
 
 		 167 aa  122  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.289834 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8535  GreA/GreB family elongation factor  45.86 
 
 		 166 aa  122  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0923  transcription elongation factor GreA  46.54 
 
 		 165 aa  120  9e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.212607  normal  0.453288 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0668  transcription elongation factor GreA  43.95 
 
 		 164 aa  119  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0726  transcription elongation factor GreA  47.74 
 
 		 167 aa  119  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31810  transcription elongation factor GreA  42.59 
 
 		 172 aa  114  6.9999999999999995e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.58029 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4418  transcription elongation factor GreA  45.16 
 
 		 163 aa  113  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0707  transcription elongation factor GreA  44.44 
 
 		 162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.927788  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0940  transcription elongation factor GreA  44.03 
 
 		 167 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4144  transcription elongation factor GreA  43.21 
 
 		 164 aa  111  5e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0426558  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4375  transcription elongation factor GreA  43.21 
 
 		 164 aa  111  5e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.366203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4219  transcription elongation factor GreA  43.21 
 
 		 164 aa  111  5e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.120429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11098  transcription elongation factor GreA  42.59 
 
 		 164 aa  109  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000759427  normal  0.450066 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1636  transcription elongation factor GreA  41.36 
 
 		 164 aa  104  4e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2239  transcription elongation factor GreA  44.97 
 
 		 156 aa  104  5e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.000000131275  normal  0.39945 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4668  transcription elongation factor GreA  40.74 
 
 		 164 aa  104  5e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.741319 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2048  transcription elongation factor GreA  40.49 
 
 		 164 aa  102  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.148142  normal  0.34158 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1188  transcription elongation factor GreA  43.87 
 
 		 159 aa  102  2e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00439545  normal  0.0602948 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13240  transcription elongation factor GreA  40.91 
 
 		 156 aa  97.1  9e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00714364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0115  GreA/GreB family elongation factor  43.62 
 
 		 159 aa  96.7  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000137367  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19500  transcription elongation factor GreA  40.14 
 
 		 155 aa  94.7  4e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000496817  unclonable  0.000000000539704 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3148  transcription elongation factor GreA  39.51 
 
 		 164 aa  94.7  5e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0838733  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1466  transcription elongation factor GreA  43.06 
 
 		 176 aa  92.4  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0366416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0151  GreA/GreB family elongation factor  43.33 
 
 		 160 aa  89.7  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000044733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0700  transcription elongation factor GreA  42.96 
 
 		 159 aa  89  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0169393  normal  0.415235 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1242  transcription elongation factor GreA  42.18 
 
 		 164 aa  88.2  5e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000024894  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0472  transcription elongation factor GreA  42.68 
 
 		 160 aa  87.4  7e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.384084  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0627  transcription elongation factor GreA  37.33 
 
 		 157 aa  87  9e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0906  transcription elongation factor GreA  37.93 
 
 		 160 aa  86.7  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1672  transcription elongation factor GreA  39.58 
 
 		 159 aa  86.7  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.112053  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1155  transcription elongation factor GreA  45 
 
 		 156 aa  86.3  2e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4606  transcription elongation factor GreA  40.97 
 
 		 158 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.127343  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1535  GreA/GreB family elongation factor  39.61 
 
 		 160 aa  85.5  3e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1781  transcription elongation factor GreA  40.97 
 
 		 159 aa  85.5  3e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.695085  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1680  transcription elongation factor GreA  40.26 
 
 		 161 aa  85.1  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1854  transcription elongation factor GreA  41.38 
 
 		 159 aa  85.1  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.866249  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2677  transcription elongation factor GreA  42.25 
 
 		 160 aa  84.7  4e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2549  transcription elongation factor GreA  42.25 
 
 		 160 aa  84.7  4e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  42.47 
 
 		 158 aa  84.7  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4821  transcription elongation factor GreA  40.41 
 
 		 154 aa  84  8e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0495  transcription elongation factor GreA  40.28 
 
 		 160 aa  83.2  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.588124  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1377  transcription elongation factor GreA  39.73 
 
 		 156 aa  83.2  0.000000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0972  transcription elongation factor GreA  41.72 
 
 		 158 aa  83.6  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1851  transcription elongation factor GreA  40.85 
 
 		 158 aa  82.4  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.888423  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1002  transcription elongation factor GreA  36.49 
 
 		 156 aa  82.4  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000716767  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00740  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 161 aa  82.8  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000778945  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2181  transcription elongation factor GreA  39.16 
 
 		 154 aa  83.2  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.015275  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2897  transcription elongation factor GreA  38 
 
 		 159 aa  82.4  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1284  transcription elongation factor GreA  40.69 
 
 		 158 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177076  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1508  transcription elongation factor GreA  40.69 
 
 		 158 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.150081  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0773  transcription elongation factor GreA  40.69 
 
 		 158 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.568342  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1611  transcription elongation factor GreA  40.69 
 
 		 158 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.939973  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3092  transcription elongation factor GreA  41.77 
 
 		 158 aa  82  0.000000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0567  transcription elongation factor GreA  40.69 
 
 		 158 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.535804  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1128  transcription elongation factor GreA  36.49 
 
 		 156 aa  82  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000607304  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1478  transcription elongation factor GreA  40.69 
 
 		 158 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0496142  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4226  transcription elongation factor GreA  40.51 
 
 		 175 aa  82  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0809  transcription elongation factor GreA  41.1 
 
 		 157 aa  82  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000158219  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0584  transcription elongation factor GreA  40.69 
 
 		 158 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.125264  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0737  transcription elongation factor GreA  37.58 
 
 		 175 aa  82  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.718576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3127  transcription elongation factor GreA  39.58 
 
 		 158 aa  82  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.59991  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1725  transcription elongation factor GreA  39.73 
 
 		 158 aa  81.3  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2118  transcription elongation factor GreA  42.25 
 
 		 157 aa  81.3  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  42.25 
 
 		 158 aa  80.9  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1564  transcription elongation factor GreA  37.93 
 
 		 160 aa  81.3  0.000000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000290434  hitchhiker  0.000735134 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1263  transcription elongation factor GreA  40.69 
 
 		 168 aa  80.9  0.000000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0260201 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0875  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 158 aa  80.5  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.73287  normal  0.0631013 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4461  transcription elongation factor GreA  36.97 
 
 		 158 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.310238  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1504  transcription elongation factor GreA  40.85 
 
 		 157 aa  80.1  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.893814  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4275  transcription elongation factor GreA  36.97 
 
 		 158 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4112  transcription elongation factor GreA  36.97 
 
 		 158 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4123  transcription elongation factor GreA  36.97 
 
 		 158 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4607  transcription elongation factor GreA  36.97 
 
 		 158 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1100  transcription elongation factor GreA  37.97 
 
 		 159 aa  80.1  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.648513  normal  0.266643 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4512  transcription elongation factor GreA  36.97 
 
 		 158 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000192957  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2221  transcription elongation factor GreA  40.82 
 
 		 164 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2481  transcription elongation factor GreA  40.4 
 
 		 159 aa  80.1  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1660  transcription elongation factor GreA  41.55 
 
 		 157 aa  80.1  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.985567  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1561  transcription elongation factor GreA  38.13 
 
 		 158 aa  79  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.970872  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>