More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0534 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0534  DNA (cytosine-5-)-methyltransferase  100 
 
 
239 aa  498  1e-140  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000146587 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0965  DNA methylase N-4/N-6  32.93 
 
 
379 aa  138  8.999999999999999e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4367  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.69 
 
 
358 aa  135  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.721631 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1084  cell cycle regulated site-specific DNA-methyltransferase protein  33.2 
 
 
377 aa  135  7.000000000000001e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0702  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.93 
 
 
367 aa  134  9e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0606262  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2193  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  33.73 
 
 
359 aa  134  9e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0704  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.69 
 
 
379 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0375  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.66 
 
 
373 aa  132  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.984822  hitchhiker  0.00505908 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2010  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.29 
 
 
370 aa  132  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0541  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  33.88 
 
 
398 aa  131  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0336098  normal  0.888289 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0605  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.01 
 
 
377 aa  131  7.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.220402  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0649  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.29 
 
 
380 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.909315  normal  0.229003 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1840  DNA methylase N-4/N-6  32.13 
 
 
380 aa  130  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0373756  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1474  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.2 
 
 
368 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.180864  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0491  modification methylase BabI  33.88 
 
 
377 aa  128  7.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.598468  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0495  modification methylase BabI  33.88 
 
 
386 aa  128  7.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0024  adenine-specific methyltransferase  30.4 
 
 
368 aa  128  8.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.109862  normal  0.210092 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1218  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.73 
 
 
376 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2101  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.8 
 
 
376 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.528087 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2231  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  33.85 
 
 
369 aa  126  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0921492  hitchhiker  0.000652955 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1468  site-specific DNA-methyltransferase  30.4 
 
 
372 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.661815  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3343  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.46 
 
 
369 aa  124  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00148167  hitchhiker  0.00000416126 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2649  DNA methylase N-4/N-6  30.4 
 
 
389 aa  124  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0119  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.4 
 
 
372 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.222875  normal  0.070794 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4576  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.88 
 
 
382 aa  123  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0066  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.4 
 
 
372 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.711822  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0763  DNA adenine methylase CcrM  31.4 
 
 
372 aa  123  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0710  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.92 
 
 
396 aa  122  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.256759 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0750  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.77 
 
 
395 aa  122  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.296291  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1173  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.39 
 
 
389 aa  122  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0413  modification methylase CcrMI  31.75 
 
 
378 aa  122  7e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0392  DNA methylase N-4/N-6  31.71 
 
 
367 aa  120  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.723409 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3505  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.64 
 
 
398 aa  119  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.602417 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1073  DNA methylase N-4/N-6  32.49 
 
 
377 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.981822  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3376  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.64 
 
 
370 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0719  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.35 
 
 
368 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3181  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.37 
 
 
398 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3210  DNA methylase N-4/N-6  32.41 
 
 
367 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4366  DNA methylase N-4/N-6  32.92 
 
 
377 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.436205  normal  0.0199247 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1200  DNA methylase N-4/N-6  31.8 
 
 
377 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3225  DNA methylase N-4/N-6  32.49 
 
 
376 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2603  DNA methylase N-4/N-6  32.07 
 
 
376 aa  116  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.592749  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1597  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.16 
 
 
379 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.111041 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1367  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  32.24 
 
 
360 aa  115  7.999999999999999e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2855  DNA methylase N-4/N-6  30.15 
 
 
285 aa  113  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0194641  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3043  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.62 
 
 
375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00264807  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3036  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.43 
 
 
286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0660763  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2942  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.43 
 
 
286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.361147  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2608  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.28 
 
 
265 aa  107  2e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000327193 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2784  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.68 
 
 
282 aa  105  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0534146  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3008  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.16 
 
 
370 aa  105  6e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.367581 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1962  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.61 
 
 
259 aa  105  9e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2332  DNA adenine methylase CcrM  30.6 
 
 
344 aa  105  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.160434  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0969  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.06 
 
 
222 aa  103  2e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.893319  hitchhiker  0.0000000140587 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3578  putative methyltransferase  27.59 
 
 
294 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177776  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3747  putative methyltransferase  27.59 
 
 
294 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00189132  normal  0.187537 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3684  putative methyltransferase  27.59 
 
 
294 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220289  normal  0.0704128 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3650  putative methyltransferase  27.59 
 
 
294 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000365024  hitchhiker  0.00241657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3577  putative methyltransferase  27.59 
 
 
294 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00742062  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1449  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.94 
 
 
360 aa  103  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.103238  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0444  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.06 
 
 
294 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00573028  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3557  putative methyltransferase  29.06 
 
 
294 aa  100  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00430538  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0420  site-specific DNA-methyltransferase  28.98 
 
 
243 aa  100  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03120  predicted methyltransferase  29.06 
 
 
294 aa  99.4  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3455  putative methyltransferase  29.06 
 
 
294 aa  99.8  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000495763  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3645  putative methyltransferase  28.68 
 
 
294 aa  99.4  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000318659  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4579  putative methyltransferase  29.39 
 
 
294 aa  99.4  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0026019  normal  0.14101 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0444  putative methyltransferase  29.06 
 
 
294 aa  99.4  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0634628  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03071  hypothetical protein  29.06 
 
 
294 aa  99.4  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1486  site-specific DNA-methyltransferase  28.63 
 
 
243 aa  99  6e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3157  DNA methylase N-4/N-6  28.75 
 
 
266 aa  99  6e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1409  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.08 
 
 
243 aa  99  6e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3747  putative methyltransferase  28.68 
 
 
294 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000140856  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1319  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.63 
 
 
258 aa  96.7  3e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000000125948 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6933  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.88 
 
 
327 aa  96.3  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0266817  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1229  DNA methylase  28.69 
 
 
271 aa  95.9  5e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2238  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.79 
 
 
304 aa  92.4  5e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000832138  hitchhiker  0.0000505476 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1300  adenine specific DNA methyltransferase, putative  27.24 
 
 
247 aa  92.4  5e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4408  DNA methylase N-4/N-6  29.01 
 
 
283 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3959  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.01 
 
 
283 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135356  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3569  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.01 
 
 
283 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2124  DNA methylase N-4/N-6  30.22 
 
 
283 aa  90.1  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.775437  normal  0.0115493 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4621  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.85 
 
 
283 aa  90.1  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0315645  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3854  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.22 
 
 
283 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3349  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.22 
 
 
283 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3693  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.43 
 
 
332 aa  89.4  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00816735  hitchhiker  0.000000112456 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1308  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.27 
 
 
253 aa  89.4  5e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169451 
 
 
-
 
NC_013925  Nmag_4246  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.63 
 
 
419 aa  89.4  5e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1423  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.21 
 
 
237 aa  88.6  7e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1982  DNA-methyltransferase (DNA-modification methylase) protein  25.87 
 
 
270 aa  88.6  8e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0159066 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2136  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.17 
 
 
273 aa  88.6  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.113526  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4375  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.85 
 
 
305 aa  88.6  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1812  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.67 
 
 
273 aa  88.2  9e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.500335  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1720  N-6 adenine-specific DNA methylase  28.52 
 
 
282 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3164  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.95 
 
 
225 aa  87.4  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0356148  normal  0.905473 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1650  N-6 adenine-specific DNA methylase  28.52 
 
 
282 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1859  N-6 adenine-specific DNA methylase  28.52 
 
 
282 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.229539  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2444  DNA modification methylase RsrI  28.52 
 
 
282 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.462592  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2306  DNA modification methylase RsrI  28.52 
 
 
282 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.436701  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0530  DNA modification methylase RsrI  28.52 
 
 
282 aa  87  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>