More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0478 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  100 
 
 		 319 aa  658    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  57.05 
 
 		 308 aa  352  4e-96  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.01 
 
 		 317 aa  265  7e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  47.54 
 
 		 317 aa  263  3e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.45 
 
 		 311 aa  261  8e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  42.99 
 
 		 362 aa  261  1e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.25 
 
 		 318 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.25 
 
 		 318 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.43 
 
 		 314 aa  259  6e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  45.31 
 
 		 346 aa  259  6e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.93 
 
 		 318 aa  258  7e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  46.18 
 
 		 315 aa  258  7e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  45.75 
 
 		 310 aa  258  1e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.09 
 
 		 296 aa  255  9e-67  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.75 
 
 		 296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.75 
 
 		 296 aa  254  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.41 
 
 		 296 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.41 
 
 		 296 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.41 
 
 		 299 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.08 
 
 		 296 aa  253  3e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.08 
 
 		 296 aa  251  8.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.08 
 
 		 296 aa  251  8.000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.08 
 
 		 296 aa  251  8.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.08 
 
 		 296 aa  251  8.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  42.52 
 
 		 295 aa  251  8.000000000000001e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.08 
 
 		 296 aa  251  1e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 		 311 aa  250  2e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  45.08 
 
 		 324 aa  250  2e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  42.53 
 
 		 306 aa  249  4e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  43.23 
 
 		 301 aa  248  8e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1560  tyrosine recombinase XerD  44.14 
 
 		 331 aa  248  1e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.736869  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  42.81 
 
 		 318 aa  247  2e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  44.22 
 
 		 311 aa  244  9.999999999999999e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  45.9 
 
 		 310 aa  243  3e-63  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4062  tyrosine recombinase XerD  43.28 
 
 		 353 aa  241  1e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.159612  normal  0.47475 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  42.03 
 
 		 309 aa  240  2e-62  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  40 
 
 		 296 aa  240  2e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.4 
 
 		 298 aa  240  2.9999999999999997e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  39.46 
 
 		 296 aa  238  6.999999999999999e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  40.74 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  42.72 
 
 		 313 aa  236  6e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  40.33 
 
 		 320 aa  235  7e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  38.46 
 
 		 295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  42.14 
 
 		 309 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  43.46 
 
 		 313 aa  233  3e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  40.94 
 
 		 294 aa  233  3e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.8 
 
 		 321 aa  231  1e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1915  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.37 
 
 		 345 aa  231  2e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279776  hitchhiker  0.00138491 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  39.22 
 
 		 304 aa  230  3e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  40.53 
 
 		 302 aa  229  6e-59  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  38.98 
 
 		 305 aa  229  7e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  39.06 
 
 		 295 aa  227  2e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  38.74 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14190  tyrosine recombinase XerD  42.68 
 
 		 321 aa  227  2e-58  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.127512  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  38.74 
 
 		 302 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  38.41 
 
 		 302 aa  225  6e-58  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 308 aa  226  6e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15230  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.53 
 
 		 316 aa  225  7e-58  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0614301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1924  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.34 
 
 		 325 aa  224  2e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.239497 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5431  tyrosine recombinase XerD  43.1 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.060431  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  38.54 
 
 		 304 aa  223  3e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3139  phage integrase family protein  42.9 
 
 		 344 aa  223  4e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.424721  normal  0.214127 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  38.87 
 
 		 295 aa  222  6e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  38.59 
 
 		 315 aa  221  9e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  36.81 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  39.12 
 
 		 302 aa  219  5e-56  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  39.12 
 
 		 297 aa  219  6e-56  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  38.38 
 
 		 295 aa  218  1e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  38.38 
 
 		 295 aa  218  1e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15290  tyrosine recombinase XerD subunit  42.9 
 
 		 332 aa  217  2e-55  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.203953  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  36.91 
 
 		 295 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2159  tyrosine recombinase XerD  41.97 
 
 		 311 aa  216  4e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  39.6 
 
 		 292 aa  216  5e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  38.33 
 
 		 299 aa  216  5e-55  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  37.37 
 
 		 296 aa  216  5e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.7 
 
 		 301 aa  215  5.9999999999999996e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.7 
 
 		 299 aa  215  8e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.7 
 
 		 299 aa  215  8e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.7 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.7 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.7 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.7 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  35.97 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  37.46 
 
 		 295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.36 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  37.92 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  38.59 
 
 		 295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  34.85 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  35.45 
 
 		 307 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  36.7 
 
 		 295 aa  212  5.999999999999999e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  35.12 
 
 		 307 aa  212  5.999999999999999e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  35.33 
 
 		 322 aa  211  9e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  38.72 
 
 		 300 aa  211  9e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  37.87 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  36.91 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.69 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  37.79 
 
 		 302 aa  211  2e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  34.9 
 
 		 294 aa  210  3e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  38.05 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  36.93 
 
 		 317 aa  210  3e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>