More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0357 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_1760  seryl-tRNA synthetase  89.25 
 
 		 428 aa  796    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.683795  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0357  serine--tRNA ligase  100 
 
 		 428 aa  881    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3242  seryl-tRNA synthetase  65.25 
 
 		 424 aa  570  1e-161  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01270  seryl-tRNA synthetase  61.94 
 
 		 421 aa  548  1e-155  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.380237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0265  seryl-tRNA synthetase  62.06 
 
 		 426 aa  541  1e-153  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.540225  normal  0.498344 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0140  seryl-tRNA synthetase  63.15 
 
 		 426 aa  539  9.999999999999999e-153  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3184  seryl-tRNA synthetase  61.68 
 
 		 426 aa  537  1e-151  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.568965  normal  0.0407515 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0285  seryl-tRNA synthetase  62.68 
 
 		 426 aa  531  1e-149  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.125117 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01690  seryl-tRNA synthetase  60.94 
 
 		 426 aa  521  1e-147  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.335303 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01150  seryl-tRNA synthetase  60.89 
 
 		 427 aa  521  1e-146  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01720  seryl-tRNA synthetase  61.28 
 
 		 422 aa  515  1.0000000000000001e-145  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.147645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0118  seryl-tRNA synthetase  61.47 
 
 		 416 aa  512  1e-144  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0379  seryl-tRNA synthetase  59.95 
 
 		 423 aa  508  1e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.490455 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0249  seryl-tRNA synthetase  61.27 
 
 		 431 aa  504  1e-141  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00955912  hitchhiker  0.00110837 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0142  Serine--tRNA ligase  58.12 
 
 		 420 aa  499  1e-140  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.116437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0180  seryl-tRNA synthetase  60.76 
 
 		 419 aa  500  1e-140  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0149  seryl-tRNA synthetase  59.1 
 
 		 417 aa  495  1e-139  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06830  seryl-tRNA synthetase  59.67 
 
 		 423 aa  492  9.999999999999999e-139  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.623726  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0123  seryl-tRNA synthetase  57.41 
 
 		 418 aa  493  9.999999999999999e-139  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0072  seryl-tRNA synthetase  58.96 
 
 		 421 aa  491  9.999999999999999e-139  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0245  seryl-tRNA synthetase  56.94 
 
 		 425 aa  494  9.999999999999999e-139  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.259189 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5029  seryl-tRNA synthetase  60.76 
 
 		 417 aa  488  1e-137  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.88851  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5117  seryl-tRNA synthetase  60.76 
 
 		 417 aa  488  1e-137  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5410  seryl-tRNA synthetase  60.76 
 
 		 417 aa  487  1e-136  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.192116  normal  0.729439 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1150  seryl-tRNA synthetase  59.53 
 
 		 445 aa  486  1e-136  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.113089  normal  0.0626526 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0231  seryl-tRNA synthetase  58.87 
 
 		 420 aa  481  1e-134  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0174  seryl-tRNA synthetase  56.71 
 
 		 424 aa  481  1e-134  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5659  seryl-tRNA synthetase  59.34 
 
 		 419 aa  477  1e-133  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.466733  normal  0.143562 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5272  seryl-tRNA synthetase  56.5 
 
 		 436 aa  472  1e-132  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0719173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13868  seryl-tRNA synthetase  57.78 
 
 		 419 aa  470  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.458781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0031  seryl-tRNA synthetase  56.97 
 
 		 422 aa  458  9.999999999999999e-129  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6170  seryl-tRNA synthetase  55.04 
 
 		 422 aa  450  1e-125  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0278  seryl-tRNA synthetase  52.36 
 
 		 433 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.494659  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2104  seryl-tRNA synthetase  52.35 
 
 		 420 aa  442  1e-123  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.433049 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1382  seryl-tRNA synthetase  42.56 
 
 		 425 aa  346  4e-94  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.346171  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1086  seryl-tRNA synthetase  41.49 
 
 		 424 aa  319  6e-86  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5302  seryl-tRNA synthetase  40.89 
 
 		 424 aa  315  7e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000149119  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0013  seryl-tRNA synthetase  41.12 
 
 		 424 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000183486  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0015  seryl-tRNA synthetase  41.12 
 
 		 424 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0013  seryl-tRNA synthetase  41.12 
 
 		 424 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.15266  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0016  seryl-tRNA synthetase  41.12 
 
 		 424 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0012  seryl-tRNA synthetase  41.12 
 
 		 424 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000751386  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0018  seryl-tRNA synthetase  41.12 
 
 		 424 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000212252  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0013  seryl-tRNA synthetase  40.89 
 
 		 424 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00217945  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0016  seryl-tRNA synthetase  40.65 
 
 		 424 aa  312  9e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00101457  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0011  seryl-tRNA synthetase  39.91 
 
 		 427 aa  311  2e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0824317  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0012  seryl-tRNA synthetase  40.42 
 
 		 424 aa  310  5e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0448744  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2031  seryl-tRNA synthetase  38.77 
 
 		 423 aa  309  5.9999999999999995e-83  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.19968  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1195  seryl-tRNA synthetase  37.77 
 
 		 417 aa  309  8e-83  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.877064  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1145  seryl-tRNA synthetase  43.71 
 
 		 411 aa  308  9e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.579917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0231  seryl-tRNA synthetase  37.97 
 
 		 425 aa  308  2.0000000000000002e-82  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2507  seryl-tRNA synthetase  39.39 
 
 		 425 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.781035 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0012  seryl-tRNA synthetase  40.52 
 
 		 424 aa  306  6e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000327784  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0102  seryl-tRNA synthetase  37.15 
 
 		 424 aa  305  7e-82  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.133347  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1433  seryl-tRNA synthetase  38.69 
 
 		 425 aa  305  8.000000000000001e-82  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  hitchhiker  0.00416248  decreased coverage  0.0000798458 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2307  seryl-tRNA synthetase  41.65 
 
 		 422 aa  305  1.0000000000000001e-81  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000241726  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3466  seryl-tRNA synthetase  40.89 
 
 		 424 aa  303  3.0000000000000004e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344693 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0014  seryl-tRNA synthetase  38.64 
 
 		 424 aa  300  3e-80  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000307933  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3636  seryl-tRNA synthetase  40.56 
 
 		 413 aa  298  1e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000529029 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0710  seryl-tRNA synthetase  39.86 
 
 		 425 aa  298  2e-79  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.102517  normal  0.538462 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2991  seryl-tRNA synthetase  38.19 
 
 		 429 aa  298  2e-79  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0253  seryl-tRNA synthetase  37.94 
 
 		 425 aa  296  5e-79  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1511  seryl-tRNA synthetase  36.15 
 
 		 421 aa  296  7e-79  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0147208 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0022  seryl-tRNA synthetase  37.83 
 
 		 422 aa  294  2e-78  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0368  seryl-tRNA synthetase  39.72 
 
 		 425 aa  293  3e-78  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0885  seryl-tRNA synthetase  38.14 
 
 		 427 aa  293  4e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0876  seryl-tRNA synthetase  38.37 
 
 		 469 aa  293  6e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.213441  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2342  seryl-tRNA synthetase  39.58 
 
 		 442 aa  291  1e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261311  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1006  seryl-tRNA synthetase  37.59 
 
 		 427 aa  290  3e-77  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.224003  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1338  seryl-tRNA synthetase  37.56 
 
 		 427 aa  290  4e-77  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00311598 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0811  seryl-tRNA synthetase  38.23 
 
 		 425 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.016999  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0013  seryl-tRNA synthetase  37.24 
 
 		 424 aa  289  8e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1518  seryl-tRNA synthetase  37.21 
 
 		 426 aa  288  1e-76  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0009  seryl-tRNA synthetase  35.88 
 
 		 428 aa  285  8e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0009  seryl-tRNA synthetase  35.88 
 
 		 428 aa  285  8e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0372  seryl-tRNA synthetase  37.85 
 
 		 421 aa  285  9e-76  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0380  seryl-tRNA synthetase  38.32 
 
 		 421 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.241897  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0850  seryl-tRNA synthetase  38.75 
 
 		 426 aa  285  1.0000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.154901  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0550  seryl-tRNA synthetase  38.32 
 
 		 421 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0012144  hitchhiker  0.0000582933 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21060  seryl-tRNA synthetase  37.15 
 
 		 422 aa  285  1.0000000000000001e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0441  seryl-tRNA synthetase  40.05 
 
 		 430 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.285362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1795  seryl-tRNA synthetase  40.05 
 
 		 430 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.351769  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4082  seryl-tRNA synthetase  37.88 
 
 		 433 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.159254  normal  0.389584 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1494  seryl-tRNA synthetase  39.29 
 
 		 424 aa  284  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.457179 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0500  seryl-tRNA synthetase  37.41 
 
 		 433 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0912435  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1044  seryl-tRNA synthetase  37.27 
 
 		 431 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.682379 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0979  seryl-tRNA synthetase  37.41 
 
 		 433 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0013  seryl-tRNA synthetase  38.88 
 
 		 425 aa  283  3.0000000000000004e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0872  seryl-tRNA synthetase  38.24 
 
 		 420 aa  283  4.0000000000000003e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000202567  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0015  seryl-tRNA synthetase  36.74 
 
 		 424 aa  282  6.000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00255283  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26270  seryl-tRNA synthetase  38 
 
 		 428 aa  282  7.000000000000001e-75  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0356  seryl-tRNA synthetase  38.37 
 
 		 425 aa  282  7.000000000000001e-75  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0965  seryl-tRNA synthetase  37.3 
 
 		 426 aa  282  7.000000000000001e-75  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000308686  hitchhiker  0.0000000659657 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0940  seryl-tRNA synthetase  37.18 
 
 		 433 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.874713  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0979  seryl-tRNA synthetase  36.15 
 
 		 423 aa  281  2e-74  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2419  seryl-tRNA synthetase  36.95 
 
 		 433 aa  280  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0778112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4339  seryl-tRNA synthetase  36.15 
 
 		 423 aa  280  3e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.619806  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1830  seryl-tRNA synthetase  39.26 
 
 		 423 aa  280  3e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3435  seryl-tRNA synthetase  37.16 
 
 		 431 aa  280  4e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.280613  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3236  seryl-tRNA synthetase  37.06 
 
 		 423 aa  280  5e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>