More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0319 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0319  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  100 
 
 		 312 aa  640    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.182819 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04420  Inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  77.1 
 
 		 313 aa  515  1.0000000000000001e-145  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4396  purine nucleosidase  67.31 
 
 		 314 aa  426  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0185  Purine nucleosidase  67.1 
 
 		 355 aa  426  1e-118  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0081  purine nucleosidase  65.16 
 
 		 356 aa  412  1e-114  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0564  Ribosylpyrimidine nucleosidase  46.1 
 
 		 311 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.456269  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2587  ribosylpyrimidine nucleosidase  48.09 
 
 		 313 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.361439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3626  Ribosylpyrimidine nucleosidase  47.9 
 
 		 308 aa  280  2e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2117  Ribosylpyrimidine nucleosidase  47.1 
 
 		 310 aa  278  1e-73  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3734  Ribosylpyrimidine nucleosidase  45.34 
 
 		 310 aa  271  1e-71  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4446  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  46.58 
 
 		 311 aa  263  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1804  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  46.95 
 
 		 311 aa  263  3e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.327684 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0201  ribosylpyrimidine nucleosidase  43.73 
 
 		 309 aa  261  1e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.895466 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0006  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  46.25 
 
 		 332 aa  260  2e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.194545  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0003  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  46.25 
 
 		 332 aa  259  3e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00458868  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0028  Ribosylpyrimidine nucleosidase  43.17 
 
 		 323 aa  258  7e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1558  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  44.66 
 
 		 313 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2914  nucleoside hydrolase  44.66 
 
 		 313 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4001  purine nucleosidase  49.45 
 
 		 315 aa  257  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.454014  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1107  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  44.34 
 
 		 315 aa  255  6e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal  0.0266851 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1158  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  45.02 
 
 		 318 aa  249  3e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1496  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  43 
 
 		 313 aa  249  5e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0365306  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2459  ribonucleoside hydrolase 2  43 
 
 		 313 aa  249  5e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2298  ribonucleoside hydrolase 2  42.67 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3298  ribonucleoside hydrolase 2  42.67 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0466718  normal  0.0924764 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0934  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  45.02 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0837501  normal  0.0202173 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2309  ribonucleoside hydrolase 2  42.67 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.19142  hitchhiker  0.000812735 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1486  ribonucleoside hydrolase 2  42.67 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0358178  hitchhiker  0.000862517 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02091  ribonucleoside hydrolase 2  42.35 
 
 		 313 aa  246  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02050  hypothetical protein  42.35 
 
 		 313 aa  246  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3647  ribonucleoside hydrolase 1  44.48 
 
 		 318 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0410931  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0940  ribonucleoside hydrolase 1  43.32 
 
 		 311 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.019412  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3476  ribonucleoside hydrolase 1  43.32 
 
 		 318 aa  239  4e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0660  ribonucleoside hydrolase 1  44.16 
 
 		 318 aa  239  5e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0672  ribonucleoside hydrolase 1  43.09 
 
 		 311 aa  238  6.999999999999999e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3306  ribonucleoside hydrolase 1  43.32 
 
 		 318 aa  238  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0598  ribonucleoside hydrolase 1  43.09 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3579  ribonucleoside hydrolase 1  44.16 
 
 		 318 aa  237  2e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3770  ribonucleoside hydrolase 1  43.83 
 
 		 318 aa  237  2e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1863  ribonucleoside hydrolase 1  42.9 
 
 		 322 aa  237  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.742774  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0743  ribonucleoside hydrolase 1  43.09 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00617  ribonucleoside hydrolase 1  42.77 
 
 		 311 aa  236  3e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2975  Purine nucleosidase  42.77 
 
 		 311 aa  236  3e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0696  ribonucleoside hydrolase 1  43.09 
 
 		 311 aa  236  3e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00606  hypothetical protein  42.77 
 
 		 311 aa  236  3e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0679  ribonucleoside hydrolase 1  42.77 
 
 		 311 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0647  ribonucleoside hydrolase 1  43 
 
 		 318 aa  235  7e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.472051 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1981  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.44 
 
 		 313 aa  235  8e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.842213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3178  ribonucleoside hydrolase 1  42.86 
 
 		 318 aa  235  9e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0704  ribonucleoside hydrolase 1  41.48 
 
 		 311 aa  235  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0778  ribonucleoside hydrolase 1  41.48 
 
 		 311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2994  ribonucleoside hydrolase 1  42.44 
 
 		 311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0814  ribonucleoside hydrolase 1  41.48 
 
 		 311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0697  ribonucleoside hydrolase 1  43.23 
 
 		 335 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0765  ribonucleoside hydrolase 1  41.16 
 
 		 311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4026  ribonucleoside hydrolase 1  42.35 
 
 		 310 aa  233  3e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494882  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1120  ribonucleoside hydrolase 1  43.32 
 
 		 312 aa  232  6e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0811  ribonucleoside hydrolase 1  42.67 
 
 		 318 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0877  ribonucleoside hydrolase 1  40.38 
 
 		 314 aa  231  1e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.197182  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0009  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  43.73 
 
 		 321 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.377078  normal  0.0385761 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6548  Ribosylpyrimidine nucleosidase  42.12 
 
 		 312 aa  229  3e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.527968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1178  ribonucleoside hydrolase 1  41.53 
 
 		 313 aa  228  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0715691 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0009  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.44 
 
 		 314 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000140534 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1049  ribonucleoside hydrolase 1  42.02 
 
 		 312 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0718  ribonucleoside hydrolase 1  41.16 
 
 		 311 aa  224  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.647996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0228  purine nucleosidase  40.65 
 
 		 311 aa  222  4.9999999999999996e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0234  purine nucleosidase  40.65 
 
 		 311 aa  222  4.9999999999999996e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0448  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  41.4 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0050  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.84 
 
 		 314 aa  218  7.999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000041602 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0386  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.1 
 
 		 357 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1210  ribonucleoside hydrolase 1  38.83 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.178079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3104  twin-arginine translocation pathway signal  38.14 
 
 		 350 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5263  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.14 
 
 		 350 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1652  purine nucleosidase  40.78 
 
 		 316 aa  212  7e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.197736 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5150  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.78 
 
 		 350 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4624  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.78 
 
 		 350 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.122838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5010  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.14 
 
 		 350 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0017  Ribosylpyrimidine nucleosidase  38.85 
 
 		 317 aa  207  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0017  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.54 
 
 		 317 aa  205  9e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01760  nonspecific ribonucleoside hydrolase  36.66 
 
 		 329 aa  205  9e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000285671  normal  0.573991 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3659  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.96 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.121445  normal  0.165929 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0220  nonspecific ribonucleoside hydrolase  36.33 
 
 		 350 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2548  putative inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase transmembrane protein  37.97 
 
 		 351 aa  202  8e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2307  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  34.18 
 
 		 330 aa  198  9e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1925  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.62 
 
 		 342 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0103421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0672  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.47 
 
 		 306 aa  196  5.000000000000001e-49  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1962  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  37.42 
 
 		 335 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00495918  normal  0.0351342 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2157  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.13 
 
 		 341 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000654385  normal  0.648077 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2373  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  35.48 
 
 		 341 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0832  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.66 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2460  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.85 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.237882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3042  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.54 
 
 		 341 aa  191  2e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0753  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  36.6 
 
 		 310 aa  189  4e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00064946  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5234  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.19 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.604929  hitchhiker  0.000866911 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3230  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.85 
 
 		 333 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.618451 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0804  pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihB  41.42 
 
 		 242 aa  185  7e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3486  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.49 
 
 		 333 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.389567  normal  0.0690731 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1442  Ribosylpyrimidine nucleosidase  35.99 
 
 		 316 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.792363  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1122  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.64 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1010  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.65 
 
 		 324 aa  183  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>