259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0315 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0315  ribosomal protein L28  100 
 
 		 64 aa  132  1.9999999999999998e-30  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0997058 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1088  50S ribosomal protein L28  89.06 
 
 		 64 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0368802  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1329  ribosomal protein L28  60.66 
 
 		 63 aa  82  0.000000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1599  ribosomal protein L28  57.38 
 
 		 63 aa  77.4  0.00000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.118931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3839  50S ribosomal protein L28  55.74 
 
 		 63 aa  77  0.00000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.14599e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1744  50S ribosomal protein L28  55.17 
 
 		 62 aa  75.9  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000205787  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1163  50S ribosomal protein L28  55.74 
 
 		 63 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.360169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0627  50S ribosomal protein L28  54.1 
 
 		 63 aa  75.1  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00471545  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2281  ribosomal protein L28  57.38 
 
 		 63 aa  74.7  0.0000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.921868  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1508  50S ribosomal protein L28  53.23 
 
 		 63 aa  74.3  0.0000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1676  ribosomal protein L28  55.74 
 
 		 63 aa  74.3  0.0000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000538501  hitchhiker  0.00422618 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2089  50S ribosomal protein L28  54.24 
 
 		 62 aa  73.9  0.0000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0729886  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11200  LSU ribosomal protein L28P  54.1 
 
 		 63 aa  73.6  0.0000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00741345  normal  0.589072 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2306  ribosomal protein L28  55.74 
 
 		 63 aa  73.2  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000277359  hitchhiker  0.00207431 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0669  50S ribosomal protein L28  56.45 
 
 		 86 aa  73.6  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000239992  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8027  50S ribosomal protein L28  55.74 
 
 		 65 aa  72.4  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0693  50S ribosomal protein L28  56.45 
 
 		 70 aa  72.4  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000218766  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1367  50S ribosomal protein L28  55.74 
 
 		 61 aa  71.2  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.23268  normal  0.35924 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3608  50S ribosomal protein L28  57.38 
 
 		 62 aa  70.5  0.000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1167  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 63 aa  70.1  0.000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.422025  unclonable  0.0000000208051 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1277  50S ribosomal protein L28  57.14 
 
 		 63 aa  70.1  0.000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.726545 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3439  ribosomal protein L28  54.1 
 
 		 64 aa  69.3  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1870  50S ribosomal protein L28  58.06 
 
 		 63 aa  69.3  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.252757  hitchhiker  0.00588786 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0757  50S ribosomal protein L28  47.46 
 
 		 62 aa  68.6  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.744153  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1027  50S ribosomal protein L28  56.67 
 
 		 70 aa  67.8  0.00000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.807018  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8002  LSU ribosomal protein L28P  55.74 
 
 		 61 aa  67  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.317284 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4672  ribosomal protein L28  51.43 
 
 		 73 aa  67  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2611  50S ribosomal protein L28  54.24 
 
 		 73 aa  66.6  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.214698  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2515  50S ribosomal protein L28  51.61 
 
 		 73 aa  67  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00246839 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2705  50S ribosomal protein L28  54.24 
 
 		 73 aa  66.6  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.148445  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1343  LSU ribosomal protein L28P  43.55 
 
 		 63 aa  66.2  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.754318  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0206  ribosomal protein L28  55.74 
 
 		 61 aa  65.9  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1582  50S ribosomal protein L28  54.84 
 
 		 62 aa  65.5  0.0000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.169175  normal  0.0677157 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1833  ribosomal protein L28  48.39 
 
 		 63 aa  65.9  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000322971  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2835  ribosomal protein L28  56.45 
 
 		 63 aa  65.1  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00627595  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0072  ribosomal protein L28  50.88 
 
 		 64 aa  65.5  0.0000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0514573  hitchhiker  0.000000000000135012 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4214  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 64 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.220896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5979  ribosomal protein L28  54.84 
 
 		 63 aa  65.1  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0821  ribosomal protein L28  47.46 
 
 		 63 aa  65.1  0.0000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0645  50S ribosomal protein L28  54.1 
 
 		 62 aa  64.3  0.0000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0920  50S ribosomal protein L28P  50.85 
 
 		 62 aa  64.3  0.0000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0165  50S ribosomal protein L28  47.46 
 
 		 62 aa  64.3  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  0.0994287 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4037  ribosomal protein L28  53.23 
 
 		 63 aa  63.9  0.0000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2153  50S ribosomal protein L28  52.38 
 
 		 64 aa  63.9  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.757041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12990  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 64 aa  63.5  0.0000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.400597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1934  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 64 aa  63.5  0.0000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1980  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 64 aa  63.5  0.0000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.14482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0072  ribosomal protein L28  48.39 
 
 		 66 aa  63.5  0.0000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1914  50S ribosomal protein L28  53.97 
 
 		 64 aa  63.5  0.0000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.244589  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2786  50S ribosomal protein L28  54.1 
 
 		 61 aa  63.2  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408357  normal  0.0710246 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1024  ribosomal protein L28  50 
 
 		 73 aa  63.2  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1131  50S ribosomal protein L28  52.46 
 
 		 62 aa  62.8  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.15026 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2056  50S ribosomal protein L28  52.54 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000851837  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09220  LSU ribosomal protein L28P  53.23 
 
 		 66 aa  61.2  0.000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0555993  normal  0.483187 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1978  ribosomal protein L28  50.82 
 
 		 63 aa  61.2  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3202  ribosomal protein L28  50.79 
 
 		 63 aa  61.2  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1987  50S ribosomal protein L28  44.26 
 
 		 63 aa  60.8  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1846  50S ribosomal protein L28  48.39 
 
 		 69 aa  60.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1518  ribosomal protein L28  51.67 
 
 		 62 aa  60.1  0.000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10800  LSU ribosomal protein L28P  49.23 
 
 		 64 aa  60.1  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.53049  normal  0.175156 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1705  50S ribosomal protein L28  42.62 
 
 		 63 aa  59.7  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3105  50S ribosomal protein L28  50 
 
 		 69 aa  59.3  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00824796 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1351  ribosomal protein L28  51.56 
 
 		 63 aa  58.9  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000000031136  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0863  ribosomal protein L28  42.62 
 
 		 62 aa  59.3  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  normal  0.761868 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2112  50S ribosomal protein L28  49.21 
 
 		 63 aa  59.3  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.239307  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09970  LSU ribosomal protein L28P  42.62 
 
 		 62 aa  58.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000786411  hitchhiker  0.00000165787 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0861  50S ribosomal protein L28  48.33 
 
 		 63 aa  58.5  0.00000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.582934  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0670  ribosomal protein L28  42.62 
 
 		 62 aa  58.2  0.00000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.0000000000425645  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1384  50S ribosomal protein L28  48.39 
 
 		 69 aa  57.8  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.626686  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2282  50S ribosomal protein L28  39.68 
 
 		 64 aa  57.8  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000117846  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05560  LSU ribosomal protein L28P  51.56 
 
 		 63 aa  57.4  0.00000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2323  50S ribosomal protein L28  39.34 
 
 		 63 aa  57  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.28928e-19  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2425  50S ribosomal protein L28  46.67 
 
 		 69 aa  57  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00488373  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3704  ribosomal protein L28  49.15 
 
 		 62 aa  57  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1262  50S ribosomal protein L28  39.62 
 
 		 62 aa  55.5  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000202821  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2234  50S ribosomal protein L28  39.34 
 
 		 63 aa  56.2  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000532075  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3209  50S ribosomal protein L28  37.7 
 
 		 63 aa  55.8  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000252463  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1072  50S ribosomal protein L28  46.67 
 
 		 61 aa  55.5  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.851187  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1289  50S ribosomal protein L28  39.34 
 
 		 63 aa  55.8  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.61707e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1054  50S ribosomal protein L28  37.7 
 
 		 63 aa  55.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000960448 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3287  50S ribosomal protein L28P  49.18 
 
 		 61 aa  55.5  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0886721  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0991  ribosomal protein L28  39.34 
 
 		 63 aa  55.1  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000939773  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0905  ribosomal protein L28  45.16 
 
 		 64 aa  55.1  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000028073  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2199  ribosomal protein L28  45 
 
 		 62 aa  55.1  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000434288  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3158  50S ribosomal protein L28  37.7 
 
 		 63 aa  55.1  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000034404  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1410  ribosomal protein L28  41.94 
 
 		 65 aa  54.7  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7548  50S ribosomal protein L28  51.72 
 
 		 102 aa  54.7  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0071  ribosomal protein L28  50 
 
 		 63 aa  54.7  0.0000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2397  50S ribosomal protein L28  37.7 
 
 		 63 aa  54.7  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000222806  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1345  50S ribosomal protein L28  42.62 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.222058  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0971  50S ribosomal protein L28  44.26 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.560189  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3659  ribosomal protein L28  50 
 
 		 87 aa  53.9  0.0000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18440  LSU ribosomal protein L28P  49.21 
 
 		 65 aa  53.9  0.0000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0905979  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1045  ribosomal protein L28  37.74 
 
 		 62 aa  52.8  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000342446  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0722  50S ribosomal protein L28  40.98 
 
 		 63 aa  52.8  0.000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3723  50S ribosomal protein L28  43.94 
 
 		 78 aa  52.4  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1368  50S ribosomal protein L28P  45.16 
 
 		 71 aa  52.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.266666  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1073  50S ribosomal protein L28  38.46 
 
 		 62 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000450707  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1608  ribosomal protein L28  42.37 
 
 		 62 aa  52  0.000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1962  50S ribosomal protein L28  40 
 
 		 61 aa  50.8  0.000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>