More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0309 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0309  single-strand binding family protein  100 
 
 
193 aa  389  1e-107  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0940185 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1218  single-stranded DNA-binding protein  61.47 
 
 
218 aa  242  1.9999999999999999e-63  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1177  single-stranded DNA-binding protein  63.86 
 
 
179 aa  212  1.9999999999999998e-54  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3354  single-strand binding protein  69.11 
 
 
189 aa  184  7e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4168  single-strand binding protein  53.33 
 
 
177 aa  184  8e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4739  single-strand binding protein  54.69 
 
 
173 aa  182  2.0000000000000003e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2524  single-strand binding protein  54.1 
 
 
188 aa  181  5.0000000000000004e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7311  single-stranded DNA-binding protein  68.91 
 
 
193 aa  181  7e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0328118 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4180  single-strand binding protein  67.77 
 
 
182 aa  180  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2821  single-strand binding protein  52.6 
 
 
166 aa  177  8e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.000844466  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4521  single-stranded DNA-binding protein  68.07 
 
 
186 aa  177  8e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.229293  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37800  single-strand binding protein  68.07 
 
 
166 aa  176  1e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.172031  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5067  single-strand binding protein  52.02 
 
 
159 aa  175  3e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385678  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0875  single-stranded DNA-binding protein  49.74 
 
 
170 aa  175  3e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3699  single-strand binding protein  67.23 
 
 
175 aa  175  4e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39400  single-strand binding protein  66.39 
 
 
156 aa  174  5e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7040  single-strand binding protein  65.29 
 
 
168 aa  174  8e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23250  single stranded DNA-binding protein  67.23 
 
 
200 aa  173  1.9999999999999998e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31770  single-strand binding protein  65.55 
 
 
178 aa  171  3.9999999999999995e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0128  single-strand binding protein  63.87 
 
 
163 aa  172  3.9999999999999995e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0299723 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0336  single-strand binding protein  65.55 
 
 
219 aa  171  5e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.676311 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5368  single-strand binding protein  62.6 
 
 
165 aa  171  6.999999999999999e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10053  single-stranded DNA-binding protein  46.11 
 
 
164 aa  170  1e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000020035  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4119  single-strand binding protein  63.41 
 
 
192 aa  170  1e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26580  single-strand binding protein  65.55 
 
 
189 aa  169  2e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.195402 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4338  single-strand binding protein  59.5 
 
 
198 aa  169  2e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3890  single-strand binding protein  63.87 
 
 
193 aa  168  4e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0415536 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5067  single-strand binding protein  46.63 
 
 
167 aa  168  5e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000148425 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4555  single-strand binding protein  60.98 
 
 
169 aa  167  1e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.184905  normal  0.802331 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5369  single-stranded DNA-binding protein  61.34 
 
 
172 aa  165  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5458  single-stranded DNA-binding protein  61.34 
 
 
172 aa  165  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.268311  normal  0.0145668 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5745  single-stranded DNA-binding protein  61.34 
 
 
172 aa  165  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.26474 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4638  single-strand binding protein  62.7 
 
 
300 aa  164  6.9999999999999995e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4663  single-strand binding protein  61.34 
 
 
188 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5049  single-strand binding protein  65.45 
 
 
171 aa  160  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6033  single-stranded DNA-binding protein  48.97 
 
 
170 aa  157  7e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.68434  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2132  single-strand binding protein  57.48 
 
 
153 aa  156  1e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4843  single-strand binding protein  57.14 
 
 
195 aa  152  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3560  single-strand binding protein  46.11 
 
 
171 aa  150  1e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.861693 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9356  single-stranded DNA-binding protein  56.78 
 
 
191 aa  148  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.819513 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4948  single-strand binding protein  55.93 
 
 
170 aa  145  5e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4232  single-strand binding protein  57.63 
 
 
179 aa  142  3e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000994037  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3094  single-stranded DNA-binding protein  57.98 
 
 
182 aa  141  7e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0250576  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4401  single-strand binding protein  57.98 
 
 
201 aa  128  5.0000000000000004e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000415912  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0928  single-strand binding protein  40.12 
 
 
167 aa  119  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9002  single-strand binding protein  48.18 
 
 
148 aa  115  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.850142  normal  0.715469 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1145  single-stranded DNA-binding protein  43.44 
 
 
225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00600272  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0044  single-strand binding protein  40.71 
 
 
148 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1620  single-strand binding protein  46.02 
 
 
179 aa  107  1e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.777207  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5321  single-stranded DNA-binding protein  39.52 
 
 
305 aa  105  5e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.074261 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3020  single-strand binding protein  34.21 
 
 
174 aa  86.3  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.666273  normal  0.0842744 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4668  single-strand binding protein/Primosomal replication protein n  38.79 
 
 
118 aa  84.3  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0382232  normal  0.0214705 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0643  ssDNA-binding protein  40 
 
 
157 aa  83.2  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.25623e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4935  single-strand binding protein  37.31 
 
 
137 aa  82.8  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000213626  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2025  single-strand binding protein/Primosomal replication protein n  36.45 
 
 
151 aa  82  0.000000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0129  single-strand binding protein  37 
 
 
154 aa  80.1  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000140231  normal  0.824498 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0008  single-stranded DNA-binding protein  34.73 
 
 
172 aa  79.7  0.00000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000612973  hitchhiker  0.0000000000172856 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3416  single-strand binding protein  44 
 
 
164 aa  78.6  0.00000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000139016  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1351  single-strand binding protein  39.13 
 
 
187 aa  78.2  0.00000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0852946  hitchhiker  0.0000589193 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1368  single-strand binding protein  37.93 
 
 
185 aa  78.2  0.00000000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0510116  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4013  single-stranded DNA-binding protein  42 
 
 
164 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.20288  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3307  single-strand binding protein  42 
 
 
140 aa  77.4  0.0000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000227913  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5624  single-stranded DNA-binding protein  41 
 
 
169 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000012759  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5600  single-stranded DNA-binding protein  41 
 
 
170 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0046868  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5326  single-stranded DNA-binding protein  37.41 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0105946  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5154  single-stranded DNA-binding protein  37.41 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000326746  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5170  single-stranded DNA-binding protein  37.41 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00247541  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5722  single-stranded DNA-binding protein  37.41 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000060973  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5583  single-stranded DNA-binding protein  37.41 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.12199e-16 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0166  single-strand binding protein  41.58 
 
 
136 aa  76.6  0.0000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000052118  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5661  single-stranded DNA-binding protein  37.41 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522021  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1126  single-strand binding protein  32.19 
 
 
174 aa  76.3  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5266  single-stranded DNA-binding protein  37.41 
 
 
173 aa  75.9  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000287682  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0045  single-strand binding protein  41 
 
 
141 aa  75.9  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0341  single-stranded DNA-binding protein  36.79 
 
 
172 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5335  single-stranded DNA-binding protein  37.41 
 
 
172 aa  75.5  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000380691  hitchhiker  0.000000431686 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3391  single-strand binding protein  29.68 
 
 
222 aa  75.5  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3545  single-strand binding protein  42 
 
 
164 aa  75.1  0.0000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0020  single-strand binding protein  37 
 
 
150 aa  75.5  0.0000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00033  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1362  single-strand binding protein  41.05 
 
 
146 aa  75.1  0.0000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124693  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0813  single-strand binding protein  39.6 
 
 
125 aa  73.9  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2873  single-strand binding protein  39.6 
 
 
125 aa  73.9  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0872221  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2539  single-strand binding protein  37 
 
 
150 aa  73.9  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000217555  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2215  single-strand binding protein  39 
 
 
142 aa  73.2  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0830  single-strand binding protein  40 
 
 
141 aa  73.6  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0980  single-strand binding protein  34.96 
 
 
136 aa  72.8  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3137  single-strand binding protein  36.28 
 
 
114 aa  72.8  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.560759  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1327  single-strand binding protein  33.33 
 
 
191 aa  72.4  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11550  single stranded DNA-binding protein  37 
 
 
147 aa  72  0.000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0161241  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2915  single-strand binding protein  40.21 
 
 
148 aa  71.6  0.000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223705  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3556  single-strand binding protein  37.96 
 
 
230 aa  71.6  0.000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0570  single-strand binding protein  36 
 
 
140 aa  70.5  0.00000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.802144  hitchhiker  0.00395946 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0108  single-strand binding protein  38.61 
 
 
157 aa  71.2  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000326316  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6278  single-stranded DNA-binding protein  30.49 
 
 
190 aa  70.9  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5572  single-strand binding protein  30.43 
 
 
184 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0148  single-strand binding protein  39.58 
 
 
157 aa  70.9  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000006762  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0449  single-strand binding protein  32.86 
 
 
143 aa  70.9  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000857397  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0159  single-strand binding protein  38.61 
 
 
156 aa  70.9  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000321111  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0095  single-strand binding protein  38.61 
 
 
152 aa  70.1  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.200743  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0008  single-strand binding protein  39.62 
 
 
187 aa  70.1  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000109058  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>