More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0308 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0308  ribosomal protein S6  100 
 
 		 98 aa  201  2e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.052599 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1219  30S ribosomal protein S6  88.42 
 
 		 96 aa  172  1.9999999999999998e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23260  30S ribosomal protein S6  56.04 
 
 		 101 aa  117  7.999999999999999e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3355  ribosomal protein S6  51.02 
 
 		 98 aa  110  5e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37810  SSU ribosomal protein S6P  52.13 
 
 		 95 aa  110  6e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.188789  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3700  ribosomal protein S6  48.45 
 
 		 97 aa  108  3e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31780  SSU ribosomal protein S6P  49.47 
 
 		 96 aa  107  8.000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9357  30S ribosomal protein S6  48.94 
 
 		 96 aa  106  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.569899 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4120  30S ribosomal protein S6  48.39 
 
 		 101 aa  106  9.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2525  ribosomal protein S6  51.06 
 
 		 95 aa  106  1e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.863645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4949  ribosomal protein S6  48.94 
 
 		 96 aa  105  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3891  30S ribosomal protein S6  47.31 
 
 		 101 aa  105  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.202922 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3561  30S ribosomal protein S6  48.39 
 
 		 96 aa  103  5e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.642829 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4181  ribosomal protein S6  51.09 
 
 		 96 aa  103  6e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3095  30S ribosomal protein S6  50.54 
 
 		 96 aa  102  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0478466  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4339  ribosomal protein S6  49.48 
 
 		 98 aa  102  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6034  30S ribosomal protein S6  50.55 
 
 		 96 aa  102  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.342744  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4169  ribosomal protein S6  51.09 
 
 		 94 aa  102  2e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4740  ribosomal protein S6  53.33 
 
 		 93 aa  102  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0874  30S ribosomal protein S6  50.56 
 
 		 96 aa  100  5e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26590  SSU ribosomal protein S6P  52.13 
 
 		 95 aa  100  6e-21  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.175156 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2133  SSU ribosomal protein S6P  47.31 
 
 		 96 aa  100  9e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5369  ribosomal protein S6  47.96 
 
 		 102 aa  99.8  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5746  30S ribosomal protein S6  49.45 
 
 		 96 aa  99.4  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.37623 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5370  30S ribosomal protein S6  49.45 
 
 		 96 aa  99.4  2e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5459  30S ribosomal protein S6  49.45 
 
 		 96 aa  99.4  2e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.544177  normal  0.0132428 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4664  SSU ribosomal protein S6P  45.65 
 
 		 96 aa  97.8  5e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.663648  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4844  ribosomal protein S6  47.31 
 
 		 96 aa  97.4  6e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5068  ribosomal protein S6  47.87 
 
 		 95 aa  96.7  9e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.330379  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4556  30S ribosomal protein S6  47.31 
 
 		 96 aa  96.3  1e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.158034  normal  0.78601 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10052  30S ribosomal protein S6  48.35 
 
 		 96 aa  96.3  1e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00129452  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0127  30S ribosomal protein S6  43.01 
 
 		 96 aa  94.4  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0286248 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5068  30S ribosomal protein S6  46.24 
 
 		 96 aa  94.4  5e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000139658 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2978  30S ribosomal protein S6  43.48 
 
 		 95 aa  93.6  9e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000894429  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2656  30S ribosomal protein S6  43.48 
 
 		 95 aa  93.6  9e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000485291  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39390  SSU ribosomal protein S6P  45.26 
 
 		 111 aa  92.8  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7312  30S ribosomal protein S6  50 
 
 		 108 aa  91.7  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.032442 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0337  ribosomal protein S6  42 
 
 		 101 aa  91.3  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.644788 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3308  30S ribosomal protein S6  41.57 
 
 		 95 aa  85.5  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000490454  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2138  ribosomal protein S6  40.66 
 
 		 95 aa  84.7  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000043387  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4522  30S ribosomal protein S6  50 
 
 		 108 aa  83.2  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7039  ribosomal protein S6  39.56 
 
 		 118 aa  82.8  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27920  ribosomal protein S6  37.63 
 
 		 97 aa  81.6  0.000000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.0000627266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0128  30S ribosomal protein S6  38.2 
 
 		 98 aa  81.6  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443622  normal  0.826671 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11560  SSU ribosomal protein S6P  40 
 
 		 97 aa  80.5  0.000000000000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0123194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  40.86 
 
 		 95 aa  79.3  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0019  ribosomal protein S6  40 
 
 		 97 aa  78.6  0.00000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000515173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0045  ribosomal protein S6  40 
 
 		 112 aa  77.8  0.00000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2216  ribosomal protein S6  35.87 
 
 		 94 aa  77.4  0.00000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1970  ribosomal protein S6  35.05 
 
 		 98 aa  77.4  0.00000000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00222496  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4014  30S ribosomal protein S6  34.78 
 
 		 95 aa  77  0.00000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.208118  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0022  ribosomal protein S6  37.78 
 
 		 97 aa  76.6  0.0000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00000004173  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5327  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 		 96 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000278233  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5155  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 		 96 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000255569  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5171  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 		 96 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000742686  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5723  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 		 96 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000611758  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5662  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 		 96 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000026821  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5584  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 		 96 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.72731e-16 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0055  ribosomal protein S6  37.36 
 
 		 94 aa  73.9  0.0000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000548177  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2930  ribosomal protein S6  35.16 
 
 		 95 aa  73.6  0.0000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.448494  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5334  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 96 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000242081  hitchhiker  0.000000688979 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5601  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 96 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00075847  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5625  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 96 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000119733  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5267  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 96 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000406973  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3546  30S ribosomal protein S6  31.18 
 
 		 95 aa  72  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4936  30S ribosomal protein S6  32.14 
 
 		 95 aa  72.4  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645168  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4355  30S ribosomal protein S6  37.36 
 
 		 95 aa  71.2  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0650  ribosomal protein S6  36.56 
 
 		 94 aa  70.5  0.000000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0145579  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2540  ribosomal protein S6  32.98 
 
 		 97 aa  70.1  0.000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000126793  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2097  ribosomal protein S6  35.11 
 
 		 96 aa  69.7  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000774697  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3417  30S ribosomal protein S6  28.26 
 
 		 95 aa  68.9  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000905863  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23360  ribosomal protein S6  35.16 
 
 		 95 aa  69.3  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.28748e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2187  SSU ribosomal protein S6P  35.11 
 
 		 95 aa  68.9  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000662537  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1363  30S ribosomal protein S6  39.33 
 
 		 97 aa  68.9  0.00000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000000620601  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0849  SSU ribosomal protein S6P  36.67 
 
 		 147 aa  68.2  0.00000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.759966  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 155 aa  67  0.00000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0574  ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 125 aa  67  0.00000000007  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.189135  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2252  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0770355  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1404  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0497703  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0002  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143432  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2416  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1897  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0154353  hitchhiker  0.0000000595408 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1168  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115875  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2589  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 145 aa  66.6  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0007  30S ribosomal protein S6  35.05 
 
 		 98 aa  66.6  0.0000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000068559  hitchhiker  0.0000000000002413 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2291  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0333903  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5174  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1783  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1400  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0007  30S ribosomal protein S6  30.61 
 
 		 98 aa  65.9  0.0000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000132561  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  33.7 
 
 		 122 aa  65.5  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0911  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3774  ribosomal protein S6  30.85 
 
 		 95 aa  65.5  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336802  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1811  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844657  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1874  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002332  SSU ribosomal protein S6p  33.7 
 
 		 129 aa  65.9  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.257781  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>