193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0269 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0269  ribosomal protein L30  100 
 
 		 60 aa  118  3e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1725  50S ribosomal protein L30  74.58 
 
 		 61 aa  85.5  2e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.0000657277  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3688  ribosomal protein L30  59.32 
 
 		 60 aa  70.1  0.000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00000284143  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3399  ribosomal protein L30  57.63 
 
 		 59 aa  67.4  0.00000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.34793  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0605  ribosomal protein L30  55 
 
 		 60 aa  66.2  0.0000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.243208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04160  LSU ribosomal protein L30P  58.33 
 
 		 60 aa  65.9  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0304  ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  64.7  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00111257  normal  0.144172 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0733  ribosomal protein L30  51.67 
 
 		 62 aa  62.8  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4303  ribosomal protein L30  53.33 
 
 		 60 aa  63.2  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0706  ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  62.8  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.214746 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6596  ribosomal protein L30  56.67 
 
 		 61 aa  61.6  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3125  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 62 aa  60.5  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10736  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 		 65 aa  60.5  0.000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00000107725  normal  0.417501 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0612  50S ribosomal protein L30  48.33 
 
 		 61 aa  59.7  0.00000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0237089  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0860  ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 66 aa  58.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1340  50S ribosomal protein L30  52.54 
 
 		 59 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5029  50S ribosomal protein L30  51.67 
 
 		 61 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.0000128267  normal  0.550586 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3887  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  57.8  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0600  50S ribosomal protein L30  48.33 
 
 		 61 aa  57.4  0.00000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29560  LSU ribosomal protein L30P  46.67 
 
 		 60 aa  57.4  0.00000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.349049  normal  0.73381 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0645  ribosomal protein L30  46.67 
 
 		 60 aa  56.6  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2921  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000749762  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1506  ribosomal protein L30  50 
 
 		 60 aa  55.8  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.41299  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0971  50S ribosomal protein L30  45 
 
 		 61 aa  56.2  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0949  50S ribosomal protein L30  48.33 
 
 		 60 aa  55.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1120  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 		 61 aa  55.8  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.481118  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4008  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 75 aa  55.5  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000205864  hitchhiker  0.0000650866 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2641  ribosomal protein L30  46.67 
 
 		 60 aa  55.1  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4489  ribosomal protein L30  44.07 
 
 		 60 aa  55.1  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3905  50S ribosomal protein L30  45 
 
 		 60 aa  55.5  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0899974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23620  LSU ribosomal protein L30P  44.83 
 
 		 59 aa  54.7  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.844957  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1465  50S ribosomal protein L30  45 
 
 		 60 aa  55.1  0.0000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201439  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0213  50S ribosomal protein L30  45 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00000348111  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1143  ribosomal protein L30  50 
 
 		 61 aa  54.3  0.0000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000025708  normal  0.0109898 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2259  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 59 aa  54.3  0.0000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00380843  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4297  50S ribosomal protein L30  45 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2300  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 59 aa  54.3  0.0000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.818228  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2442  50S ribosomal protein L30P  45 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.96892 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2315  ribosomal protein L30  38.6 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0059609  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0492  50S ribosomal protein L30  38.98 
 
 		 60 aa  52.8  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.278097  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2628  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.115062  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1358  ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_434  ribosomal protein L30/L7E  40.68 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00214762  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5142  ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.632245 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6031  50S ribosomal protein L30  46.67 
 
 		 61 aa  53.1  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1813  50S ribosomal protein L30  44.83 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0307  50S ribosomal protein L30  44.64 
 
 		 66 aa  52.4  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0473987  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2046  50S ribosomal protein L30  38.6 
 
 		 62 aa  52  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00780916  normal  0.406407 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0199  50S ribosomal protein L30  43.1 
 
 		 61 aa  52.8  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.166144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1889  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0324  50S ribosomal protein L30P  45 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151243 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1203  50S ribosomal protein L30  43.33 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0386344 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0233  50S ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 59 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000351817  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0469  50S ribosomal protein L30  38.98 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000219229  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1167  50S ribosomal protein L30  42.86 
 
 		 78 aa  52.8  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00970814  normal  0.0899698 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0076  50S ribosomal protein L30  46.55 
 
 		 59 aa  51.6  0.000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.663543  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20690  LSU ribosomal protein L30P  41.67 
 
 		 60 aa  52  0.000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  45 
 
 		 61 aa  51.6  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0776  50S ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 59 aa  51.2  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000050093  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2383  50S ribosomal protein L30  44.83 
 
 		 59 aa  51.2  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000813224  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0580  50S ribosomal protein L30  42.37 
 
 		 65 aa  50.4  0.000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.868195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0308  50S ribosomal protein L30  41.38 
 
 		 60 aa  50.8  0.000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  1.19887e-28 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2405  50S ribosomal protein L30  42.11 
 
 		 61 aa  50.4  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0137776  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2693  ribosomal protein L30  48.28 
 
 		 62 aa  50.4  0.000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 		 59 aa  49.7  0.00001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2278  50S ribosomal protein L30  38.33 
 
 		 61 aa  49.7  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000000449635  hitchhiker  0.00309208 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 		 59 aa  49.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  43.86 
 
 		 61 aa  49.7  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 		 59 aa  49.7  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0440  50S ribosomal protein L30  44.64 
 
 		 60 aa  50.1  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1556  ribosomal protein L30  38.33 
 
 		 60 aa  50.1  0.00001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000500993  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0128  50S ribosomal protein L30  42.86 
 
 		 60 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00603924  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0128  50S ribosomal protein L30  42.86 
 
 		 60 aa  49.7  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000211905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0124  50S ribosomal protein L30  42.86 
 
 		 60 aa  49.7  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000437518  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0122  50S ribosomal protein L30  42.86 
 
 		 60 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000462232  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0123  50S ribosomal protein L30  41.07 
 
 		 60 aa  49.3  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000032367  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0149  50S ribosomal protein L30  42.86 
 
 		 60 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00257055  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0140  50S ribosomal protein L30  42.86 
 
 		 60 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.71148e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0128  50S ribosomal protein L30  42.86 
 
 		 60 aa  49.7  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0194102  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0502  50S ribosomal protein L30  44.07 
 
 		 59 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000181767  normal  0.0669565 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0159  50S ribosomal protein L30  42.86 
 
 		 60 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00008814  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0698  ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 58 aa  48.9  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.298561  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0212  LSU ribosomal protein L30P  41.38 
 
 		 63 aa  49.3  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.161029  normal  0.28126 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0122  50S ribosomal protein L30  42.86 
 
 		 60 aa  49.3  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000141296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  42.11 
 
 		 59 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000158772  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0507  50S ribosomal protein L30  40.68 
 
 		 59 aa  48.5  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0161189  hitchhiker  0.00326303 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  42.11 
 
 		 59 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288891  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  42.11 
 
 		 59 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  42.11 
 
 		 59 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  0.00000243699 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03104  hypothetical protein  42.11 
 
 		 59 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00160317  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 		 59 aa  48.9  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5177  50S ribosomal protein L30  41.07 
 
 		 60 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000138401  unclonable  1.00774e-25 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 		 59 aa  48.9  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 		 59 aa  48.9  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  42.11 
 
 		 59 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 		 59 aa  48.9  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 		 59 aa  48.5  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  43.86 
 
 		 59 aa  48.9  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  42.11 
 
 		 59 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000235964  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3785  50S ribosomal protein L30  42.11 
 
 		 59 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000084288  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>