More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0258a on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0258a  30S ribosomal protein S19  100 
 
 		 92 aa  187  2.9999999999999997e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1711  30S ribosomal protein S19  97.83 
 
 		 92 aa  184  5e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.374721  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0591  30S ribosomal protein S19  88.04 
 
 		 93 aa  171  1.9999999999999998e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.187847  normal  0.796631 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3139  ribosomal protein S19  85.87 
 
 		 93 aa  168  3e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0631  ribosomal protein S19  85.87 
 
 		 93 aa  167  6e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29700  SSU ribosomal protein S19P  85.87 
 
 		 93 aa  167  6e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.339841 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2655  ribosomal protein S19  83.7 
 
 		 93 aa  165  2e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0692  30S ribosomal protein S19  82.61 
 
 		 93 aa  164  4e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.40634 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20830  30S ribosomal protein S19  83.7 
 
 		 92 aa  162  1.0000000000000001e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23770  SSU ribosomal protein S19P  83.7 
 
 		 93 aa  160  5.0000000000000005e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.384617  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1017  30S ribosomal protein S19  83.7 
 
 		 93 aa  160  6e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3901  SSU ribosomal protein S19P  80.43 
 
 		 93 aa  160  6e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1034  30S ribosomal protein S19  83.7 
 
 		 93 aa  160  6e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.702423  normal  0.429807 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1044  30S ribosomal protein S19  83.7 
 
 		 93 aa  160  6e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.917027 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5045  30S ribosomal protein S19  83.7 
 
 		 93 aa  160  8.000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0166823  normal  0.166411 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4503  ribosomal protein S19  81.52 
 
 		 93 aa  160  8.000000000000001e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1090  30S ribosomal protein S19  79.35 
 
 		 92 aa  159  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0844216 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10719  30S ribosomal protein S19  81.52 
 
 		 93 aa  158  2e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.560637  normal  0.221771 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1309  30S ribosomal protein S19  82.61 
 
 		 93 aa  159  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.415086  normal  0.102263 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2642  SSU ribosomal protein S19P  77.17 
 
 		 92 aa  156  7e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.570508  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3431  ribosomal protein S19  81.52 
 
 		 93 aa  156  8e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0935  ribosomal protein S19  79.35 
 
 		 93 aa  155  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.177983  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3754  ribosomal protein S19  79.35 
 
 		 93 aa  155  1e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.396407  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0310  30S ribosomal protein S19  77.17 
 
 		 93 aa  156  1e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00187056 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0566  30S ribosomal protein S19  77.17 
 
 		 92 aa  155  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5128  ribosomal protein S19  77.17 
 
 		 92 aa  155  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.76287 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2971  30S ribosomal protein S19  78.26 
 
 		 93 aa  154  3e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.241839  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4317  ribosomal protein S19  77.17 
 
 		 93 aa  154  4e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17120  30S ribosomal protein S19  78.26 
 
 		 93 aa  154  5.0000000000000005e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0814884  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4311  30S ribosomal protein S19  79.35 
 
 		 93 aa  153  8e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.410711  hitchhiker  0.00992918 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3919  30S ribosomal protein S19  79.35 
 
 		 93 aa  153  8e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1127  ribosomal protein S19  78.26 
 
 		 93 aa  152  1e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.831563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2683  30S ribosomal protein S19  77.17 
 
 		 93 aa  152  1e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0586  30S ribosomal protein S19  76.09 
 
 		 93 aa  151  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6045  30S ribosomal protein S19  75 
 
 		 93 aa  150  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.852276  normal  0.340402 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6610  ribosomal protein S19  78.26 
 
 		 93 aa  150  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04020  SSU ribosomal protein S19P  77.17 
 
 		 93 aa  150  5.9999999999999996e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.904114 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2273  30S ribosomal protein S19  77.17 
 
 		 92 aa  146  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000681992  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2314  30S ribosomal protein S19  77.17 
 
 		 92 aa  146  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000275126  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1827  30S ribosomal protein S19  76.09 
 
 		 92 aa  144  4.0000000000000006e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.476916  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0402  ribosomal protein S19  71.74 
 
 		 93 aa  140  5e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2707  ribosomal protein S19  71.43 
 
 		 93 aa  139  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00775426  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0115  30S ribosomal protein S19  68.48 
 
 		 92 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000709655  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0111  30S ribosomal protein S19  68.48 
 
 		 92 aa  137  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3707  30S ribosomal protein S19  66.3 
 
 		 92 aa  137  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0062  30S ribosomal protein S19  69.57 
 
 		 92 aa  136  1e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.235454  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1903  30S ribosomal protein S19  69.57 
 
 		 92 aa  136  1e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0114  30S ribosomal protein S19  69.57 
 
 		 92 aa  135  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000793752  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0114  30S ribosomal protein S19  69.57 
 
 		 92 aa  135  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000000383993  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0110  30S ribosomal protein S19  69.57 
 
 		 92 aa  135  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.16547e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0108  30S ribosomal protein S19  69.57 
 
 		 92 aa  135  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000559577  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0145  30S ribosomal protein S19  69.57 
 
 		 92 aa  135  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000029175  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0126  30S ribosomal protein S19  69.57 
 
 		 92 aa  135  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.9760100000000003e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0114  30S ribosomal protein S19  69.57 
 
 		 92 aa  135  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000118397  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0108  30S ribosomal protein S19  68.48 
 
 		 92 aa  135  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000257453  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2398  30S ribosomal protein S19  68.48 
 
 		 92 aa  135  2e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0423225  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1570  ribosomal protein S19  68.13 
 
 		 95 aa  134  3.0000000000000003e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000162931  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1189  30S ribosomal protein S19  69.57 
 
 		 93 aa  134  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0653663 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0109  30S ribosomal protein S19  67.39 
 
 		 92 aa  133  6.0000000000000005e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000185939  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0135  30S ribosomal protein S19  67.39 
 
 		 92 aa  134  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000777644  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5783  ribosomal protein S19  64.13 
 
 		 92 aa  133  9e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0219  ribosomal protein S19  65.56 
 
 		 94 aa  132  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00075195  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0198  SSU ribosomal protein S19P  77.11 
 
 		 94 aa  132  9.999999999999999e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0174859  normal  0.0509464 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1296  30S ribosomal protein S19  68.13 
 
 		 92 aa  132  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00413729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0606  ribosomal protein S19  68.18 
 
 		 88 aa  133  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0193  hypothetical protein  64.84 
 
 		 91 aa  132  1.9999999999999998e-30  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.305188 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2228  30S ribosomal protein S19  68.13 
 
 		 91 aa  132  1.9999999999999998e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.749299  normal  0.473501 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3663  30S ribosomal protein S19  67.39 
 
 		 92 aa  132  1.9999999999999998e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230775  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2151  SSU ribosomal protein S19P  63.04 
 
 		 93 aa  131  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.152821  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2710  30S ribosomal protein S19  67.39 
 
 		 93 aa  131  3e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2395  30S ribosomal protein S19  67.39 
 
 		 93 aa  131  3e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0248  30S ribosomal protein S19  64.13 
 
 		 92 aa  130  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0245  30S ribosomal protein S19  64.13 
 
 		 92 aa  130  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.948054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2022  30S ribosomal protein S19  74.7 
 
 		 98 aa  130  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1942  30S ribosomal protein S19  74.7 
 
 		 98 aa  130  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1937  30S ribosomal protein S19  74.7 
 
 		 98 aa  130  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2320  ribosomal protein S19  68.18 
 
 		 90 aa  130  7.999999999999999e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000162124  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0846  ribosomal protein S19  63.83 
 
 		 94 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1479  30S ribosomal protein S19  70.79 
 
 		 92 aa  130  7.999999999999999e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100363  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2174  ribosomal protein S19  64.84 
 
 		 91 aa  130  9e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.765738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0327  ribosomal protein S19  68.48 
 
 		 91 aa  130  9e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000195023  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1915  30S ribosomal protein S19  74.7 
 
 		 96 aa  130  9e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.454801 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4347  30S ribosomal protein S19  61.96 
 
 		 92 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000995176  normal  0.11261 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09960  SSU ribosomal protein S19P  65.88 
 
 		 86 aa  129  1.0000000000000001e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.328032  hitchhiker  0.00000140006 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0871  30S ribosomal protein S19  64.84 
 
 		 93 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000215821  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0695  30S ribosomal protein S19  64.13 
 
 		 92 aa  129  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00208226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0473  ribosomal protein S19  67.39 
 
 		 91 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000607565  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3991  ribosomal protein S19  67.39 
 
 		 91 aa  128  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2615  30S ribosomal protein S19  60.87 
 
 		 92 aa  129  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00302204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0200  30S ribosomal protein S19  69.66 
 
 		 92 aa  129  2.0000000000000002e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.130861  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00734  ribosomal protein S19  63.04 
 
 		 92 aa  128  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1863  30S ribosomal protein S19  66.28 
 
 		 95 aa  128  3e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00494642  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1934  30S ribosomal protein S19  62.92 
 
 		 89 aa  127  4.0000000000000003e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2368  ribosomal protein S19  67.05 
 
 		 90 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.540425  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0372  30S ribosomal protein S19  65.93 
 
 		 91 aa  127  4.0000000000000003e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.252396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3158  30S ribosomal protein S19  64.04 
 
 		 89 aa  127  4.0000000000000003e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.558725 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16741  30S ribosomal protein S19  64.84 
 
 		 91 aa  127  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3293  30S ribosomal protein S19  69.57 
 
 		 91 aa  127  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000043477  hitchhiker  0.00000613779 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0869  30S ribosomal protein S19  65.91 
 
 		 91 aa  127  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2946  30S ribosomal protein S19  69.57 
 
 		 91 aa  127  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0382693  decreased coverage  0.000000116532 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>