More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0256 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0256  ribosomal protein L4/L1 family protein  100 
 
 		 221 aa  449  1e-125  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1708  50S ribosomal protein L4  79.19 
 
 		 218 aa  358  4e-98  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00274066  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3142  ribosomal protein L4/L1e  58.1 
 
 		 221 aa  248  7e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.083105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0628  ribosomal protein L4/L1e  57.55 
 
 		 232 aa  246  2e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29730  LSU ribosomal protein L4P  58.49 
 
 		 234 aa  238  5e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.379343 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0563  50S ribosomal protein L4/L1e  58.57 
 
 		 216 aa  236  2e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3922  ribosomal protein L4/L1e  58.02 
 
 		 216 aa  233  2.0000000000000002e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2658  ribosomal protein L4/L1e  55.98 
 
 		 228 aa  232  3e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20860  LSU ribosomal protein L4P  57.21 
 
 		 223 aa  231  6e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.699759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4314  ribosomal protein L4/L1e  57.97 
 
 		 216 aa  231  8.000000000000001e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0116181 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4320  ribosomal protein L4/L1e  59.6 
 
 		 204 aa  229  3e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2686  ribosomal protein L4/L1e  62.24 
 
 		 206 aa  228  4e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.751145 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5048  50S ribosomal protein L4  57.41 
 
 		 218 aa  228  4e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.5122  normal  0.277146 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1041  50S ribosomal protein L4  56.22 
 
 		 219 aa  227  1e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1014  50S ribosomal protein L4  56.22 
 
 		 219 aa  227  1e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1031  50S ribosomal protein L4  56.22 
 
 		 219 aa  227  1e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.658773 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1124  ribosomal protein L4/L1e  56.52 
 
 		 248 aa  226  2e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0932  ribosomal protein L4/L1e  60 
 
 		 217 aa  226  3e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0307  50S ribosomal protein L4P  56.07 
 
 		 220 aa  226  3e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00224676 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2974  50S ribosomal protein L4P  60.61 
 
 		 205 aa  225  4e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.601617  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2645  50S ribosomal protein L4  54.29 
 
 		 222 aa  223  1e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.264538  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1087  50S ribosomal protein L4  53.62 
 
 		 215 aa  223  1e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10489 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4506  ribosomal protein L4/L1e  55.56 
 
 		 292 aa  223  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03990  LSU ribosomal protein L4P  57.69 
 
 		 228 aa  222  3e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0689  ribosomal protein L4/L1e  55.5 
 
 		 234 aa  222  4e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.443511 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0583  50S ribosomal protein L4  53.81 
 
 		 245 aa  221  8e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6048  50S ribosomal protein L4  53.05 
 
 		 247 aa  219  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.239817 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23800  50S ribosomal protein L4  57.48 
 
 		 312 aa  219  3e-56  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10716  50S ribosomal protein L4  55.19 
 
 		 223 aa  219  3e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.311364 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17150  LSU ribosomal protein L4P  57.44 
 
 		 211 aa  216  2e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1306  50S ribosomal protein L4  55.39 
 
 		 219 aa  215  4e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.265076  normal  0.163333 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5125  ribosomal protein L4/L1e  53.85 
 
 		 223 aa  213  9.999999999999999e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1186  50S ribosomal protein L4/L1e  56.34 
 
 		 217 aa  212  2.9999999999999995e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.107255 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3434  ribosomal protein L4/L1e  52.75 
 
 		 217 aa  212  4.9999999999999996e-54  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0588  ribosomal protein L4/L1e  56.62 
 
 		 228 aa  211  1e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.290054  normal  0.451966 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6613  ribosomal protein L4/L1e  57.08 
 
 		 231 aa  209  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3904  50S ribosomal protein L4P  57.56 
 
 		 259 aa  207  1e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3757  ribosomal protein L4/L1e  56.13 
 
 		 221 aa  203  2e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.221063  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0399  ribosomal protein L4/L1e  44.5 
 
 		 214 aa  165  5e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2317  50S ribosomal protein L4  45.1 
 
 		 207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000134967  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2276  50S ribosomal protein L4  45.1 
 
 		 207 aa  162  4.0000000000000004e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000009811  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0868  50S ribosomal protein L4  43.15 
 
 		 206 aa  161  6e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000685593  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0963  ribosomal protein L4/L1e  45.32 
 
 		 207 aa  161  7e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000403747  hitchhiker  0.0000000000267396 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2710  ribosomal protein L4/L1e  43.84 
 
 		 206 aa  159  4e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000254915  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1830  50S ribosomal protein L4  44.88 
 
 		 207 aa  158  6e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0478396  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0108  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 		 207 aa  158  6e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0112  50S ribosomal protein L4  44.39 
 
 		 207 aa  156  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0226  ribosomal protein L4/L1e  41 
 
 		 207 aa  155  6e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0596  50S ribosomal protein L4P  44.55 
 
 		 207 aa  154  1e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000475036  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16230  ribosomal protein L4  42.42 
 
 		 207 aa  153  2e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.308573  decreased coverage  0.0000000146284 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0105  50S ribosomal protein L4  42.36 
 
 		 207 aa  153  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000104823  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01180  ribosomal protein L4/L1e  43.88 
 
 		 209 aa  152  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000715314  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0059  50S ribosomal protein L4  43.9 
 
 		 207 aa  152  4e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0599605  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2904  50S ribosomal protein L4  39.91 
 
 		 208 aa  152  5e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000879055  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0106  50S ribosomal protein L4  41.87 
 
 		 207 aa  152  5e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000544936  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0292  50S ribosomal protein L4  42.79 
 
 		 205 aa  151  7e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000472593  unclonable  1.9716100000000001e-28 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0111  50S ribosomal protein L4  41.38 
 
 		 207 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000572324  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0111  50S ribosomal protein L4  41.38 
 
 		 207 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000900585  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0107  50S ribosomal protein L4  41.38 
 
 		 207 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.56557e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0105  50S ribosomal protein L4  41.38 
 
 		 207 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000256275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0123  50S ribosomal protein L4  41.38 
 
 		 207 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.21989e-61 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0132  50S ribosomal protein L4  41.38 
 
 		 207 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000136863  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0111  50S ribosomal protein L4  41.38 
 
 		 207 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000163463  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5194  50S ribosomal protein L4  41.38 
 
 		 207 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000834057  unclonable  1.98377e-25 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3666  50S ribosomal protein L4  42.65 
 
 		 206 aa  151  8.999999999999999e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000305367  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0142  50S ribosomal protein L4  41.38 
 
 		 207 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000690155  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1160  ribosomal protein L4/L1e  41.41 
 
 		 208 aa  150  1e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000738717  hitchhiker  0.000000590673 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0287  50S ribosomal protein L4  41.79 
 
 		 206 aa  150  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0371511  hitchhiker  0.00627174 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0716  ribosomal protein L4/L1e  43.63 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1183  ribosomal protein L4/L1e  41.67 
 
 		 208 aa  149  3e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000000599505  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0759  50S ribosomal protein L4  38.42 
 
 		 207 aa  149  3e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000566858  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1482  50S ribosomal protein L4  40.89 
 
 		 207 aa  148  6e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000984788  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0195  LSU ribosomal protein L4P  41.57 
 
 		 207 aa  147  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00135777  normal  0.0747506 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1906  50S ribosomal protein L4  41.9 
 
 		 207 aa  145  5e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000335339  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0695  50S ribosomal protein L4  41.95 
 
 		 208 aa  144  8.000000000000001e-34  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0193  ribosomal protein L4/L1e  38.39 
 
 		 214 aa  144  1e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2713  50S ribosomal protein L4  39.49 
 
 		 204 aa  143  2e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2398  50S ribosomal protein L4  39.49 
 
 		 204 aa  143  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000730975  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10010  LSU ribosomal protein L4P  44.93 
 
 		 207 aa  142  3e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000045126  hitchhiker  0.00000000148432 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0197  50S ribosomal protein L4  43.09 
 
 		 207 aa  141  7e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00203095  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1341  ribosomal protein L4/L1e  42.47 
 
 		 210 aa  141  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0216  50S ribosomal protein L4  41.26 
 
 		 206 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4916  ribosomal protein L4/L1e  41.33 
 
 		 209 aa  140  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.1186  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2401  50S ribosomal protein L4  42.86 
 
 		 208 aa  139  1.9999999999999998e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000036372  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0954  50S ribosomal protein L4  43.06 
 
 		 221 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.000000111144  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1523  ribosomal protein L4/L1e  38.69 
 
 		 207 aa  138  4.999999999999999e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.790483  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1573  ribosomal protein L4/L1e  39.23 
 
 		 207 aa  138  6e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000791532  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2459  50S ribosomal protein L4P  39.39 
 
 		 207 aa  138  7e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0863955 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2422  50S ribosomal protein L4  40.89 
 
 		 208 aa  137  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00578828  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2371  50S ribosomal protein L4  39.39 
 
 		 205 aa  137  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.456645  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0702  50S ribosomal protein L4  41.43 
 
 		 206 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000569503  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2064  50S ribosomal protein L4  38.24 
 
 		 206 aa  135  4e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000384651  normal  0.231159 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3994  ribosomal protein L4/L1e  38.35 
 
 		 212 aa  134  9.999999999999999e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1227  50S ribosomal protein L4  37.38 
 
 		 217 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.150568  unclonable  0.0000101553 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1837  ribosomal protein L4/L1e  37.26 
 
 		 215 aa  133  1.9999999999999998e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00300997  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2231  50S ribosomal protein L4  44.19 
 
 		 210 aa  132  3e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.402946 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0692  50S ribosomal protein L4  42.08 
 
 		 210 aa  132  3.9999999999999996e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000477042  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2560  50S ribosomal protein L4/L1e  40.44 
 
 		 210 aa  132  5e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0559575  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1616  ribosomal protein L4/L1e  37.04 
 
 		 212 aa  132  5e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0961  50S ribosomal protein L4  42.05 
 
 		 204 aa  131  6.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000392469  hitchhiker  0.00000164794 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>