More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0255 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0255  50S ribosomal protein L3  100 
 
 		 216 aa  442  1e-123  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1707  50S ribosomal protein L3  87.2 
 
 		 213 aa  383  1e-105  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00287886  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2687  50S ribosomal protein L3  61.57 
 
 		 216 aa  286  2e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.740328 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2975  50S ribosomal protein L3  61.11 
 
 		 216 aa  285  5e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.454423  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29740  LSU ribosomal protein L3P  63.93 
 
 		 219 aa  284  7e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.378005 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2659  50S ribosomal protein L3  65.55 
 
 		 219 aa  282  3.0000000000000004e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17160  50S ribosomal protein L3  62.04 
 
 		 216 aa  280  8.000000000000001e-75  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283771  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0627  ribosomal protein L3  62.44 
 
 		 217 aa  277  7e-74  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0587  ribosomal protein L3  62.5 
 
 		 219 aa  274  6e-73  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.295272  normal  0.46094 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3905  50S ribosomal protein L3  60.75 
 
 		 223 aa  274  9e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3143  ribosomal protein L3  62.2 
 
 		 220 aa  271  5.000000000000001e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0896196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0582  50S ribosomal protein L3  61.9 
 
 		 235 aa  270  1e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  59.53 
 
 		 219 aa  268  5e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  59.91 
 
 		 216 aa  266  2e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20870  LSU ribosomal protein L3P  60.87 
 
 		 219 aa  265  2.9999999999999995e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.235842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23810  LSU ribosomal protein L3P  59.9 
 
 		 226 aa  265  5e-70  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  59.15 
 
 		 216 aa  263  2e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6049  50S ribosomal protein L3  60.1 
 
 		 236 aa  262  3e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.185718  normal  0.220559 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4507  50S ribosomal protein L3  61.65 
 
 		 221 aa  257  9e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.787031  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  59.72 
 
 		 217 aa  256  2e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  58.77 
 
 		 218 aa  254  7e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1040  50S ribosomal protein L3  58.77 
 
 		 217 aa  254  8e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1013  50S ribosomal protein L3  58.77 
 
 		 217 aa  254  8e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5049  50S ribosomal protein L3  58.96 
 
 		 218 aa  254  8e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.399218 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1030  50S ribosomal protein L3  58.77 
 
 		 217 aa  254  8e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0688  ribosomal protein L3  58.41 
 
 		 219 aa  252  3e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.409644 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  60.19 
 
 		 213 aa  251  4.0000000000000004e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2646  50S ribosomal protein L3  56.6 
 
 		 216 aa  249  3e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  57.14 
 
 		 215 aa  249  3e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  55.35 
 
 		 218 aa  245  3e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3923  50S ribosomal protein L3  56.25 
 
 		 219 aa  244  6.999999999999999e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5124  50S ribosomal protein L3  54.5 
 
 		 216 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  56.4 
 
 		 222 aa  243  1.9999999999999999e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  55.24 
 
 		 217 aa  243  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4315  50S ribosomal protein L3  55.77 
 
 		 219 aa  242  3e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341518 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  54.63 
 
 		 218 aa  242  3.9999999999999997e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1123  ribosomal protein L3  56.8 
 
 		 220 aa  237  1e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1185  50S ribosomal protein L3  56.87 
 
 		 220 aa  236  3e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.108943 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  52.88 
 
 		 214 aa  224  6e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  54.68 
 
 		 206 aa  219  1.9999999999999999e-56  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000266904  hitchhiker  0.000000567921 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  54.15 
 
 		 209 aa  219  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  53.17 
 
 		 209 aa  216  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  53.17 
 
 		 209 aa  215  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  50.96 
 
 		 211 aa  215  4e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  53.17 
 
 		 209 aa  214  5.9999999999999996e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  51.71 
 
 		 206 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0405  50S ribosomal protein L3P  51.92 
 
 		 214 aa  211  1e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  normal  0.15101 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 		 214 aa  206  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  49.52 
 
 		 209 aa  205  3e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000231855  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  48.29 
 
 		 209 aa  205  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  49.04 
 
 		 209 aa  205  5e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000824684  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  48.29 
 
 		 209 aa  204  7e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  49.27 
 
 		 209 aa  204  9e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0962  ribosomal protein L3  51.96 
 
 		 206 aa  203  1e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000608869  hitchhiker  0.0000000000269964 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  203  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  203  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183333  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  203  1e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0295  ribosomal protein L3  49.04 
 
 		 212 aa  202  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000479422  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  202  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000354089  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0327  50S ribosomal protein L3  48.06 
 
 		 210 aa  202  4e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.322183  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0497  50S ribosomal protein L3  48.06 
 
 		 210 aa  202  4e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.443535  hitchhiker  0.00000000471094 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16240  LSU ribosomal protein L3P  54.41 
 
 		 206 aa  201  7e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0560879  hitchhiker  0.00000737829 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 		 211 aa  201  7e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000151121  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03171  50S ribosomal protein L3  48.29 
 
 		 209 aa  201  8e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00105587  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  48.29 
 
 		 209 aa  201  8e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000156822  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03122  hypothetical protein  48.29 
 
 		 209 aa  201  8e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000891003  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  48.29 
 
 		 209 aa  201  8e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000666979  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  48.29 
 
 		 209 aa  201  8e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000214725  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  48.1 
 
 		 209 aa  201  8e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3803  50S ribosomal protein L3  48.29 
 
 		 209 aa  201  8e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000338592  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  48.29 
 
 		 209 aa  201  8e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000030519  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  48.29 
 
 		 209 aa  201  8e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309233  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  48.53 
 
 		 209 aa  201  8e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  48.29 
 
 		 209 aa  201  8e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000124545  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3744  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00311101  normal  0.0177476 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3636  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000330914  normal  0.241535 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  48.31 
 
 		 212 aa  200  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3636  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000145749  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2950  50S ribosomal protein L3  48.31 
 
 		 217 aa  200  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  0.000000276942  decreased coverage  0.000000134206 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3297  50S ribosomal protein L3  48.31 
 
 		 217 aa  200  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000000538385  hitchhiker  0.0000807722 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3709  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000323926  normal  0.640658 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3807  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 209 aa  200  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000142393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  47.32 
 
 		 209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000133554  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  47.32 
 
 		 209 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  51.94 
 
 		 213 aa  199  1.9999999999999998e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 		 209 aa  199  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  46.63 
 
 		 210 aa  199  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000729631  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3338  50S ribosomal protein L3  48.79 
 
 		 212 aa  199  3e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000254045  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  49.01 
 
 		 210 aa  198  3.9999999999999996e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0691  50S ribosomal protein L3  48.29 
 
 		 211 aa  198  6e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00208666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  48.08 
 
 		 210 aa  198  7e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  47.32 
 
 		 207 aa  197  7.999999999999999e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000858376  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2559  50S ribosomal protein L3  50 
 
 		 211 aa  197  9e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.101168  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 211 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0873  ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 212 aa  197  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.339067  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 211 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  48.78 
 
 		 211 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0319  50S ribosomal protein L3  48.79 
 
 		 212 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.147880000000001e-24  hitchhiker  0.0000384813 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  49.04 
 
 		 210 aa  197  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000729954 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 		 211 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>