More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0252 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0252  ribosomal protein L13  100 
 
 		 149 aa  308  2e-83  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1693  50S ribosomal protein L13  90.6 
 
 		 149 aa  286  1e-76  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0818735  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16870  50S ribosomal protein L13  67.35 
 
 		 147 aa  209  1e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0661  ribosomal protein L13  63.76 
 
 		 149 aa  208  2e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.07785  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3106  ribosomal protein L13  63.27 
 
 		 147 aa  207  6e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23250  LSU ribosomal protein L13P  64.63 
 
 		 147 aa  203  7e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2918  50S ribosomal protein L13  65.99 
 
 		 147 aa  202  9e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2631  50S ribosomal protein L13  65.31 
 
 		 147 aa  199  9e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0617  ribosomal protein L13  60.54 
 
 		 147 aa  199  9.999999999999999e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29360  LSU ribosomal protein L13P  61.22 
 
 		 147 aa  197  3e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.220541  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2613  ribosomal protein L13  62.59 
 
 		 147 aa  197  5e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.888861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1125  50S ribosomal protein L13  61.22 
 
 		 147 aa  194  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.849812 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20530  LSU ribosomal protein L13P  61.74 
 
 		 149 aa  192  1e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.780175  normal  0.443705 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1176  ribosomal protein L13  59.18 
 
 		 147 aa  190  5e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.20646  normal  0.874786 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0599  50S ribosomal protein L13  57.82 
 
 		 147 aa  190  6e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.413798  normal  0.447745 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04440  50S ribosomal protein L13  57.82 
 
 		 150 aa  190  7e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.913726  normal  0.278676 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0720  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 		 147 aa  187  2.9999999999999997e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5158  ribosomal protein L13  57.05 
 
 		 149 aa  188  2.9999999999999997e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.282835 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4284  ribosomal protein L13  56.46 
 
 		 147 aa  186  5.999999999999999e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6565  50S ribosomal protein L13  55.78 
 
 		 147 aa  186  1e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.870556  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2614  50S ribosomal protein L13  56.38 
 
 		 149 aa  186  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.784186  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0922  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 		 147 aa  185  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1685  ribosomal protein L13  58.5 
 
 		 147 aa  184  4e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0971  50S ribosomal protein L13  57.82 
 
 		 147 aa  183  7e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.704336  normal  0.0786185 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4254  50S ribosomal protein L13  55.78 
 
 		 147 aa  181  2.0000000000000003e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00510503 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0614  50S ribosomal protein L13  57.82 
 
 		 147 aa  182  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.622758  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6018  50S ribosomal protein L13  59.18 
 
 		 147 aa  182  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.205125  normal  0.0856034 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3864  50S ribosomal protein L13  55.78 
 
 		 147 aa  181  2.0000000000000003e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.545712 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1469  50S ribosomal protein L13  57.14 
 
 		 147 aa  180  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.863106 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4468  ribosomal protein L13  55.1 
 
 		 147 aa  179  1e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4950  50S ribosomal protein L13  56.46 
 
 		 147 aa  178  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.264788  normal  0.643996 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2607  50S ribosomal protein L13  54.93 
 
 		 144 aa  177  4e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0161967  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0341  50S ribosomal protein L13  55.1 
 
 		 147 aa  176  1e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0522563  hitchhiker  0.00384234 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13480  50S ribosomal protein L13  55.1 
 
 		 147 aa  175  2e-43  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00156161  hitchhiker  0.000481946 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0429  ribosomal protein L13  52.05 
 
 		 154 aa  175  2e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.669525  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0211  50S ribosomal protein L13  57.75 
 
 		 142 aa  172  9.999999999999999e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000131451  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1130  50S ribosomal protein L13  55.78 
 
 		 147 aa  171  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.916577  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1157  50S ribosomal protein L13  55.78 
 
 		 147 aa  171  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.341835 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0889  50S ribosomal protein L13  54.42 
 
 		 147 aa  171  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1147  50S ribosomal protein L13  55.78 
 
 		 147 aa  171  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.774761  normal  0.431172 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0869  ribosomal protein L13  56.08 
 
 		 148 aa  171  5e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21990  LSU ribosomal protein L13P  50.34 
 
 		 145 aa  169  1e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000237961  hitchhiker  0.00551635 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2077  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 		 142 aa  168  3e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1062  50S ribosomal protein L13  55.07 
 
 		 144 aa  168  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000039802  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2298  50S ribosomal protein L13  53.52 
 
 		 144 aa  167  3e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000160952  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0969  50S ribosomal protein L13  51.41 
 
 		 144 aa  167  5e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.476944 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0225  50S ribosomal protein L13  55.4 
 
 		 151 aa  166  7e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0222  50S ribosomal protein L13  55.4 
 
 		 151 aa  166  7e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0145687  normal  0.0118859 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2207  50S ribosomal protein L13  51.82 
 
 		 142 aa  166  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146726  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1385  50S ribosomal protein L13  51.35 
 
 		 152 aa  166  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2242  50S ribosomal protein L13  50 
 
 		 142 aa  166  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.140836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01510  50S ribosomal protein L13  51.41 
 
 		 142 aa  165  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.25739e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02460  50S ribosomal protein L13  51.41 
 
 		 142 aa  165  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000118525  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0735  ribosomal protein L13  51.06 
 
 		 145 aa  165  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.000000000119852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3996  50S ribosomal protein L13  51.06 
 
 		 146 aa  165  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000540909 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0726  50S ribosomal protein L13  49.65 
 
 		 144 aa  164  4e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.618323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03383  50S ribosomal protein L13  49.3 
 
 		 142 aa  164  5e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000333795  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3157  50S ribosomal protein L13  50.7 
 
 		 142 aa  164  5e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00386051 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0718  50S ribosomal protein L13  51.39 
 
 		 151 aa  163  5.9999999999999996e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000264986  normal  0.589192 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2206  50S ribosomal protein L13  51.77 
 
 		 151 aa  163  5.9999999999999996e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3086  50S ribosomal protein L13  52.82 
 
 		 142 aa  163  6.9999999999999995e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000435691  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1155  50S ribosomal protein L13  49.65 
 
 		 146 aa  163  9e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.291819  normal  0.013183 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0702  50S ribosomal protein L13  50.7 
 
 		 142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111952  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0500  50S ribosomal protein L13  49.66 
 
 		 147 aa  162  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17141  50S ribosomal protein L13  52.94 
 
 		 143 aa  162  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0575985  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1881  ribosomal protein L13  51.41 
 
 		 144 aa  162  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.366723  normal  0.0642672 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0794  50S ribosomal protein L13  53.52 
 
 		 144 aa  162  2.0000000000000002e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000346357  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1625  50S ribosomal protein L13  52.94 
 
 		 143 aa  162  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.971698  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17241  50S ribosomal protein L13  52.94 
 
 		 143 aa  162  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4113  50S ribosomal protein L13  51.41 
 
 		 142 aa  162  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0410  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 		 142 aa  161  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000000575017  normal  0.0346472 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0798  50S ribosomal protein L13  48.59 
 
 		 142 aa  162  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0732  50S ribosomal protein L13  50 
 
 		 142 aa  160  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000680495  hitchhiker  0.00347567 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0625  50S ribosomal protein L13  50.7 
 
 		 142 aa  160  4.0000000000000004e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0468  50S ribosomal protein L13  51.41 
 
 		 142 aa  160  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000130449  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0723  50S ribosomal protein L13  50 
 
 		 142 aa  160  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000205135  hitchhiker  0.00003559 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3652  50S ribosomal protein L13  50 
 
 		 142 aa  160  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000055141  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0604  50S ribosomal protein L13  50.7 
 
 		 142 aa  160  4.0000000000000004e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0256  50S ribosomal protein L13  50.71 
 
 		 143 aa  160  5.0000000000000005e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000758972  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0901  50S ribosomal protein L13  50 
 
 		 142 aa  160  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17401  50S ribosomal protein L13  52.21 
 
 		 143 aa  160  6e-39  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0901  50S ribosomal protein L13  50.7 
 
 		 143 aa  160  6e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000118039  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1602  50S ribosomal protein L13  53.85 
 
 		 152 aa  160  7e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.206566  normal  0.915061 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0144  50S ribosomal protein L13  52.14 
 
 		 145 aa  160  7e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000514694  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3191  50S ribosomal protein L13  52.55 
 
 		 142 aa  160  7e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000050014  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0049  ribosomal protein L13  50 
 
 		 142 aa  160  7e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13040  50S ribosomal protein L13  50 
 
 		 142 aa  160  8.000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1747  50S ribosomal protein L13  47.89 
 
 		 142 aa  159  9e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000679553  normal  0.257999 
 
 
 
NC_010551  BamMC406_0599  50S ribosomal protein L13  52.11 
 
 		 176 aa  159  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000510805  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3940  50S ribosomal protein L13  50 
 
 		 142 aa  159  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0143  50S ribosomal protein L13  52.86 
 
 		 145 aa  159  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000163354  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0138  50S ribosomal protein L13  52.86 
 
 		 145 aa  159  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  7.36726e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3421  50S ribosomal protein L13  51.41 
 
 		 142 aa  159  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000378048  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2176  50S ribosomal protein L13  51.02 
 
 		 154 aa  159  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.25669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1233  50S ribosomal protein L13  51.41 
 
 		 142 aa  159  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000018745  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0175  50S ribosomal protein L13  52.86 
 
 		 145 aa  159  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000580183  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0506  50S ribosomal protein L13  49.3 
 
 		 142 aa  159  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000158843  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0165  50S ribosomal protein L13  52.86 
 
 		 145 aa  159  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000103793  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2586  50S ribosomal protein L13  51.82 
 
 		 151 aa  159  1e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0692  50S ribosomal protein L13  50 
 
 		 142 aa  159  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000556575  decreased coverage  0.00000194665 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>