152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0232 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0232  regulatory protein, FmdB family  100 
 
 
58 aa  123  7e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1673  hypothetical protein  75.86 
 
 
61 aa  99.8  1e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0371  hypothetical protein  60.34 
 
 
95 aa  73.9  0.0000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4089  regulatory protein, FmdB family  57.89 
 
 
120 aa  73.9  0.0000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.702052 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3272  regulatory protein, FmdB family  56.14 
 
 
90 aa  73.6  0.0000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.248123  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0902  regulatory protein, FmdB family  57.89 
 
 
111 aa  70.9  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.269923  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2815  regulatory protein, FmdB family  54.39 
 
 
86 aa  70.5  0.000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.640652  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1970  regulatory protein, FmdB family  56.14 
 
 
67 aa  70.1  0.000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0108  regulatory protein, FmdB family  56.14 
 
 
142 aa  68.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0629373  normal  0.10638 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13090  putative regulatory protein, FmdB family  48.28 
 
 
113 aa  68.6  0.00000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0657763  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16440  putative regulatory protein, FmdB family  54.39 
 
 
92 aa  67.8  0.00000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.324116  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30590  putative regulatory protein, FmdB family  51.72 
 
 
137 aa  67.4  0.00000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0140948  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0787  FmdB family regulatory protein  51.72 
 
 
93 aa  67.4  0.00000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6324  regulatory protein, FmdB family  51.72 
 
 
108 aa  67.4  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165247  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0034  type I antifreeze protein  50.88 
 
 
99 aa  67  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.080792  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0834  regulatory protein, FmdB family  52.63 
 
 
117 aa  67  0.00000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.166433  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0488  regulatory protein, FmdB family  52.63 
 
 
107 aa  66.2  0.0000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.813132  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3694  putative regulatory protein, FmdB family  50.88 
 
 
118 aa  66.2  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0000506128  normal  0.846133 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2661  hypothetical protein  46.55 
 
 
82 aa  65.9  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8652  putative regulatory protein, FmdB family  56.14 
 
 
115 aa  65.9  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0686  FmdB family regulatory protein  52.63 
 
 
128 aa  65.9  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.249873 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4645  regulatory protein, FmdB family  50.88 
 
 
119 aa  65.1  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0229  FmdB family regulatory protein  47.37 
 
 
99 aa  64.7  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0742  FmdB family regulatory protein  49.12 
 
 
132 aa  64.7  0.0000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.105899  normal  0.441026 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0204  regulatory protein, FmdB family  50 
 
 
81 aa  64.7  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0297929 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0558  hypothetical protein  49.12 
 
 
112 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0850  regulatory protein  49.12 
 
 
113 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.172615  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2115  FmdB transcriptional regulator  49.12 
 
 
117 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.633311  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2727  FmdB family regulatory protein  49.12 
 
 
117 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0305194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2754  hypothetical protein  49.12 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.82151  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2324  hypothetical protein  49.12 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0673  hypothetical protein  49.12 
 
 
113 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.295597  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0689  hypothetical protein  49.12 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471349  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2404  hypothetical protein  49.12 
 
 
113 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2754  FmdB family regulatory protein  49.12 
 
 
117 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0326543  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0908  regulatory protein, FmdB family  55.36 
 
 
96 aa  62.4  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2036  hypothetical protein  48.28 
 
 
95 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000459423  normal  0.717478 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1970  hypothetical protein  46.55 
 
 
81 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0601  type I antifreeze protein  47.37 
 
 
97 aa  62.4  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2573  regulatory protein, FmdB family  50.88 
 
 
86 aa  62.4  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000135331 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0161  FmdB family regulatory protein  49.12 
 
 
102 aa  62.4  0.000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.740481  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0626  regulatory protein, FmdB family  50.88 
 
 
101 aa  62.8  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0440  hypothetical protein  47.37 
 
 
86 aa  62  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6054  hypothetical protein  47.37 
 
 
115 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0912  hypothetical protein  43.86 
 
 
78 aa  62  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  2.32009e-16  decreased coverage  0.0000000881745 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4292  FmdB transcriptional regulator  49.12 
 
 
110 aa  61.6  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2778  FmdB family regulatory protein  47.37 
 
 
111 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4378  FmdB family regulatory protein  49.12 
 
 
110 aa  61.6  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.530419  normal  0.589955 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0572  FmdB family regulatory protein  47.37 
 
 
107 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.13841  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2645  FmdB family regulatory protein  47.37 
 
 
111 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.596631  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0301  hypothetical protein  42.11 
 
 
108 aa  61.6  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298186  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2625  regulatory protein, FmdB family  45.61 
 
 
75 aa  61.2  0.000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.874466  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0195  regulatory protein, FmdB family  48.28 
 
 
81 aa  61.2  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4042  hypothetical protein  49.12 
 
 
125 aa  61.6  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4670  FmdB family regulatory protein  49.12 
 
 
113 aa  61.2  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0329006  normal  0.590525 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11009  serine rich protein  47.37 
 
 
110 aa  61.2  0.000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.667745 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0379  FmdB family regulatory protein  47.37 
 
 
114 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.42078 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2229  FmdB family regulatory protein  43.86 
 
 
113 aa  60.8  0.000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1830  regulatory protein, FmdB family  49.12 
 
 
83 aa  60.5  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1777  hypothetical protein  43.86 
 
 
92 aa  60.5  0.000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36740  regulatory protein, FmdB family  43.86 
 
 
88 aa  59.7  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1142  regulatory protein, FmdB family  43.86 
 
 
95 aa  60.1  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1172  regulatory protein, FmdB family  43.86 
 
 
87 aa  59.7  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.884251  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03040  putative regulatory protein, FmdB family  50.88 
 
 
71 aa  59.7  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3106  FmdB family regulatory protein  45.61 
 
 
108 aa  59.7  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000220195  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3191  FmdB family regulatory protein  51.85 
 
 
91 aa  58.9  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1411  regulatory protein, FmdB family  50.88 
 
 
126 aa  59.3  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32690  putative regulatory protein, FmdB family  50 
 
 
112 aa  59.3  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.914233  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2866  FmdB family regulatory protein  47.37 
 
 
81 aa  59.3  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4835  FmdB family regulatory protein  49.12 
 
 
115 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.866513 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1895  FmdB family regulatory protein  47.37 
 
 
117 aa  59.3  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.448819  normal  0.145207 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23900  putative regulatory protein, FmdB family  47.37 
 
 
90 aa  58.9  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4124  regulatory protein, FmdB family  43.86 
 
 
112 aa  59.3  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0599881  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2392  regulatory protein, FmdB family  46.55 
 
 
85 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0055  hypothetical protein  47.37 
 
 
85 aa  58.5  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130554  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0056  regulatory protein, FmdB family  47.37 
 
 
85 aa  58.5  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00717185  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0785  FmdB family regulatory protein  42.11 
 
 
120 aa  58.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0801  regulatory protein, FmdB family  45.61 
 
 
90 aa  58.2  0.00000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2140  FmdB family regulatory protein  48.28 
 
 
99 aa  58.2  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.797188  normal  0.0886847 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2782  FmdB family regulatory protein  43.86 
 
 
63 aa  58.2  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155022  normal  0.0575706 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0654  regulatory protein, FmdB family  45.61 
 
 
125 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.257627  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4045  hypothetical protein  45.61 
 
 
133 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.859174  normal  0.576471 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0872  FmdB family regulatory protein  45.61 
 
 
105 aa  57.8  0.00000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.616078  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1324  FmdB family regulatory protein  45.61 
 
 
114 aa  57.8  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00811436 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3034  FmdB family regulatory protein  48.28 
 
 
84 aa  57.8  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.773747  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2798  regulatory protein, FmdB family  44.83 
 
 
88 aa  57.8  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.821801  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0512  regulatory protein, FmdB family  45.61 
 
 
94 aa  57.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3639  FmdB family regulatory protein  42.11 
 
 
105 aa  56.6  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0875  regulatory protein, FmdB family  49.15 
 
 
113 aa  55.8  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.413993  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1068  hypothetical protein  43.86 
 
 
128 aa  55.8  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.36361 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1727  regulatory protein, FmdB family  48.28 
 
 
85 aa  55.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0359754  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5455  FmdB family regulatory protein  42.11 
 
 
105 aa  55.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4011  FmdB family regulatory protein  43.86 
 
 
108 aa  55.8  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000161768 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0636  hypothetical protein  43.86 
 
 
83 aa  55.5  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108864  normal  0.992354 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0708  FmdB family regulatory protein  43.86 
 
 
100 aa  55.5  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.001557  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3821  FmdB family regulatory protein  43.1 
 
 
89 aa  55.1  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268528  normal  0.226192 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0354  regulatory protein, FmdB family  45.61 
 
 
113 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.379758  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0339  regulatory protein, FmdB family  45.61 
 
 
113 aa  54.3  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1295  hypothetical protein  42.11 
 
 
113 aa  53.5  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.30554  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0509  regulatory protein, FmdB family  44.64 
 
 
73 aa  53.1  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000024131  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>