More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0180 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0180  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  100 
 
 
484 aa  995    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1948  6-phosphogluconate dehydrogenase  65.01 
 
 
481 aa  637    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1244  6-phosphogluconate dehydrogenase  70.81 
 
 
484 aa  737    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4789  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  64.98 
 
 
486 aa  630  1e-179  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4562  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  64.62 
 
 
487 aa  624  1e-177  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11872  6-phosphogluconate dehydrogenase  63.03 
 
 
483 aa  624  1e-177  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000287104  normal  0.308881 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2762  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  62.45 
 
 
485 aa  622  1e-177  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.370116  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2839  6-phosphogluconate dehydrogenase  61.9 
 
 
486 aa  615  1e-175  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3359  6-phosphogluconate dehydrogenase  62.11 
 
 
484 aa  615  1e-175  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.191261  normal  0.983915 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2812  6-phosphogluconate dehydrogenase  61.9 
 
 
486 aa  615  1e-175  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0746874  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3598  6-phosphogluconate dehydrogenase  62.11 
 
 
486 aa  615  1e-175  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2856  6-phosphogluconate dehydrogenase  61.9 
 
 
486 aa  615  1e-175  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.904014  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3089  6-phosphogluconate dehydrogenase  61.65 
 
 
489 aa  612  9.999999999999999e-175  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.609606 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1729  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  61.91 
 
 
484 aa  610  1e-173  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.235564  normal  0.119479 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1889  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  61.62 
 
 
483 aa  609  1e-173  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0324159  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07950  6-phosphogluconate dehydrogenase  61.25 
 
 
486 aa  605  9.999999999999999e-173  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.367535  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3959  6-phosphogluconate dehydrogenase  63.6 
 
 
476 aa  604  1.0000000000000001e-171  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.111769 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16410  6-phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating)  61.15 
 
 
479 aa  601  1.0000000000000001e-171  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4301  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  61.78 
 
 
480 aa  602  1.0000000000000001e-171  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0898791  normal  0.90036 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1596  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  59.71 
 
 
480 aa  592  1e-168  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.963991  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36670  6-phosphogluconate dehydrogenase  60.67 
 
 
484 aa  583  1.0000000000000001e-165  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26583  normal  0.322334 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5683  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  58.99 
 
 
479 aa  579  1e-164  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.696376  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2102  6-phosphogluconate dehydrogenase  60.85 
 
 
479 aa  580  1e-164  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.572478  normal  0.157506 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3445  6-phosphogluconate dehydrogenase  59.41 
 
 
478 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.468283  normal  0.0734674 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3824  6-phosphogluconate dehydrogenase  59.45 
 
 
478 aa  566  1e-160  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.75231  normal  0.03216 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2449  6-phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating)  58.09 
 
 
478 aa  567  1e-160  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2816  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  58.7 
 
 
475 aa  568  1e-160  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0492392  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1061  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  57.02 
 
 
477 aa  554  1e-156  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.142467  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1141  6-phosphogluconate dehydrogenase  59.46 
 
 
479 aa  544  1e-153  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2197  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  57.45 
 
 
478 aa  542  1e-153  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000401969 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2279  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.89 
 
 
471 aa  533  1e-150  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000283239  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1204  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.68 
 
 
468 aa  534  1e-150  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09430  6-phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating)  56.65 
 
 
520 aa  533  1e-150  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2847  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.12 
 
 
468 aa  529  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1320  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.56 
 
 
468 aa  530  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0119731  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2183  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.55 
 
 
468 aa  525  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000119365  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0326  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.04 
 
 
469 aa  528  1e-148  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1613  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.33 
 
 
468 aa  525  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01931  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.12 
 
 
468 aa  523  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1628  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  54.55 
 
 
468 aa  524  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00766748  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1031  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.91 
 
 
468 aa  524  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01917  hypothetical protein  54.12 
 
 
468 aa  523  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2420  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.56 
 
 
468 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511918  hitchhiker  0.0040278 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1202  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.33 
 
 
468 aa  524  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.141646  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2307  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.56 
 
 
468 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97354  hitchhiker  0.00484467 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2260  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.56 
 
 
468 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00724007 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1608  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.6 
 
 
468 aa  524  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.222702 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2320  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.33 
 
 
468 aa  523  1e-147  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2210  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.27 
 
 
469 aa  524  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.828318  normal  0.666462 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2206  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.78 
 
 
468 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.553067  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2962  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.33 
 
 
468 aa  524  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000250075 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2309  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.56 
 
 
468 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00877145 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3014  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.19 
 
 
468 aa  518  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000146076  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1524  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  56.78 
 
 
490 aa  516  1.0000000000000001e-145  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0631947 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4715  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.7 
 
 
469 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246176  decreased coverage  0.00597476 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2535  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.39 
 
 
469 aa  515  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2436  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.39 
 
 
469 aa  515  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3177  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.39 
 
 
469 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.635161 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2642  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.12 
 
 
468 aa  517  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0631  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.04 
 
 
471 aa  514  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.410653  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0420  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.4 
 
 
471 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0828  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.4 
 
 
471 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.742561  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2376  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.4 
 
 
471 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0469  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.4 
 
 
471 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2515  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.4 
 
 
471 aa  510  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.864381  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1798  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.4 
 
 
471 aa  510  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2404  6-phosphogluconate dehydrogenase  52.74 
 
 
484 aa  508  9.999999999999999e-143  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1694  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  52.17 
 
 
474 aa  506  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5973  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.7 
 
 
469 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.91163  normal  0.882355 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4083  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  51.05 
 
 
484 aa  503  1e-141  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0642645  normal  0.213475 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0642  6-phosphogluconate dehydrogenase  52.33 
 
 
472 aa  504  1e-141  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000463294  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0924  6-phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating)  52.94 
 
 
475 aa  503  1e-141  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.273894  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0039  6-phosphogluconate dehydrogenase  52.75 
 
 
471 aa  501  1e-140  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.554725  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2625  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  53.42 
 
 
483 aa  495  1e-139  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2181  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.73 
 
 
470 aa  496  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.296225  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3801  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.94 
 
 
470 aa  495  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.835565 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4676  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.94 
 
 
470 aa  498  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0753605  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4459  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.73 
 
 
470 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.562999  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3620  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.73 
 
 
470 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3285  6-phosphogluconate dehydrogenase  54.16 
 
 
470 aa  498  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3907  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.73 
 
 
470 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1275  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  51.71 
 
 
476 aa  494  9.999999999999999e-139  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.374225  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0833  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  51.39 
 
 
490 aa  492  9.999999999999999e-139  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3297  6-phosphogluconate dehydrogenase  52.55 
 
 
475 aa  494  9.999999999999999e-139  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0397  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  50.64 
 
 
468 aa  493  9.999999999999999e-139  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2527  6-phosphogluconate dehydrogenase  51.71 
 
 
476 aa  490  1e-137  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.585801 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1582  6-phosphogluconate dehydrogenase  51.59 
 
 
482 aa  490  1e-137  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0292783 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1766  6-phosphogluconate dehydrogenase  50.1 
 
 
478 aa  485  1e-136  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232976  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2297  6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating  51.03 
 
 
490 aa  485  1e-136  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.799207  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0635  6-phosphogluconate dehydrogenase  53.38 
 
 
484 aa  488  1e-136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0892  6-phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating)  51.05 
 
 
477 aa  486  1e-136  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.305911  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1601  6-phosphogluconate dehydrogenase  51.37 
 
 
468 aa  483  1e-135  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1569  6-phosphogluconate dehydrogenase  51.37 
 
 
468 aa  483  1e-135  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1950  6-phosphogluconate dehydrogenase  50.2 
 
 
505 aa  481  1e-134  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2258  6-phosphogluconate dehydrogenase  52.02 
 
 
473 aa  480  1e-134  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0166  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.23 
 
 
469 aa  479  1e-134  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0157  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.45 
 
 
469 aa  481  1e-134  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0164  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.23 
 
 
469 aa  479  1e-134  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0208  6-phosphogluconate dehydrogenase  49.45 
 
 
469 aa  481  1e-134  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2309  6-phosphogluconate dehydrogenase  52.02 
 
 
473 aa  480  1e-134  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.627768 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>