More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0088 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0088  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  100 
 
 		 266 aa  539  9.999999999999999e-153  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000154646 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1222  hypothetical protein  55.84 
 
 		 271 aa  276  3e-73  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2378  alanine racemase domain protein  42.17 
 
 		 245 aa  176  3e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1178  alanine racemase domain protein  42.91 
 
 		 255 aa  168  8e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0146091  normal  0.161066 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4225  alanine racemase domain protein  43.32 
 
 		 249 aa  165  6.9999999999999995e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0670129  normal  0.153387 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0792  hypothetical protein  38.19 
 
 		 234 aa  162  6e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000822407  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1431  alanine racemase domain protein  40.76 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3256  alanine racemase domain-containing protein  39.67 
 
 		 228 aa  157  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.902673  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10850  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  44.12 
 
 		 273 aa  155  7e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.384201  normal  0.913003 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2168  alanine racemase domain protein  41.1 
 
 		 244 aa  154  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0491  alanine racemase domain protein  40 
 
 		 244 aa  153  2.9999999999999998e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000538385  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2315  hypothetical protein  37.96 
 
 		 275 aa  152  5e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000951598  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1272  alanine racemase domain protein  40.64 
 
 		 218 aa  151  1e-35  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3685  alanine racemase domain-containing protein  36.78 
 
 		 237 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000728212  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1789  alanine racemase domain protein  40.49 
 
 		 246 aa  143  3e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2362  alanine racemase domain-containing protein  33.46 
 
 		 253 aa  142  5e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000227174  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03080  alanine racemase domain protein  37.7 
 
 		 234 aa  141  9e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00378005  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0816  alanine racemase domain protein  37.14 
 
 		 230 aa  141  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000900984  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  37.19 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1350  hypothetical protein  40.18 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0596  alanine racemase domain protein  36.69 
 
 		 235 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000505441  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0906  alanine racemase domain protein  35.92 
 
 		 241 aa  140  3e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.248468  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0153  alanine racemase domain-containing protein  36.78 
 
 		 235 aa  139  3.9999999999999997e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00359094  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0896  hypothetical protein  36.48 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000533107 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4204  hypothetical protein  37.25 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810944  hitchhiker  0.00932277 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2383  alanine racemase domain protein  39.27 
 
 		 257 aa  139  6e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08000  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  41.2 
 
 		 252 aa  137  1e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0412796  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1344  alanine racemase domain protein  35.46 
 
 		 233 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000474178  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1145  alanine racemase domain-containing protein  38.39 
 
 		 261 aa  137  2e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1237  hypothetical protein  38.22 
 
 		 261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3884  hypothetical protein  38.37 
 
 		 229 aa  136  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.508799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0341  hypothetical protein  38.27 
 
 		 237 aa  136  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4212  alanine racemase domain-containing protein  37.6 
 
 		 269 aa  136  4e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0294103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3040  alanine racemase domain-containing protein  36.78 
 
 		 232 aa  136  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.532898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1189  alanine racemase domain-containing protein  35.22 
 
 		 235 aa  135  5e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000138535  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0858  hypothetical protein  39.82 
 
 		 236 aa  135  8e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0454343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1265  alanine racemase domain protein  34.96 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2544  hypothetical protein  38.18 
 
 		 231 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1552  alanine racemase domain-containing protein  36.96 
 
 		 248 aa  134  9.999999999999999e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2687  alanine racemase domain-containing protein  38.11 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.91415  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4019  alanine racemase domain protein  37.39 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.69419  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  36.89 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4150  alanine racemase domain-containing protein  36.59 
 
 		 230 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.766912 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6110  alanine racemase domain protein  38.02 
 
 		 244 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2071  alanine racemase domain protein  37.86 
 
 		 229 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2860  hypothetical protein  37.8 
 
 		 228 aa  133  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00719508  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2707  alanine racemase domain protein  35.08 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0546341  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1533  alanine racemase domain protein  34.27 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3352  hypothetical protein  37.55 
 
 		 237 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2126  hypothetical protein  36.16 
 
 		 224 aa  132  5e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0939  alanine racemase domain protein  37.5 
 
 		 229 aa  132  5e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1026  alanine racemase domain-containing protein  34.73 
 
 		 229 aa  132  5e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1094  alanine racemase domain-containing protein  34.73 
 
 		 229 aa  132  5e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.952967  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2732  hypothetical protein  37.14 
 
 		 244 aa  132  6e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.688712  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1555  alanine racemase domain protein  33.88 
 
 		 224 aa  132  6.999999999999999e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0460  alanine racemase domain protein  38.24 
 
 		 228 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2011  alanine racemase domain protein  34.57 
 
 		 220 aa  131  9e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1763  alanine racemase domain protein  36.07 
 
 		 231 aa  131  9e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.510381  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3839  alanine racemase domain protein  36.55 
 
 		 280 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1991  hypothetical protein  35.1 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3003  hypothetical protein  36.89 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3251  alanine racemase domain-containing protein  38.19 
 
 		 244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.183035  hitchhiker  0.000198069 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1137  alanine racemase domain-containing protein  35.25 
 
 		 233 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1487  hypothetical protein  36.36 
 
 		 240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.164906  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0085  alanine racemase domain protein  36.21 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2919  alanine racemase domain protein  35.12 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.489919  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3657  alanine racemase domain-containing protein  35.39 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0664896  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1356  alanine racemase domain-containing protein  32.38 
 
 		 231 aa  130  3e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2415  alanine racemase domain protein  36.86 
 
 		 237 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2919  alanine racemase domain protein  38.55 
 
 		 238 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1802  alanine racemase domain protein  36.36 
 
 		 229 aa  130  3e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09518  hypothetical protein  34.6 
 
 		 219 aa  130  3e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002457  hypothetical protein  35.25 
 
 		 233 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0371  alanine racemase domain-containing protein  36.03 
 
 		 228 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0013  hypothetical protein  36.18 
 
 		 236 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0478  hypothetical protein  35.12 
 
 		 229 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1659  alanine racemase domain protein  36.07 
 
 		 229 aa  129  6e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1539  alanine racemase domain-containing protein  32.49 
 
 		 228 aa  129  6e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.237332  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1232  alanine racemase domain-containing protein  35.54 
 
 		 234 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  normal  0.432188 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1141  hypothetical protein  35 
 
 		 271 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03578  hypothetical protein  35.25 
 
 		 236 aa  128  8.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2801  hypothetical protein  37.3 
 
 		 229 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  37.45 
 
 		 232 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3054  hypothetical protein  39.09 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.281414  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1193  hypothetical protein  36.48 
 
 		 238 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1264  hypothetical protein  36.07 
 
 		 238 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00567806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0953  hypothetical protein  35.83 
 
 		 225 aa  128  1.0000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000358691  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3134  alanine racemase domain protein  36.84 
 
 		 262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0668  hypothetical protein  35.66 
 
 		 236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.208135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1865  alanine racemase domain protein  39.43 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.227715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1779  alanine racemase domain protein  36.36 
 
 		 229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.840113 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1127  alanine racemase domain-containing protein  36.07 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0116545  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1194  hypothetical protein  36.48 
 
 		 238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0326541  normal  0.680899 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1996  hypothetical protein  34.98 
 
 		 230 aa  127  3e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1082  alanine racemase domain protein  33.47 
 
 		 225 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000765684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5144  alanine racemase domain-containing protein  38.16 
 
 		 228 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1365  alanine racemase domain-containing protein  39.91 
 
 		 213 aa  125  6e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0384344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2661  hypothetical protein  34.39 
 
 		 220 aa  125  6e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1699  alanine racemase domain protein  35.98 
 
 		 253 aa  125  6e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.021514 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4142  alanine racemase domain-containing protein  35.54 
 
 		 243 aa  124  1e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>