More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0087 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0087  tRNA synthetase class I (E and Q), catalytic domain protein  100 
 
 
374 aa  770  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.62423e-07 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1586  glutamyl-tRNA synthetase  46.34 
 
 
369 aa  305  1e-81  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1332  Glutamate--tRNA ligase  42.52 
 
 
311 aa  239  7e-62  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  2.57577e-07  decreased coverage  0.00027046 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1769  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  43.35 
 
 
331 aa  231  1e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07310  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  40.92 
 
 
318 aa  215  1e-54  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13470  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  41.55 
 
 
317 aa  204  3e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.301512  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1396  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  37.58 
 
 
334 aa  203  5e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.535698  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1586  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  40.13 
 
 
313 aa  201  1e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.384476  normal  0.0681988 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0334  Glutamate--tRNA ligase  34.07 
 
 
373 aa  193  4e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.374336 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0605  glutamate--tRNA ligase  40.88 
 
 
316 aa  193  5e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0319  glutamate--tRNA ligase  37.73 
 
 
337 aa  187  4e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.468556  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0306  Glutamate--tRNA ligase  38.76 
 
 
323 aa  185  1e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2004  glutamyl-tRNA synthetase  34.12 
 
 
329 aa  185  1e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.266458  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0317  Glutamate--tRNA ligase  38.28 
 
 
323 aa  183  5e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0867  Glutamate--tRNA ligase  36.79 
 
 
327 aa  182  9e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1109  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  37.76 
 
 
299 aa  181  3e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1780  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  35.1 
 
 
314 aa  179  5e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.234416 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3073  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  34.2 
 
 
310 aa  179  8e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0570  Glutamate--tRNA ligase  38.02 
 
 
319 aa  179  9e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1188  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  35.28 
 
 
310 aa  178  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0787184 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2904  glutamate--tRNA ligase  38.54 
 
 
338 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.437681  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2698  glutamyl- and glutaminyl- tRNA synthetase  38.57 
 
 
311 aa  177  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.86478e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1329  tRNA synthetase class I domain-containing protein  37.17 
 
 
314 aa  177  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0295  glutamate--tRNA ligase  37.58 
 
 
323 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.436066  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0797  glutamate--tRNA ligase  37.54 
 
 
303 aa  176  5e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  3.76322e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2709  glutamyl-tRNA synthetase  35.97 
 
 
301 aa  175  1e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.63084  normal  0.578011 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0947  Glutamate--tRNA ligase  35.26 
 
 
313 aa  174  3e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.507725  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2934  glutamate--tRNA ligase  37.94 
 
 
327 aa  173  5e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0900886  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3769  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.01 
 
 
301 aa  172  6e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0219396 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3450  glutamyl-tRNA synthetase class Ic  34.39 
 
 
330 aa  172  7e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2226  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  39.02 
 
 
311 aa  172  8e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  1.78146e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2581  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  37.5 
 
 
310 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2081  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  37.69 
 
 
294 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.178855  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4720  glutamate--tRNA ligase  38.83 
 
 
292 aa  170  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.943988  normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4805  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  39.21 
 
 
298 aa  170  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0167775  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42650  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.96 
 
 
298 aa  168  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404894  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1023  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  35.89 
 
 
303 aa  167  2e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.202098  hitchhiker  3.45941e-06 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4692  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.97 
 
 
295 aa  166  7e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  6.87127e-06 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0740  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.6 
 
 
295 aa  166  9e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  6.57167e-09 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1251  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.94 
 
 
296 aa  165  9e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.540986  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3764  Glutamate--tRNA ligase  37.31 
 
 
297 aa  166  9e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0670  glutamyl-tRNA synthetase  34.59 
 
 
464 aa  165  1e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.418683  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0900  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.06 
 
 
301 aa  165  1e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3586  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.04 
 
 
294 aa  164  2e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08460  glutamyl-tRNA synthetase  32.69 
 
 
498 aa  164  2e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.842364  normal  0.487414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2408  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  32.63 
 
 
314 aa  164  2e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0967  glutamyl-tRNA synthetase-related protein  37.91 
 
 
295 aa  164  2e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2900  glutamate--tRNA ligase  38.83 
 
 
302 aa  164  2e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0201877  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02670  glutamyl- or glutaminyl-tRNA synthetase  35.78 
 
 
328 aa  163  4e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.374446  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4694  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.24 
 
 
300 aa  163  5e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  hitchhiker  0.000909372 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2014  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  34.87 
 
 
311 aa  163  5e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2315  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  37.31 
 
 
298 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1703  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  37.31 
 
 
298 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3110  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  36.27 
 
 
284 aa  162  7e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.599577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4558  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.24 
 
 
300 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  5.48174e-06 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4042  Glutamate--tRNA ligase  36.16 
 
 
285 aa  161  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0834  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  37.55 
 
 
295 aa  162  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00133315 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1905  glutamate--tRNA ligase  34.89 
 
 
309 aa  162  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0217385  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1882  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  34.07 
 
 
295 aa  160  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3371  glutamate--tRNA ligase  36.82 
 
 
309 aa  160  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0108  glutamyl-tRNA synthetase  37.25 
 
 
477 aa  161  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1302  glutamyl-tRNA synthetase  32.49 
 
 
535 aa  161  2e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2338  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  37.31 
 
 
298 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0246272 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2234  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.26 
 
 
294 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0962  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  37.31 
 
 
298 aa  160  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.294785  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3294  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.19 
 
 
296 aa  160  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3343  Glutamate--tRNA ligase  33.84 
 
 
338 aa  159  6e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.533309  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1031  glutamate--tRNA ligase  37.45 
 
 
283 aa  159  8e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2210  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.4 
 
 
315 aa  159  8e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.895513  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1782  Glutamate--tRNA ligase  37.72 
 
 
323 aa  158  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1982  glutamate--tRNA ligase  38.28 
 
 
323 aa  157  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.926165 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1233  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.79 
 
 
296 aa  157  3e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.447568  normal  0.0288811 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1203  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.57 
 
 
297 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.603954  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1195  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.57 
 
 
297 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0519068  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1041  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.57 
 
 
297 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.512398  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0827  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.57 
 
 
297 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0324  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.57 
 
 
297 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1353  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.57 
 
 
297 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2279  glutamyl-tRNA synthetase  32.88 
 
 
467 aa  157  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  5.0225e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1915  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.57 
 
 
297 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00194048  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1944  glutamyl-tRNA synthetase  32.54 
 
 
467 aa  156  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3061  glutamyl-tRNA synthetase, class Ic  37.21 
 
 
291 aa  156  5e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.293014  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1219  glutamyl-tRNA synthetase  32.54 
 
 
466 aa  156  6e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.144634  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4941  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.32 
 
 
293 aa  156  6e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1046  Glutamate--tRNA ligase  36.66 
 
 
296 aa  156  6e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00244442 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5029  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  38.32 
 
 
293 aa  156  6e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0927  glutamyl-tRNA synthetase-related protein  36.66 
 
 
296 aa  156  6e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5657  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  36.94 
 
 
297 aa  155  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2648  glutamyl-tRNA synthetase  32.77 
 
 
464 aa  155  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3985  glutamate--tRNA ligase  37.69 
 
 
298 aa  155  1e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3469  glutamyl-Q tRNA(Asp) synthetase  33.55 
 
 
394 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  1.16518e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4049  glutamate--tRNA ligase  35.66 
 
 
312 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.963278  normal  0.0953958 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2300  glutamyl-tRNA synthetase  31.97 
 
 
467 aa  154  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0121801  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0690  glutamate--tRNA ligase  37.41 
 
 
300 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.858834 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2628  glutamyl-/ glutaminyl-tRNA synthetase  35.37 
 
 
277 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1164  glutamate--tRNA ligase  36.08 
 
 
276 aa  154  3e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.647916  normal  0.361604 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09840  glutamyl-tRNA synthetase  32.37 
 
 
492 aa  153  4e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.224887 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0422  glutamyl-tRNA synthetase  31.29 
 
 
466 aa  152  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.869081  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0584  glutamyl-tRNA synthetase  31.29 
 
 
466 aa  152  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.779579  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1667  glutamyl-tRNA synthetase  34.43 
 
 
465 aa  152  7e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.194864  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>