More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0051 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0051  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 
255 aa  523  1e-147  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1441  16S rRNA methyltransferase GidB  65 
 
 
221 aa  291  6e-78  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2553  methyltransferase GidB  46.12 
 
 
210 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000314957  normal  0.233739 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3722  methyltransferase GidB  42.48 
 
 
228 aa  171  6.999999999999999e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000000027143  hitchhiker  0.00000187347 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3932  16S rRNA methyltransferase GidB  46.67 
 
 
216 aa  171  2e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000765398 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_38010  glucose-inhibited division protein B  40.95 
 
 
210 aa  169  3e-41  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4167  16S rRNA methyltransferase GidB  45.71 
 
 
228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3374  methyltransferase GidB  38.3 
 
 
242 aa  162  6e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7094  methyltransferase GidB  43.13 
 
 
223 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39750  glucose-inhibited division protein B  44.93 
 
 
225 aa  156  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.201257  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31930  glucose-inhibited division protein B  42.92 
 
 
221 aa  152  5e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23430  16S rRNA methyltransferase GidB  41.23 
 
 
241 aa  150  1e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9051  16S rRNA methyltransferase GidB  40.76 
 
 
245 aa  148  7e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0166723  normal  0.835328 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5784  16S rRNA methyltransferase GidB  38.5 
 
 
225 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0206259 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3112  16S rRNA methyltransferase GidB  46.99 
 
 
237 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.26699  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4220  methyltransferase GidB  45.5 
 
 
212 aa  145  5e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.113234  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3590  methyltransferase GidB  37.93 
 
 
226 aa  145  9e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4980  methyltransferase GidB  40 
 
 
210 aa  144  1e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5408  16S rRNA methyltransferase GidB  38.03 
 
 
225 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  38.03 
 
 
225 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0894552  normal  0.113174 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9385  S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase involved in cell division-like protein  41.67 
 
 
236 aa  142  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5410  methyltransferase GidB  38.92 
 
 
262 aa  137  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6482  methyltransferase GidB  42.02 
 
 
213 aa  137  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0936076 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4588  16S rRNA methyltransferase GidB  39.9 
 
 
242 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.188204  hitchhiker  0.000465387 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26990  glucose-inhibited division protein B  42.93 
 
 
241 aa  135  8e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5091  methyltransferase GidB  39.71 
 
 
223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4859  methyltransferase GidB  37.69 
 
 
205 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0833  16S rRNA methyltransferase GidB  37.68 
 
 
227 aa  129  6e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.885711 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4508  methyltransferase GidB  38.25 
 
 
254 aa  128  9.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0275677 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6073  16S rRNA methyltransferase GidB  41.62 
 
 
227 aa  128  9.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.942341  normal  0.22977 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5106  16S rRNA methyltransferase GidB  39.05 
 
 
242 aa  126  3e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000203893 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4238  methyltransferase GidB  34.91 
 
 
239 aa  125  6e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4695  methyltransferase GidB  39.27 
 
 
250 aa  124  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0675107  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2156  methyltransferase GidB  44.31 
 
 
222 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13954  16S rRNA methyltransferase GidB  31.92 
 
 
224 aa  118  7.999999999999999e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4863  methyltransferase GidB  43.29 
 
 
236 aa  112  5e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0314819  normal  0.0271689 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7334  16S rRNA methyltransferase GidB  42.14 
 
 
306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.665559 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4542  16S rRNA methyltransferase GidB  35.08 
 
 
265 aa  105  7e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4009  methyltransferase GidB  31.74 
 
 
231 aa  99.4  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00213525  hitchhiker  0.00000000363002 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1744  16S rRNA methyltransferase GidB  32.02 
 
 
239 aa  94.7  1e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000198478  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0001  methyltransferase GidB  34.52 
 
 
209 aa  93.2  4e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0073145  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4955  methyltransferase GidB  30.43 
 
 
239 aa  92.4  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000894491  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2216  16S rRNA methyltransferase GidB  36.05 
 
 
234 aa  92  9e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0027  16S rRNA methyltransferase GidB  29.95 
 
 
226 aa  91.3  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.292216 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2667  16S rRNA methyltransferase GidB  36.18 
 
 
239 aa  91.3  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2989  16S rRNA methyltransferase GidB  36.18 
 
 
239 aa  90.9  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0345  16S rRNA methyltransferase GidB  31.33 
 
 
239 aa  91.3  2e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0046  16S rRNA methyltransferase GidB  29.95 
 
 
226 aa  90.1  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4363  methyltransferase GidB  33.15 
 
 
236 aa  90.5  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1466  16S rRNA methyltransferase GidB  31.17 
 
 
238 aa  89.7  4e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.561264  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1084  methyltransferase GidB  26.56 
 
 
231 aa  89.4  5e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3427  16S rRNA methyltransferase GidB  35.77 
 
 
238 aa  89  6e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2035  16S rRNA methyltransferase GidB  32.18 
 
 
221 aa  89  6e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00382628  normal  0.306355 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2407  16S rRNA methyltransferase GidB  29.93 
 
 
240 aa  87.8  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1938  methyltransferase GidB  35.76 
 
 
209 aa  87.4  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.599081  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0005  16S rRNA methyltransferase GidB  32.89 
 
 
239 aa  87  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.194064  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2732  16S rRNA methyltransferase GidB  32.61 
 
 
239 aa  86.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2789  16S rRNA methyltransferase GidB  32.61 
 
 
239 aa  86.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3555  16S rRNA methyltransferase GidB  34.01 
 
 
238 aa  86.3  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3356  16S rRNA methyltransferase GidB  36.88 
 
 
235 aa  85.9  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0807  16S rRNA methyltransferase GidB  31.36 
 
 
231 aa  85.9  6e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0390  16S rRNA methyltransferase GidB  33.55 
 
 
237 aa  85.1  9e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3327  16S rRNA methyltransferase GidB  31.21 
 
 
223 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0247343  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3084  16S rRNA methyltransferase GidB  30.73 
 
 
238 aa  84.7  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.247732  unclonable  0.0000000260442 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2176  methyltransferase GidB  30.06 
 
 
216 aa  85.1  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000122528  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4197  16S rRNA methyltransferase GidB  31.21 
 
 
218 aa  85.1  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000264563 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4265  16S rRNA methyltransferase GidB  34.27 
 
 
207 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2363  methyltransferase GidB  29.24 
 
 
242 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.720797  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0251  methyltransferase GidB  26.52 
 
 
231 aa  84.3  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04093  glucose-inhibited division protein B  30 
 
 
211 aa  84  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4100  16S rRNA methyltransferase GidB  34.27 
 
 
207 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205274  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4206  16S rRNA methyltransferase GidB  34.27 
 
 
207 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0819041  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4156  16S rRNA methyltransferase GidB  34.27 
 
 
207 aa  84  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00135676  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1731  methyltransferase GidB  35.37 
 
 
210 aa  84.3  0.000000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.365067  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3365  16S rRNA methyltransferase GidB  35.48 
 
 
234 aa  83.6  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.653683  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1822  16S rRNA methyltransferase GidB  31.21 
 
 
234 aa  83.2  0.000000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4085  16S rRNA methyltransferase GidB  34.27 
 
 
207 aa  83.2  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0040729  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2147  methyltransferase GidB  35.94 
 
 
241 aa  83.2  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl662  16S rRNA methyltransferase GidB  28.81 
 
 
237 aa  83.2  0.000000000000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2517  methyltransferase GidB  29.05 
 
 
240 aa  83.2  0.000000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00460923  hitchhiker  0.00173513 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3140  methyltransferase GidB  30.06 
 
 
217 aa  82.4  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0431  16S rRNA methyltransferase GidB  32.26 
 
 
233 aa  82.4  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23540  methyltransferase GidB  32.03 
 
 
240 aa  82.4  0.000000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3484  methyltransferase GidB  29.25 
 
 
241 aa  82  0.000000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03624  glucose-inhibited division protein  31.76 
 
 
207 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0012473  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4227  methyltransferase GidB  31.76 
 
 
207 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000380789  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0016  methyltransferase GidB  30.15 
 
 
222 aa  81.3  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.525658  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4254  16S rRNA methyltransferase GidB  31.76 
 
 
207 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0110141  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_682  methyltransferase  33.55 
 
 
235 aa  81.3  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3956  16S rRNA methyltransferase GidB  31.76 
 
 
207 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03568  hypothetical protein  31.76 
 
 
207 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00122769  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  30.98 
 
 
228 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.978547  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4108  16S rRNA methyltransferase GidB  31.76 
 
 
207 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000252823  normal  0.110996 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4181  16S rRNA methyltransferase GidB  31.76 
 
 
207 aa  81.3  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0352  16S rRNA methyltransferase GidB  34.25 
 
 
237 aa  81.3  0.00000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.201339  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3322  methyltransferase GidB  27.75 
 
 
240 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4022  16S rRNA methyltransferase GidB  33.33 
 
 
239 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5176  16S rRNA methyltransferase GidB  31.76 
 
 
207 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000263973  normal  0.0413042 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0047  16S rRNA methyltransferase GidB  28.05 
 
 
219 aa  80.5  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3939  methyltransferase GidB  31.78 
 
 
242 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.84528  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>