298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0025 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0025  peptidase, S54 (rhomboid) family protein  100 
 
 		 234 aa  471  1e-132  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.777845 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1388  hypothetical protein  43.58 
 
 		 201 aa  148  6e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0160544  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00140  uncharacterized membrane protein  40.82 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.322641  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0019  Rhomboid family protein  35.63 
 
 		 238 aa  116  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  38.96 
 
 		 292 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  47.41 
 
 		 286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0106  rhomboid-like protein  40.27 
 
 		 291 aa  104  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314738  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0020  Rhomboid family protein  31.25 
 
 		 315 aa  103  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00150  uncharacterized membrane protein  36.87 
 
 		 306 aa  100  2e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.143019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0013  rhomboid family protein  36.99 
 
 		 293 aa  99.4  5e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000112499  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5753  rhomboid family protein  36.12 
 
 		 290 aa  99  6e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0172846 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0014  Rhomboid family protein  36.67 
 
 		 292 aa  98.6  7e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1071  rhomboid family protein  38.2 
 
 		 279 aa  93.6  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.254711 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0012  Rhomboid family protein  32.78 
 
 		 282 aa  89  6e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0013  rhomboid family protein  41.22 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3784  rhomboid family protein  43.26 
 
 		 283 aa  87.4  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0327167 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0018  rhomboid family protein  44.36 
 
 		 306 aa  86.3  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.417524  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10111  integral membrane protein  37.41 
 
 		 284 aa  82.4  0.000000000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000358908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1097  rhomboid family protein  44.53 
 
 		 281 aa  82  0.000000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.562508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  39.85 
 
 		 303 aa  81.6  0.000000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02120  uncharacterized membrane protein  30.68 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.457704  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  38.1 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  31.72 
 
 		 289 aa  79  0.00000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  39.1 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  39.1 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00720  uncharacterized membrane protein  34.85 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1842  rhomboid-like protein  32.98 
 
 		 356 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000517898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0069  Rhomboid family protein  34.76 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00270  uncharacterized membrane protein  38.36 
 
 		 336 aa  75.9  0.0000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.361521  normal  0.0722571 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  36.92 
 
 		 303 aa  75.5  0.0000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0021  Rhomboid family protein  34.01 
 
 		 303 aa  75.1  0.0000000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5244  Rhomboid family protein  38.97 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.159225  hitchhiker  0.00568338 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  38.89 
 
 		 356 aa  74.7  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2850  Rhomboid family protein  36.65 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1881  rhomboid-like protein  38.51 
 
 		 365 aa  73.2  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.210554  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1114  rhomboid family protein  31.79 
 
 		 486 aa  72  0.000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1860  Rhomboid family protein  33.59 
 
 		 519 aa  71.6  0.000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000892671  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0621  Rhomboid family protein  31.79 
 
 		 359 aa  71.2  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.273052 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3513  rhomboid family protein  38.85 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1301  rhomboid family protein  32.24 
 
 		 205 aa  70.5  0.00000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2381  Rhomboid family protein  33.14 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1000  rhomboid family protein  37.5 
 
 		 528 aa  69.7  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0993  rhomboid family protein  37.86 
 
 		 541 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1655  rhomboid family protein  31.25 
 
 		 376 aa  69.7  0.00000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.51113  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0042  rhomboid family protein  36.88 
 
 		 396 aa  69.7  0.00000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0740017  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  35.71 
 
 		 298 aa  68.6  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3861  putative intramembrane serine protease  33.79 
 
 		 554 aa  68.6  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0919  membrane-associated serine protease  37.31 
 
 		 236 aa  68.6  0.00000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.473127  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2462  rhomboid-like protein  36.05 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0209  rhomboid family protein  37.67 
 
 		 226 aa  67.8  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.292506  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1890  rhomboid-like protein  31.18 
 
 		 348 aa  67.8  0.0000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.56685  normal  0.043367 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_139  rhomboid  32.97 
 
 		 190 aa  68.2  0.0000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2772  Rhomboid family protein  36.36 
 
 		 327 aa  67  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0134259  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1607  rhomboid family protein  30.77 
 
 		 487 aa  67  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0693268  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1641  rhomboid family protein  30.77 
 
 		 487 aa  67  0.0000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.423795  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0857  rhomboid-like protein  31.28 
 
 		 279 aa  67  0.0000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00124204  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  33.57 
 
 		 342 aa  67  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1811  membrane-associated serine protease  32.34 
 
 		 224 aa  66.6  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  33.57 
 
 		 342 aa  66.2  0.0000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1658  rhomboid family protein  44.83 
 
 		 444 aa  66.2  0.0000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.598011  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0191  Rhomboid family protein  35.95 
 
 		 386 aa  65.9  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1449  Rhomboid family protein  29.78 
 
 		 263 aa  65.9  0.0000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.6312  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  29.9 
 
 		 358 aa  65.5  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0829  rhomboid family protein  38.36 
 
 		 520 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.186643  normal  0.166239 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4443  rhomboid-like protein  28.73 
 
 		 275 aa  65.1  0.0000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.6785  normal  0.502259 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0674  membrane-associated serine protease  31.72 
 
 		 227 aa  65.1  0.0000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.263581  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21960  uncharacterized membrane protein  27.23 
 
 		 267 aa  64.7  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00559972  decreased coverage  0.002494 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3194  rhomboid family protein  37.67 
 
 		 520 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  35.48 
 
 		 625 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  35.48 
 
 		 625 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0199  rhomboid family protein  27.36 
 
 		 232 aa  63.5  0.000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0957331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  35.48 
 
 		 625 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3068  rhomboid family protein  38.98 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000231601  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3385  rhomboid family protein  35.56 
 
 		 541 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0958  rhomboid family protein  42.7 
 
 		 547 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0686  rhomboid family protein  29.52 
 
 		 231 aa  62.8  0.000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0078809 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1683  rhomboid family protein  29.44 
 
 		 248 aa  62.8  0.000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000993388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0239  rhomboid family protein  28.48 
 
 		 251 aa  62.4  0.000000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.270318 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0774  rhomboid family protein  33.73 
 
 		 360 aa  62  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  31.25 
 
 		 579 aa  62  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1021  rhomboid family protein  31.43 
 
 		 172 aa  61.6  0.000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0537483  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1090  rhomboid family protein  39.06 
 
 		 184 aa  61.6  0.00000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2486  Rhomboid family protein  35.83 
 
 		 240 aa  61.2  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.19288  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0736  hypothetical protein  32.48 
 
 		 362 aa  61.2  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1249  rhomboid family protein  28.57 
 
 		 231 aa  61.2  0.00000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1050  Rhomboid family protein  32.73 
 
 		 220 aa  61.2  0.00000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1083  rhomboid family protein  31.43 
 
 		 172 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.400512  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0732  conserved hypothetical integral membrane protein, Rhomboid family  35.61 
 
 		 176 aa  60.8  0.00000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000749647  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31680  predicted protein  33.8 
 
 		 268 aa  60.5  0.00000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0246535  normal  0.737397 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0909  rhomboid family protein  35.11 
 
 		 523 aa  60.8  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.710652  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3291  rhomboid family protein  36.3 
 
 		 525 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0883  rhomboid family protein  36.76 
 
 		 172 aa  60.5  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2719  Rhomboid family protein  27.95 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.581136  normal  0.114622 
 
 
-
 
NC_002936  DET0132  rhomboid family protein  32.12 
 
 		 190 aa  60.1  0.00000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  35.16 
 
 		 625 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0917  rhomboid family protein  36.43 
 
 		 177 aa  60.1  0.00000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3394  Rhomboid family protein  27.33 
 
 		 198 aa  59.3  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0125  rhomboid family protein  27.27 
 
 		 381 aa  59.7  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0786  rhomboid family protein  30.71 
 
 		 172 aa  59.3  0.00000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.169699  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1663  integral membrane protein  31.34 
 
 		 220 aa  59.3  0.00000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.771185  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>