More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0020 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0020  tryptophan--tRNA ligase  100 
 
 		 363 aa  748    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.15256 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1393  tryptophanyl-tRNA synthetase  92.01 
 
 		 363 aa  698    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14880  tryptophanyl-tRNA synthetase  75 
 
 		 349 aa  539  9.999999999999999e-153  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00197202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0653  tryptophanyl-tRNA synthetase  73.56 
 
 		 349 aa  530  1e-149  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00257706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1317  tryptophanyl-tRNA synthetase  72.91 
 
 		 348 aa  530  1e-149  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0172213  normal  0.0239999 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12310  tryptophanyl-tRNA synthetase  58.99 
 
 		 358 aa  423  1e-117  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.846679  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1340  tryptophanyl-tRNA synthetase  57.39 
 
 		 410 aa  410  1e-113  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.849253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0579  tryptophanyl-tRNA synthetase  57.71 
 
 		 355 aa  402  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06710  tryptophanyl-tRNA synthetase  54.86 
 
 		 362 aa  389  1e-107  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.524354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1867  tryptophanyl-tRNA synthetase  57.97 
 
 		 370 aa  389  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.705084  normal  0.228313 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3900  tryptophanyl-tRNA synthetase  56.46 
 
 		 343 aa  370  1e-101  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.93635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4636  tryptophanyl-tRNA synthetase  57.1 
 
 		 354 aa  365  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.188276  normal  0.0639753 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1781  tryptophanyl-tRNA synthetase  55.69 
 
 		 351 aa  361  9e-99  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000215592  normal  0.125783 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08970  Tryptophanyl-tRNA synthetase  44.51 
 
 		 333 aa  261  1e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1919  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.99 
 
 		 337 aa  240  2.9999999999999997e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00690514  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2236  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.47 
 
 		 340 aa  233  3e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.139935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1687  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.46 
 
 		 326 aa  230  3e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0957395  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0672  tryptophan--tRNA ligase  39.33 
 
 		 331 aa  229  8e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0240521  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1469  tryptophanyl-tRNA synthetase  43.12 
 
 		 329 aa  228  2e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0204  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.32 
 
 		 340 aa  224  1e-57  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06790  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.34 
 
 		 384 aa  224  2e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.118631  normal  0.686638 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0058  tryptophanyl-tRNA synthetase II  40.88 
 
 		 341 aa  223  3e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00653714  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0450  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.02 
 
 		 342 aa  222  9e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.481954 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2298  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.81 
 
 		 327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1138  tryptophanyl-tRNA synthetase II  40.3 
 
 		 339 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0656851 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1406  tryptophanyl-tRNA synthetase II  41.07 
 
 		 335 aa  220  3e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0956  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.94 
 
 		 346 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1154  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.85 
 
 		 323 aa  219  5e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7191  tryptophanyl-tRNA synthetase II  40.54 
 
 		 342 aa  219  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1609  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.94 
 
 		 346 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0230  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.94 
 
 		 346 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0267  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.94 
 
 		 346 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2670  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.94 
 
 		 346 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.552159  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1413  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.94 
 
 		 346 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.718903  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0501  tryptophanyl-tRNA synthetase II  40.36 
 
 		 366 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.163921  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0686  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.69 
 
 		 329 aa  218  1e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2485  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.59 
 
 		 340 aa  218  1e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0895292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2250  tryptophanyl-tRNA synthetase  41.1 
 
 		 327 aa  218  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000268792  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0072  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.19 
 
 		 354 aa  218  2e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2700  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.74 
 
 		 340 aa  218  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1925  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.51 
 
 		 327 aa  216  4e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2528  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.63 
 
 		 346 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1993  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.53 
 
 		 340 aa  216  4e-55  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0015923  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0201  tryptophanyl-tRNA synthetase II  40.3 
 
 		 346 aa  216  5e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.231145 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1833  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.07 
 
 		 327 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.985699  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3607  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.73 
 
 		 329 aa  215  8e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1125  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.23 
 
 		 323 aa  214  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2168  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.82 
 
 		 341 aa  215  9.999999999999999e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00044454  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0406  tryptophanyl-tRNA synthetase II  40.54 
 
 		 342 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175639  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0792  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.73 
 
 		 325 aa  214  1.9999999999999998e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00324527  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1343  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.23 
 
 		 323 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.163691  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0443  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.07 
 
 		 328 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0428  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.07 
 
 		 328 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1882  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.2 
 
 		 328 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0014344  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3860  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.35 
 
 		 359 aa  213  3.9999999999999995e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.968888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1856  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.29 
 
 		 339 aa  213  3.9999999999999995e-54  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2482  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.57 
 
 		 340 aa  212  7e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1300  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.41 
 
 		 324 aa  211  1e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2877  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.18 
 
 		 348 aa  211  1e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1247  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.62 
 
 		 360 aa  211  2e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.258523  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2336  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.67 
 
 		 329 aa  210  3e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0765  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.18 
 
 		 330 aa  210  4e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.664559  normal  0.580666 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0440  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.94 
 
 		 342 aa  209  6e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3480  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.04 
 
 		 331 aa  209  6e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000674679  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5680  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.94 
 
 		 337 aa  209  7e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.882251  normal  0.353927 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0682  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.72 
 
 		 330 aa  209  7e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.415308  normal  0.0278863 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2090  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.98 
 
 		 342 aa  208  1e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.679306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6975  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.35 
 
 		 337 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.89511 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6431  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.64 
 
 		 337 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003890  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.9 
 
 		 340 aa  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1800  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.04 
 
 		 341 aa  207  2e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01774  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.27 
 
 		 340 aa  207  3e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1413  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.23 
 
 		 337 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6416  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.23 
 
 		 337 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.859169 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2825  tryptophanyl-tRNA synthetase  42.38 
 
 		 329 aa  206  7e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7076  tryptophanyl-tRNA synthetase II  39.64 
 
 		 337 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.478137 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0485  tryptophanyl-tRNA synthetase II  38.21 
 
 		 334 aa  205  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.698414 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2157  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.91 
 
 		 335 aa  204  2e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00108936 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1960  tryptophanyl-tRNA synthetase  40.37 
 
 		 328 aa  204  2e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000535382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0512  tryptophanyl-tRNA synthetase II  40.3 
 
 		 346 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4912  tryptophanyl-tRNA synthetase II  36.97 
 
 		 337 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.605073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4838  tryptophanyl-tRNA synthetase II  36.97 
 
 		 337 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1026  tryptophanyl-tRNA synthetase II  36.56 
 
 		 345 aa  203  4e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4909  tryptophanyl-tRNA synthetase II  36.97 
 
 		 337 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.229127  normal  0.0358583 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4762  tryptophanyl-tRNA synthetase II  36.78 
 
 		 337 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.586002 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0032  tryptophanyl-tRNA synthetase  38.84 
 
 		 329 aa  202  5e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4862  tryptophanyl-tRNA synthetase II  36.97 
 
 		 337 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.217158 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0320  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.16 
 
 		 331 aa  202  6e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1456  tryptophanyl-tRNA synthetase  37.39 
 
 		 335 aa  202  9e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.256847  normal  0.958171 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1588  tryptophanyl-tRNA synthetase II  38.03 
 
 		 357 aa  196  4.0000000000000005e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00279231  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0037  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.78 
 
 		 330 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3426  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.36 
 
 		 326 aa  194  1e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1145  tryptophanyl-tRNA synthetase  39.09 
 
 		 352 aa  194  2e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000761726 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0005  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.86 
 
 		 351 aa  192  8e-48  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0034  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.21 
 
 		 356 aa  191  1e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2145  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.21 
 
 		 356 aa  191  1e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.106152  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0352  tryptophanyl-tRNA synthetase  34.24 
 
 		 325 aa  191  1e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0070  tryptophanyl-tRNA synthetase  33.64 
 
 		 321 aa  190  2.9999999999999997e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.229775  normal  0.611279 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0405  tryptophanyl-tRNA synthetase  34.86 
 
 		 324 aa  187  3e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1133  tryptophanyl-tRNA synthetase  36.28 
 
 		 330 aa  186  4e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.698787  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>