More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_4406 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3133  1A family penicillin-binding protein  77.81 
 
 		 796 aa  1238    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0171  penicillin-binding protein, 1A family  74.18 
 
 		 829 aa  1226    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000166752 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0010  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1A  51.09 
 
 		 797 aa  749    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000754529  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0354  penicillin-binding protein 1A  76.36 
 
 		 841 aa  1243    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.75585  normal  0.103015 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0189  penicillin-binding protein, 1A family  74.31 
 
 		 827 aa  1228    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4406  1A family penicillin-binding protein  100 
 
 		 818 aa  1668    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000928316  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0754  penicillin-binding protein, 1A family  66.67 
 
 		 818 aa  1035    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000281003  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2534  1A family penicillin-binding protein  46.22 
 
 		 804 aa  661    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.401637  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3195  1A family penicillin-binding protein  66.17 
 
 		 773 aa  1069    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2676  1A family penicillin-binding protein  43.54 
 
 		 795 aa  632  1e-180  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.21019 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0324  penicillin-binding protein, 1A family  41.73 
 
 		 802 aa  627  1e-178  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0062  penicillin-binding protein, 1A family  42.36 
 
 		 852 aa  609  1e-173  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0057  penicillin-binding protein 1A  42.23 
 
 		 852 aa  610  1e-173  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0074  penicillin-binding protein, 1A family  42.11 
 
 		 852 aa  609  1e-173  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3215  penicillin-binding protein, 1A family  44.15 
 
 		 778 aa  597  1e-169  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2630  penicillin-binding protein, 1A family  40.18 
 
 		 807 aa  597  1e-169  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0060  1A family penicillin-binding protein  41.16 
 
 		 852 aa  596  1e-169  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.133649 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3124  penicillin-binding protein 1A  39.85 
 
 		 807 aa  575  1.0000000000000001e-162  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.31223  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2321  1A family penicillin-binding protein  41.42 
 
 		 862 aa  572  1e-161  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.10527  normal  0.723891 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2326  1A family penicillin-binding protein  39.39 
 
 		 807 aa  567  1e-160  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.774073  unclonable  0.0000291309 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1716  penicillin-binding protein 1A  39.3 
 
 		 831 aa  560  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0706575  normal  0.372111 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1824  penicillin-binding protein 1A  39.4 
 
 		 843 aa  559  1e-158  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0792156  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2147  penicillin-binding protein 1A  40.13 
 
 		 831 aa  557  1e-157  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.173589  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2462  penicillin-binding protein 1A  40.63 
 
 		 791 aa  558  1e-157  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3405  1A family penicillin-binding protein  40.29 
 
 		 857 aa  551  1e-155  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0379347  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0201  peptidoglycan glycosyltransferase  41.78 
 
 		 793 aa  547  1e-154  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.558494 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2444  penicillin-binding protein 1A  38.83 
 
 		 830 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.257563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0698  penicillin-binding protein, 1A family  40.99 
 
 		 779 aa  544  1e-153  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0729  1A family penicillin-binding protein  40.73 
 
 		 794 aa  543  1e-153  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.239456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4201  putative membrane carboxypeptidase/penicillin-binding protein  38.53 
 
 		 835 aa  543  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603081  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2078  penicillin-binding protein 1A  40.23 
 
 		 777 aa  543  1e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.162741  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1298  1A family penicillin-binding protein  39.57 
 
 		 833 aa  543  1e-153  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.144183  normal  0.788784 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2266  1A family penicillin-binding protein  39.92 
 
 		 819 aa  540  9.999999999999999e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3339  penicillin-binding protein 1A  38.38 
 
 		 895 aa  540  9.999999999999999e-153  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.300992  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3007  penicillin-binding protein 1A  39.72 
 
 		 830 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.160235 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2852  penicillin-binding protein 1A  39.95 
 
 		 830 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.456684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5782  penicillin-binding protein 1A  38.43 
 
 		 823 aa  536  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2730  penicillin-binding protein, 1A family  39.25 
 
 		 832 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0916  penicillin-binding protein 1A, putative  39.47 
 
 		 819 aa  534  1e-150  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.274618  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45310  Penicillin binding protein 1A  37.85 
 
 		 819 aa  532  1e-150  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0911  putative penicillin-binding protein 1A  39.35 
 
 		 819 aa  534  1e-150  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.477143  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66670  penicillin-binding protein 1A  38.81 
 
 		 823 aa  535  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0671  1A family penicillin-binding protein  38.35 
 
 		 805 aa  530  1e-149  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.152404 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0324  penicillin-binding protein 1A  38.06 
 
 		 830 aa  526  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1395  penicillin-binding protein, 1A family  39.52 
 
 		 809 aa  528  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47778  normal  0.639288 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4435  penicillin-binding protein, 1A family  38.35 
 
 		 838 aa  527  1e-148  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.290819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0960  1A family penicillin-binding protein  39.23 
 
 		 817 aa  529  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0340726 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0780  penicillin-binding protein 1A  39.21 
 
 		 804 aa  529  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5582  1A family penicillin-binding protein  39.58 
 
 		 824 aa  523  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3276  1A family penicillin-binding protein  39.68 
 
 		 908 aa  523  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.658356  normal  0.980736 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0995  1A family penicillin-binding protein  40.54 
 
 		 797 aa  525  1e-147  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2918  penicillin-binding protein 1A  38.83 
 
 		 797 aa  523  1e-147  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.850822  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2754  1A family penicillin-binding protein  38.79 
 
 		 800 aa  524  1e-147  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5133  penicillin-binding protein  36.22 
 
 		 814 aa  521  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0554788  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0402  peptidoglycan glycosyltransferase  36.53 
 
 		 814 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.527889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3022  Peptidoglycan glycosyltransferase  37.05 
 
 		 817 aa  521  1e-146  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.369948  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0803  penicillin-binding protein, 1A  38.85 
 
 		 823 aa  521  1e-146  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0727  penicillin-binding protein, 1A family  38.6 
 
 		 804 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4669  1A family penicillin-binding protein  38.19 
 
 		 804 aa  517  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0246  penicillin-binding protein 1A  36.29 
 
 		 814 aa  518  1.0000000000000001e-145  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1708  1A family penicillin-binding protein  38.52 
 
 		 818 aa  517  1.0000000000000001e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0023  1A family penicillin-binding protein  39.05 
 
 		 799 aa  514  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.432475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2212  penicillin-binding protein 1A  37.42 
 
 		 835 aa  513  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1304  penicillin-binding protein, 1A family  39.25 
 
 		 819 aa  515  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0651627 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0541  1A family penicillin-binding protein  38.11 
 
 		 803 aa  513  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2574  1A family penicillin-binding protein  37.74 
 
 		 791 aa  514  1e-144  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.95541 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5134  1A family penicillin-binding protein  37.09 
 
 		 817 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1797  penicillin-binding protein 1a  37.72 
 
 		 818 aa  514  1e-144  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0219  peptidoglycan synthetase  38.03 
 
 		 851 aa  510  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0404  penicillin-binding protein 1A  36.83 
 
 		 815 aa  509  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0818527  normal  0.504343 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2799  1A family penicillin-binding protein  37.53 
 
 		 796 aa  511  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3972  peptidoglycan synthetase  38.03 
 
 		 851 aa  510  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3603  penicillin-binding protein, 1A family  38.52 
 
 		 799 aa  511  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00689676  hitchhiker  0.000000108854 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3733  peptidoglycan synthetase  38.03 
 
 		 851 aa  510  1e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2056  penicillin-binding protein 1A  36.53 
 
 		 804 aa  508  9.999999999999999e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000993377  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0381  1A family penicillin-binding protein  37.17 
 
 		 817 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0354  putative penicillin-binding 1 (peptoglycansynthetase) transmembrane protein, MrcA  38.13 
 
 		 799 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0136569 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3690  peptidoglycan synthetase  38.36 
 
 		 850 aa  505  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5084  penicillin-binding protein, 1A family  36.75 
 
 		 817 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.846696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2091  penicillin-binding protein 1A  37.39 
 
 		 793 aa  504  1e-141  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4359  1A family penicillin-binding protein  37.69 
 
 		 810 aa  505  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3394  penicillin-binding protein, 1A family  37.37 
 
 		 808 aa  503  1e-141  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.145767  normal  0.859795 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4121  1A family penicillin-binding protein  36.04 
 
 		 814 aa  502  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.739203  hitchhiker  0.00000203551 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2082  1A family penicillin-binding protein  39.16 
 
 		 840 aa  505  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.264276  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4957  1A family penicillin-binding protein  36.88 
 
 		 817 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3862  peptidoglycan synthetase  38.12 
 
 		 850 aa  503  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0118  multimodular transpeptidase-transglycosylase PBP 1A  37.26 
 
 		 793 aa  502  1e-141  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3799  peptidoglycan synthetase  38.12 
 
 		 850 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3765  peptidoglycan synthetase  38.24 
 
 		 850 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0956  hypothetical protein  36.45 
 
 		 794 aa  500  1e-140  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0754  penicillin-binding protein, 1A family  36.92 
 
 		 796 aa  502  1e-140  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5843  1A family penicillin-binding protein  36.88 
 
 		 808 aa  502  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.36925  normal  0.15552 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0255  penicillin-binding protein 1A  35.96 
 
 		 865 aa  501  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0934  1A family penicillin-binding protein  38.46 
 
 		 803 aa  499  1e-140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.305447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3692  peptidoglycan synthetase  38.12 
 
 		 850 aa  502  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0024  penicillin-binding protein, 1A family  39.13 
 
 		 802 aa  499  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3314  1A family penicillin-binding protein  38.74 
 
 		 840 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.019725  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1139  penicillin-binding protein, 1A family  39.47 
 
 		 774 aa  498  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0388878  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1996  1A family penicillin-binding protein  38.74 
 
 		 840 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704723  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1268  1A family penicillin-binding protein  38.74 
 
 		 840 aa  497  1e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>