217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_4388 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 
355 aa  726  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  29.36 
 
 
386 aa  139  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  26.43 
 
 
356 aa  102  8e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  29.63 
 
 
349 aa  102  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  28.69 
 
 
347 aa  101  2e-20  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  3.66307e-07  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  27.25 
 
 
342 aa  99.8  7e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  26.73 
 
 
352 aa  96.7  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  27.93 
 
 
367 aa  95.5  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  27.65 
 
 
367 aa  94.4  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  27.37 
 
 
367 aa  93.2  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  30.04 
 
 
400 aa  89  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  25.9 
 
 
400 aa  87.8  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  26.17 
 
 
410 aa  86.7  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  29.32 
 
 
359 aa  86.3  8e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  4.86694e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  29.02 
 
 
356 aa  83.6  5e-15  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  2.0389e-09 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  27.8 
 
 
396 aa  83.6  5e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  27.14 
 
 
372 aa  82.8  7e-15  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  26.76 
 
 
355 aa  82  2e-14  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  26.97 
 
 
355 aa  80.1  5e-14  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  6.45952e-10  unclonable  7.76593e-07 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  25.94 
 
 
273 aa  79.7  6e-14  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  24.46 
 
 
388 aa  79.7  8e-14  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  25.3 
 
 
376 aa  78.6  2e-13  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  1.7114e-05  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  25.57 
 
 
357 aa  75.5  1e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  2.10124e-07  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  24.56 
 
 
366 aa  75.1  2e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  23.6 
 
 
399 aa  73.9  4e-12  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  1.22328e-07  unclonable  3.70902e-10 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  24.36 
 
 
346 aa  73.6  5e-12  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  25.38 
 
 
354 aa  73.2  7e-12  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  1.60143e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  25 
 
 
399 aa  71.2  3e-11  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  26.65 
 
 
404 aa  70.5  4e-11  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  22.55 
 
 
360 aa  68.9  1e-10  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  24.75 
 
 
359 aa  68.2  2e-10  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  26.77 
 
 
383 aa  67.8  3e-10  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  21.67 
 
 
387 aa  67.4  4e-10  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1934  hypothetical protein  24.31 
 
 
386 aa  66.6  6e-10  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.671247  normal  0.125283 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  23.84 
 
 
347 aa  65.1  2e-09  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  26.37 
 
 
363 aa  65.1  2e-09  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  23.62 
 
 
401 aa  63.5  5e-09  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  1.96734e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  27.51 
 
 
355 aa  63.5  6e-09  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  24.21 
 
 
372 aa  63.2  7e-09  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  22.02 
 
 
391 aa  62.8  9e-09  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  22.02 
 
 
391 aa  62.8  9e-09  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  25.98 
 
 
370 aa  62.8  9e-09  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  25.64 
 
 
366 aa  62.4  1e-08  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  22.09 
 
 
348 aa  61.2  2e-08  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 
118 aa  61.2  3e-08  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  23.91 
 
 
372 aa  61.2  3e-08  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  23.83 
 
 
352 aa  60.5  4e-08  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  25.43 
 
 
410 aa  60.5  4e-08  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  23.08 
 
 
347 aa  60.1  6e-08  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2248  hypothetical protein  26.53 
 
 
356 aa  58.9  1e-07  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0302018  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  24.32 
 
 
395 aa  58.5  1e-07  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  35.9 
 
 
115 aa  58.5  2e-07  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  2.83783e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0309  hypothetical protein  23.1 
 
 
392 aa  58.5  2e-07  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  25.35 
 
 
350 aa  57.8  3e-07  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4623  hypothetical protein  24.89 
 
 
255 aa  56.2  9e-07  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4601  hypothetical protein  24.89 
 
 
255 aa  56.2  9e-07  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 
123 aa  55.1  2e-06  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  2.12762e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  26.91 
 
 
359 aa  54.7  2e-06  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  22.49 
 
 
362 aa  55.1  2e-06  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 
137 aa  53.9  4e-06  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0034  zinc-related peptidase  27.07 
 
 
377 aa  53.5  5e-06  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  2.03877e-07  decreased coverage  8.49316e-05 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0412  hypothetical protein  29.25 
 
 
188 aa  53.5  5e-06  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2504  protein of unknown function DUF955  25.15 
 
 
272 aa  52.8  9e-06  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.557214 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  24.92 
 
 
370 aa  52.4  1e-05  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0935  hypothetical protein  37.68 
 
 
143 aa  52.8  1e-05  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2518  protein of unknown function DUF955  25.32 
 
 
378 aa  51.6  2e-05  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.010681 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  24.65 
 
 
370 aa  52  2e-05  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0275  DNA-binding protein  24.26 
 
 
377 aa  51.6  2e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0050  protein of unknown function DUF955  28.44 
 
 
160 aa  50.8  3e-05  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  7.33414e-12 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  39.66 
 
 
72 aa  50.8  3e-05  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  2.36293e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  24.64 
 
 
393 aa  51.2  3e-05  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  41.51 
 
 
436 aa  51.2  3e-05  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6169  protein of unknown function DUF955  23.17 
 
 
392 aa  51.2  3e-05  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3906  hypothetical protein  28.07 
 
 
382 aa  51.2  3e-05  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
115 aa  50.4  5e-05  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.42648e-12  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 
115 aa  50.4  5e-05  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  1.52617e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12537  hypothetical protein  24.21 
 
 
415 aa  50.1  5e-05  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.9395e-37  hitchhiker  0.00258051 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2792  protein of unknown function DUF955  29.37 
 
 
382 aa  50.4  5e-05  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0797  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 
206 aa  50.4  5e-05  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.028007  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  42.31 
 
 
72 aa  49.3  9e-05  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  36.26 
 
 
135 aa  49.3  9e-05  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  29.35 
 
 
312 aa  49.3  9e-05  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3445  helix-turn-helix domain-containing protein  35.59 
 
 
335 aa  49.3  9e-05  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  31.76 
 
 
293 aa  49.3  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  5.39653e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2436  transcriptional regulator, XRE family  30.59 
 
 
104 aa  48.9  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1455  protein of unknown function DUF955  26.06 
 
 
269 aa  48.9  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.642925  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 
231 aa  48.9  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2208  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 
73 aa  48.9  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0421873 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 
395 aa  48.9  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1823  hypothetical protein  29.46 
 
 
173 aa  48.1  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2003  Zn peptidase-like protein  28.07 
 
 
286 aa  48.1  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  22.84 
 
 
394 aa  48.1  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15940  predicted transcriptional regulator  29.09 
 
 
119 aa  48.1  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0473945  hitchhiker  2.39728e-07 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  24.28 
 
 
351 aa  48.5  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 
380 aa  47.8  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  31.34 
 
 
142 aa  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  33.33 
 
 
142 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  35.85 
 
 
189 aa  47.8  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2164  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 
75 aa  47.8  0.0003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.27184  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0378  transcriptional regulator, XRE family  33.94 
 
 
120 aa  47.8  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.309443  hitchhiker  0.00198984 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>