More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_4289 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
246 aa  494  1e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.44 
 
 
263 aa  253  1.0000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  51.22 
 
 
246 aa  252  4.0000000000000004e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.03 
 
 
246 aa  251  9.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.44 
 
 
260 aa  245  4e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  44.9 
 
 
249 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  42.28 
 
 
248 aa  194  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.31 
 
 
247 aa  176  3e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  40.73 
 
 
247 aa  174  9e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.9 
 
 
257 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  42.61 
 
 
249 aa  168  7e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  34.92 
 
 
249 aa  163  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  36.65 
 
 
244 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.75 
 
 
244 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  40.24 
 
 
246 aa  160  2e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.01 
 
 
245 aa  159  4e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.05 
 
 
258 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 
249 aa  150  1e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34 
 
 
250 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  36.44 
 
 
251 aa  148  6e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 
241 aa  148  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  35.39 
 
 
246 aa  146  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.13 
 
 
249 aa  144  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0097  protein of unknown function DUF558  39.04 
 
 
250 aa  144  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.66 
 
 
244 aa  141  9e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  33.47 
 
 
245 aa  141  9e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.4 
 
 
250 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.75 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.73 
 
 
249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.6 
 
 
239 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.14 
 
 
239 aa  139  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.88 
 
 
241 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.24 
 
 
239 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0215  hypothetical protein  31.47 
 
 
254 aa  139  3.9999999999999997e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.79026  normal  0.274516 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
249 aa  139  6e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
249 aa  139  6e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
249 aa  139  6e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
249 aa  139  6e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.24 
 
 
239 aa  138  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.88 
 
 
240 aa  138  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.47 
 
 
249 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.73 
 
 
249 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000243025  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  34.68 
 
 
239 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.07 
 
 
249 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3908  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.44 
 
 
244 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000146224  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.07 
 
 
249 aa  136  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.07 
 
 
249 aa  136  4e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000483246  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0021  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.74 
 
 
243 aa  135  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.06 
 
 
240 aa  135  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.65 
 
 
239 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3710  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.15 
 
 
244 aa  135  9e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0165394  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.14 
 
 
243 aa  134  9e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.77 
 
 
239 aa  134  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  33.73 
 
 
243 aa  133  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.02 
 
 
239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  34.2 
 
 
240 aa  132  5e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.51 
 
 
251 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.24 
 
 
243 aa  132  6.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  32.66 
 
 
242 aa  131  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  31.84 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.65 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  36.07 
 
 
245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.76 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  31.84 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  31.84 
 
 
243 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.84 
 
 
243 aa  130  3e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.84 
 
 
243 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.84 
 
 
243 aa  130  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.84 
 
 
243 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.84 
 
 
243 aa  130  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4025  hypothetical protein  31.58 
 
 
243 aa  129  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00355277  hitchhiker  0.00148636 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.58 
 
 
245 aa  129  5.0000000000000004e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  34.27 
 
 
244 aa  129  6e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  33.33 
 
 
245 aa  129  6e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  33.6 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0123  hypothetical protein  31.9 
 
 
243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.138366  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.98 
 
 
243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.62 
 
 
243 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.88 
 
 
255 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  35.27 
 
 
259 aa  126  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.64 
 
 
246 aa  126  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  33.2 
 
 
242 aa  126  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.88 
 
 
255 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.88 
 
 
255 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.62 
 
 
243 aa  125  5e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.53 
 
 
243 aa  125  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.91 
 
 
243 aa  125  6e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0600  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.22 
 
 
243 aa  125  6e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.604988  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.91 
 
 
243 aa  125  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.91 
 
 
243 aa  125  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.04 
 
 
244 aa  125  8.000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.88 
 
 
254 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.04 
 
 
244 aa  124  9e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.82 
 
 
246 aa  125  9e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.2 
 
 
255 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  30.35 
 
 
249 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  30.68 
 
 
248 aa  124  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.93 
 
 
255 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  34.41 
 
 
248 aa  124  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2974  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.74 
 
 
244 aa  124  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>