More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_4287 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 409 aa  828    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  65.18 
 
 		 377 aa  496  1e-139  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  64.66 
 
 		 377 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0443  ribonuclease D, putative  56.68 
 
 		 381 aa  435  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3389  3'-5' exonuclease  55.85 
 
 		 382 aa  430  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3617  3'-5' exonuclease  52.72 
 
 		 382 aa  370  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  48.64 
 
 		 381 aa  359  5e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  49.05 
 
 		 375 aa  346  4e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  43.73 
 
 		 382 aa  323  5e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1602  3'-5' exonuclease  38.51 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2211  3'-5' exonuclease  39.58 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.493178  normal  0.0213505 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2261  3'-5' exonuclease  38.99 
 
 		 288 aa  199  6e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.726603  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2349  3'-5' exonuclease  38.99 
 
 		 288 aa  199  7e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0414  3'-5' exonuclease  38.72 
 
 		 295 aa  183  4.0000000000000006e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0573  3'-5' exonuclease  32.48 
 
 		 352 aa  167  2.9999999999999998e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  32.78 
 
 		 396 aa  158  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  33.33 
 
 		 381 aa  157  3e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  31.2 
 
 		 405 aa  155  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  31.54 
 
 		 388 aa  152  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  30.54 
 
 		 386 aa  151  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0859  3'-5' exonuclease  32.29 
 
 		 391 aa  150  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6723  Ribonuclease D-like protein  34.69 
 
 		 408 aa  150  4e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.449964  normal  0.591917 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  32.78 
 
 		 392 aa  150  5e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  28.65 
 
 		 399 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  32 
 
 		 392 aa  146  8.000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  34.03 
 
 		 379 aa  145  1e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  27.63 
 
 		 392 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  28.01 
 
 		 385 aa  142  7e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  27.75 
 
 		 385 aa  142  9e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  28.01 
 
 		 385 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3518  ribonuclease D  28.04 
 
 		 379 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  29.79 
 
 		 395 aa  139  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  28.87 
 
 		 382 aa  139  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  33.1 
 
 		 386 aa  138  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  33.09 
 
 		 371 aa  138  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  30.45 
 
 		 388 aa  137  4e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  31.08 
 
 		 377 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  29.55 
 
 		 382 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  30.34 
 
 		 377 aa  136  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  30.93 
 
 		 427 aa  135  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  30.59 
 
 		 377 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  28.21 
 
 		 405 aa  135  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  32.23 
 
 		 393 aa  134  3e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  27.49 
 
 		 392 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  30.32 
 
 		 377 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2187  ribonuclease D  30.94 
 
 		 368 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000120269  hitchhiker  0.0000305333 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  30.34 
 
 		 385 aa  133  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  31.93 
 
 		 388 aa  133  6e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  31.03 
 
 		 381 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  28.87 
 
 		 395 aa  132  9e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2266  3'-5' exonuclease  32.87 
 
 		 403 aa  132  9e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.859295  normal  0.0322428 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  26.58 
 
 		 384 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1865  ribonuclease D  31.64 
 
 		 369 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000800647  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2427  ribonuclease D  31.64 
 
 		 369 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000162598  normal  0.100948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1892  ribonuclease D  31.64 
 
 		 369 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000212189  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16390  ribonuclease D  33 
 
 		 437 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  31.64 
 
 		 384 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  27.88 
 
 		 374 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  31.69 
 
 		 394 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1899  ribonuclease D  31.64 
 
 		 369 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000359973  normal  0.61142 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  30.74 
 
 		 367 aa  130  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  31.64 
 
 		 384 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  28.61 
 
 		 383 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  28.03 
 
 		 392 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  29.9 
 
 		 385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  29.71 
 
 		 369 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  27.35 
 
 		 393 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  29.9 
 
 		 385 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5178  3'-5' exonuclease  31.38 
 
 		 499 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6780  3'-5' exonuclease  30.68 
 
 		 443 aa  129  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.780317 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24120  ribonuclease D  32.99 
 
 		 413 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0108272  decreased coverage  0.00823573 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  29.01 
 
 		 382 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  30.27 
 
 		 381 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  29.21 
 
 		 395 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1761  3'-5' exonuclease  32.07 
 
 		 437 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0159451  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  30.24 
 
 		 389 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1962  3'-5' exonuclease  31.51 
 
 		 416 aa  126  5e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.128564  hitchhiker  0.0000452801 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  29.19 
 
 		 386 aa  126  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2402  ribonuclease D  27.93 
 
 		 373 aa  125  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000137804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  28.33 
 
 		 396 aa  125  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2124  ribonuclease D  27.93 
 
 		 373 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0137564  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2013  ribonuclease D  27.93 
 
 		 373 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000328628  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  27.13 
 
 		 384 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  30.81 
 
 		 385 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0672  Ribonuclease D  28.42 
 
 		 423 aa  125  2e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1901  HRDC:3'-5' exonuclease  32.84 
 
 		 420 aa  124  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1762  ribonuclease D  31.27 
 
 		 367 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000618336  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1615  3'-5' exonuclease  31.91 
 
 		 396 aa  124  2e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.47386  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  31.16 
 
 		 369 aa  125  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  28.72 
 
 		 377 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  27.71 
 
 		 374 aa  124  3e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1734  ribonuclease D  29.86 
 
 		 370 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1500  ribonuclease D  30.56 
 
 		 375 aa  124  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000854063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01380  ribonuclease D  29.45 
 
 		 382 aa  123  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1959  ribonuclease D  30.56 
 
 		 375 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000313579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1316  ribonuclease D  30.56 
 
 		 375 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000119147  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004089  ribonuclease D  28.1 
 
 		 388 aa  123  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000003136  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2064  ribonuclease D  30.64 
 
 		 375 aa  123  6e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  29.21 
 
 		 384 aa  123  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  34.85 
 
 		 389 aa  123  8e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>